PDB-5f6t: Structure of calexcitin-Gd3+ complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f6t

タイトル

Structure of calexcitin-Gd3+ complex.

要素

Calexcitin

キーワード

calcium-binding protein / EF-hand Neuronal calcium signalling

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Doryteuthis pealeii (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Chataigner, L. / Guo, J. / Erskine, P.T. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Binding of Gd(3+) to the neuronal signalling protein calexcitin identifies an exchangeable Ca(2+)-binding site.
著者: Chataigner, L. / Guo, J. / Erskine, P.T. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Gombos, Z. / Cooper, J.B.

履歴

登録	2015年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.3	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f6t.cif.gz	94.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f6t.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/5f6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/5f6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ccmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z4h-1 4ndb-1 6lfc-4 4ndb-2 1hxn-d 6ywf-d 1kzn-d 2ccm-2 4ibq-2 4duh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calexcitin

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.020, 77.020, 29.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Calexcitin 分子量: 22301.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Doryteuthis pealeii (無脊椎動物) 遺伝子: cex / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76764
#2: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム分子量: 157.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: Plates.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.3 Å / Num. all: 9020 / Num. obs: 9020 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 66.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ccm

2ccm

解像度: 2.201→27.353 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3044	870	5.13 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.2193	9020	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→27.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1522	0	3	30	1555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.058	2131
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.69	577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2006-2.3384	0.4675	128	0.3962	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3384-2.5188	0.4218	155	0.3845	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5188-2.7721	0.3675	165	0.3197	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7721-3.1727	0.3701	160	0.2579	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1727-3.9952	0.2765	134	0.1796	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9952-27.3548	0.2245	128	0.141	2706	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6202	-2.2682	-1.0963	2.5302	0.8559	4.7411	-0.6261	-0.0716	-1.0973	-0.0199	1.3068	0.0297	-0.0596	0.2689	0.3573	0.5043	-0.1099	0.1757	0.929	-0.5672	0.2958	-9.039	16.7761	9.1926
2	0.8671	-0.059	1.7753	2.2334	0.3349	3.6487	0.3396	-0.6538	0.7073	-0.007	-0.0811	0.3011	-0.3804	-0.7045	-0.2752	0.412	-0.0283	0.2801	0.6531	-0.2539	0.7467	-28.1023	24.8942	7.4471
3	3.9868	-0.3334	0.9817	4.9957	-0.7703	4.8077	0.5883	-0.1194	-0.6322	-0.0924	-0.0468	0.6928	0.3695	0.1138	-0.4086	0.3368	-0.0661	0.0769	0.3864	-0.1756	0.5254	-22.3841	12.5295	3.1352
4	5.7007	-0.5428	-0.1024	1.8938	-2.1131	6.4851	-0.0036	-0.3568	-0.4428	0.1164	0.8158	0.5126	0.4558	0.9671	-0.6043	0.3959	-0.0336	0.1447	0.5086	-0.1992	0.7343	-17.8192	18.3235	-4.9187
5	2.9774	-0.8946	0.6391	1.9767	0.0451	3.1519	0.3528	-0.1056	0.5384	-0.0521	0.4058	-0.3716	-0.7071	0.7871	-0.5926	0.5351	-0.176	0.3157	0.725	-0.4018	0.9167	-9.8323	29.9948	-1.1894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 189 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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