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- PDB-5f13: Structure of Mn bound DUF89 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f13
タイトルStructure of Mn bound DUF89 from Saccharomyces cerevisiae
要素Protein-glutamate O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / DUF89 / metal-dependent phosphatases
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose 6-phosphate aldolase activity / fructose-1-phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / DNA damage response / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #60 / Damage-control phosphatase ARMT1 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Damage-control phosphatase YMR027W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Nocek, B. / Skarina, T. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: A family of metal-dependent phosphatases implicated in metabolite damage-control.
著者: Huang, L. / Khusnutdinova, A. / Nocek, B. / Brown, G. / Xu, X. / Cui, H. / Petit, P. / Flick, R. / Zallot, R. / Balmant, K. / Ziemak, M.J. / Shanklin, J. / de Crecy-Lagard, V. / Fiehn, O. / ...著者: Huang, L. / Khusnutdinova, A. / Nocek, B. / Brown, G. / Xu, X. / Cui, H. / Petit, P. / Flick, R. / Zallot, R. / Balmant, K. / Ziemak, M.J. / Shanklin, J. / de Crecy-Lagard, V. / Fiehn, O. / Gregory, J.F. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Hanson, A.D.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-glutamate O-methyltransferase
B: Protein-glutamate O-methyltransferase
C: Protein-glutamate O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,91016
ポリマ－163,0073
非ポリマー90313
水2,810156
1
B: Protein-glutamate O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6786
ポリマ－54,3361
非ポリマー3425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein-glutamate O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6516
ポリマ－54,3361
非ポリマー3165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein-glutamate O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5814
ポリマ－54,3361
非ポリマー2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.035, 95.550, 78.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Protein-glutamate O-methyltransferase


分子量: 54335.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YMR027W, YM9711.17
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04371, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% P3350 ,0.1 M NH4 dihydrogen Phosphate, 5mM MnCl2
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月2日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.393→30.174 Å / Num. obs: 60334 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.03
反射 シェル解像度: 2.393→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PT1

3pt1


解像度: 2.393→30.174 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.86 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 2730 5.08 %
Rwork0.1994 --
obs0.2013 53710 96.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→30.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10600 0 40 156 10796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63214747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6033866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031873
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3934-2.43470.3267730.26461398X-RAY DIFFRACTION47
2.4347-2.47890.2913900.25111582X-RAY DIFFRACTION54
2.4789-2.52660.30461050.24491714X-RAY DIFFRACTION58
2.5266-2.57810.3018930.24721886X-RAY DIFFRACTION64
2.5781-2.63420.24211240.24912093X-RAY DIFFRACTION72
2.6342-2.69540.27711250.24422344X-RAY DIFFRACTION80
2.6954-2.76280.25971340.24172565X-RAY DIFFRACTION88
2.7628-2.83740.28181510.23812764X-RAY DIFFRACTION94
2.8374-2.92080.25821670.24382826X-RAY DIFFRACTION97
2.9208-3.0150.26571560.24462920X-RAY DIFFRACTION97
3.015-3.12270.26151370.24872880X-RAY DIFFRACTION98
3.1227-3.24760.31241450.23922910X-RAY DIFFRACTION98
3.2476-3.39520.24471640.2142853X-RAY DIFFRACTION98
3.3952-3.57390.2661490.19832880X-RAY DIFFRACTION98
3.5739-3.79740.21731670.18622877X-RAY DIFFRACTION98
3.7974-4.090.20751640.16262900X-RAY DIFFRACTION98
4.09-4.50040.17391410.15062893X-RAY DIFFRACTION98
4.5004-5.14880.1711700.1482900X-RAY DIFFRACTION98
5.1488-6.47630.24351450.18492921X-RAY DIFFRACTION98
6.4763-30.17680.23561300.18922874X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5822-0.59460.58852.8874-0.25791.780.0063-0.12770.67650.0407-0.021-0.1684-0.1130.11720.03930.1768-0.0098-0.05140.2102-0.11430.283319.213764.99285.7163
21.8954-0.0229-0.1212.0602-0.09432.15380.02530.5494-0.4467-0.24120.075-0.22040.27930.0961-0.1130.3540.0712-0.06430.4179-0.18190.244418.0637.6731-15.364
32.36750.07480.21021.37230.17361.69830.04420.0836-0.1543-0.04020.0226-0.17150.12640.079-0.0680.21280.0634-0.05750.223-0.07590.150719.097944.2223-3.4171
42.61720.7106-0.40832.41520.70464.3725-0.2310.2969-0.1354-0.20020.10.64190.1148-0.26210.15110.2966-0.04410.04250.234-0.08720.522127.4752-12.5308-55.6746
51.99920.3336-0.58522.5308-0.01011.8753-0.0841-0.04140.01770.26610.05350.17330.00460.10330.00820.2959-0.00250.09130.2138-0.0420.276934.6244-0.1326-46.0407
64.06340.63410.93460.52070.23322.1161-0.468-0.24110.5080.36170.11950.1554-0.6261-0.19030.10581.048-0.06730.32890.4786-0.23760.425428.996414.7042-27.4982
72.20180.3538-0.6371.6442-0.09731.27090.1351-0.30640.11480.3853-0.12080.2837-0.13220.0883-0.00570.4525-0.01310.13120.2357-0.07070.326535.19793.5483-38.0404
83.98681.2436-0.12833.1710.37043.50740.0240.2741-0.27420.1037-0.1915-0.27890.6076-0.05690.14080.3201-0.04880.11170.3547-0.04230.372471.36285.9511-71.8622
92.73680.8352-0.70362.776-0.25363.0765-0.17650.5956-0.0086-0.15440.08250.20690.2395-0.45290.09070.254-0.03640.06140.4374-0.08810.352558.52596.6894-72.3151
102.55270.51590.30642.1412-0.02465.27860.1529-0.3422-0.73910.2039-0.1635-0.79940.99520.98560.0160.50850.11350.04690.59680.19410.99875.1914-10.8358-45.8027
114.20140.4472-0.19581.84820.40344.0936-0.1029-1.0071-0.54240.4338-0.4846-0.65420.34311.33220.5580.4224-0.0328-0.06561.07390.17720.79985.33141.1343-40.6922
122.6148-0.2701-0.58641.8977-0.84982.8779-0.1164-0.6402-0.51860.1861-0.1663-0.40160.35310.82720.18890.32030.0577-0.01440.56150.08290.549268.7102-2.0878-45.4932
132.8730.5307-1.80511.0834-0.51052.56620.2913-0.5830.14550.1349-0.1599-0.2787-0.29340.6201-0.11650.2732-0.0878-0.02780.4527-0.08810.444772.4511.4041-51.8133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 468 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 191 through 240 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 241 through 468 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 41 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 42 through 133 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 134 through 166 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 167 through 227 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 228 through 318 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 319 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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