PDB-5ex8: Structure of P450 StaF from glycopeptide antibiotic A47934 biosyn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex8

タイトル

Structure of P450 StaF from glycopeptide antibiotic A47934 biosynthesis; ethylene glycol cryo

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase / phenolic coupling / glycopeptide antibiotic biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces toyocaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Ulrich, V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Beilstein J Org Chem / 年: 2016
タイトル: Biochemical and structural characterisation of the second oxidative crosslinking step during the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A47934.
著者: Ulrich, V. / Brieke, C. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex8.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex8.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ex9C 3o1aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jmw-1 6h1l-1 5jkw-d 5xhj-1 2bmh-1 5o5k-2 3ekf-2 5lrr-4 1zoa-1 4tqs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.050, 110.050, 93.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Cytochrome P450 / StaF 分子量: 47337.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア) 遺伝子: BU52_01275 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KLL7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 1.2 M NH4PO4, 0.3 M K2HPO4, 0.1 M NH4PO4 citrate (pH 4.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36757 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3O1A

3o1a

解像度: 2.1→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.68 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1906	5 %	RANDOM
R_work	0.19392	-	-	-
obs	0.19565	36206	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.928 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3239	0	107	268	3614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	2.004	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.56	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.865	22.899	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.306	15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.699	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.437	1.5	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.843	2	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.441	3	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.346	4.5	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	142	-
R_work	0.225	2696	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5903	-0.6071	1.9984	2.0573	-2.5311	6.9453	-0.0384	-0.1401	-0.0192	-0.2132	0.2673	0.4924	-0.1043	-0.5669	-0.2289	0.2622	0.0491	0.0398	0.1944	0.0244	0.2498	49.0505	5.374	-16.2113
2	3.4829	-0.2805	-1.1342	2.7067	-0.2697	3.4195	0.0941	0.1445	0.3743	0.1457	0.0996	0.5551	-0.4416	-0.3364	-0.1938	0.2476	-0.0016	0.0948	0.0566	0.0086	0.2152	51.9617	7.7415	0.3234
3	5.5665	-0.891	-2.9289	1.4681	0.7962	2.8387	0.094	-0.2366	-0.1338	0.2874	-0.012	0.1041	0.1618	0.1753	-0.082	0.1435	-0.0291	-0.0344	0.0228	0.0063	0.0728	58.0749	-19.2526	4.978
4	2.687	-0.0747	-2.9454	1.4937	0.5602	5.6425	0.0727	0.1956	-0.1471	-0.0501	0.0432	-0.0108	0.2277	-0.2216	-0.1159	0.0947	-0.035	-0.0055	0.0707	0.0018	0.1286	47.6776	-25.2578	-0.4751
5	2.2666	-0.5974	-0.4933	2.7664	-0.0042	1.6922	0.0725	-0.232	0.1982	0.3733	0.0429	-0.0442	-0.2249	0.2413	-0.1154	0.1674	-0.0712	0.0303	0.0642	-0.0355	0.023	64.8726	-2.5308	3.3787
6	4.2318	-1.6592	-1.2536	2.5487	0.3931	2.3977	0.1197	-0.2144	0.0671	0.2022	0.0418	-0.2039	-0.1395	0.5064	-0.1615	0.0855	-0.0485	-0.0356	0.115	-0.0284	0.0573	69.8562	-11.1764	0.1014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-22 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	153 - 225
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	226 - 326
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	327 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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