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- PDB-5f1p: Crystal Structure of Dehydrogenase from Streptomyces platensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1p
タイトルCrystal Structure of Dehydrogenase from Streptomyces platensis
要素PtmO8
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta sandwich / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J. / Ma, M. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...Kim, Y. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J. / Ma, M. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Dehydrogenase, PtmO8, from Streptomyces platensis
著者: Kim, Y. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J. / Ma, M. / Chang, C.-Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PtmO8
B: PtmO8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3722
ポリマ－54,3722
非ポリマー00
水2,414134
1
A: PtmO8
B: PtmO8

A: PtmO8
B: PtmO8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7444
ポリマ－108,7444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area10810 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area36540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.368, 77.953, 81.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PtmO8


分子量: 27186.090 Da / 分子数: 2 / 変異: M4V, A66V, L73S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)
株: CB00739 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A0A0UVL0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20 %(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 27188 / Num. obs: 27188 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.98 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→40.921 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 1197 4.82 %random
Rwork0.1897 ---
obs0.1921 24816 90.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→40.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 0 134 3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0964755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5761225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0992-2.18320.2764850.22661204X-RAY DIFFRACTION42
2.1832-2.28260.27881020.22532195X-RAY DIFFRACTION76
2.2826-2.40290.26781520.2162811X-RAY DIFFRACTION98
2.4029-2.55350.28751440.20072879X-RAY DIFFRACTION100
2.5535-2.75060.23671420.19852899X-RAY DIFFRACTION100
2.7506-3.02730.24841390.19112888X-RAY DIFFRACTION100
3.0273-3.46520.23211480.18682893X-RAY DIFFRACTION100
3.4652-4.36490.22561420.17132910X-RAY DIFFRACTION100
4.3649-40.92860.22551430.18142940X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9682-0.35610.04222.2281-0.16172.43250.06770.47010.4514-0.3171-0.065-0.0099-0.44220.22610.01280.26780.0076-0.0030.23650.11070.1901-11.158360.06912.8144
23.21531.18723.25181.08521.08215.0762-0.01370.11780.13750.0558-0.0458-0.0083-0.21910.4120.05090.170200.02170.17590.04110.2141-9.450558.253430.1359
30.82010.33940.15842.78090.66612.39770.05990.0838-0.0391-0.01270.066-0.39280.19540.3869-0.0430.15250.0555-0.00150.18520.02770.1936-6.205745.937225.8757
42.4032-0.38460.35142.20550.48033.46540.11850.3515-0.3656-0.3157-0.08750.03440.4647-0.2123-0.0180.24750.0263-0.01450.2215-0.06690.1755-10.180718.552113.4295
53.43530.5346-3.20770.935-0.58784.148-0.05090.2069-0.21730.0646-0.03520.06060.279-0.41730.06490.1807-0.0159-0.02410.2195-0.03070.215-13.407319.254631.8394
60.84990.1321-0.05572.778-0.76632.62510.15560.09260.01060.00080.0050.3339-0.1261-0.3369-0.06010.14240.0547-0.00360.1658-0.02070.1729-15.58632.357425.954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 158 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 249 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 92 through 158 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 159 through 249 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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