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- PDB-5ex7: Crystal structure of Brat NHL domain in complex with an 8-nt hunc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ex7
タイトルCrystal structure of Brat NHL domain in complex with an 8-nt hunchback mRNA
要素
  • Brain tumor protein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*UP*UP*GP*U)-3')
キーワードTRANSLATION/RNA / Brat-NHL / hunchback mRNA / TRANSLATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / segmentation / ventral cord development / asymmetric cell division / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation ...asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / segmentation / ventral cord development / asymmetric cell division / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation / Neutrophil degranulation / apical cortex / neuroblast differentiation / neural precursor cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / oogenesis / rRNA transcription / neuroblast proliferation / regulation of neurogenesis / regulation of synaptic vesicle endocytosis / translation regulator activity / translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / brain development / neuron differentiation / regulation of translation / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Protein brain tumor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Drosophila (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, Y. / Yu, Z. / Wang, M. / Liu, C.P. / Yang, N. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31521002 中国
National Natural Science Foundation of China31370734 中国
National Natural Science Foundation of China31430018 中国
National Natural Science Foundation of China31570747 中国
MOST2105CB856202 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Brat NHL domain in complex with an 8-nt hunchback mRNA
著者: Wang, Y. / Yu, Z. / Wang, M. / Liu, C.P. / Yang, N. / Xu, R.M.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brain tumor protein
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*UP*UP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8402
ポリマ－34,8402
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.518, 150.518, 37.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Brain tumor protein


分子量: 32357.812 Da / 分子数: 1 / 断片: Brat NHL domain, UNP residues 758-1037 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: brat, CG10719 / プラスミド: pGEX-6P-Xu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q8MQJ9
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*UP*UP*GP*U)-3')


分子量: 2482.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Drosophila (ハエ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 14% Jeffamine ED-2001, 0.1 M imidozale

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 15443 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 39.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.931 / Net I/av σ(I): 30.918 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 169589
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6910.70.65215440.9060.2080.6850.956100
2.69-2.811.30.4714920.9510.1460.4930.939100
2.8-2.9311.30.30115680.9760.0930.3150.945100
2.93-3.0811.40.21915070.9880.0680.2290.966100
3.08-3.2811.30.14115260.9940.0440.1470.922100
3.28-3.5311.30.09115590.9970.0280.0950.936100
3.53-3.8811.20.06915330.9980.0220.0730.877100
3.88-4.45110.05815510.9980.0180.0610.844100
4.45-5.610.30.0615580.9970.020.0641.084100
5.6-5010.10.04916050.9990.0160.0520.84699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q7F

1q7f


解像度: 2.6→33.865 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 785 5.09 %Random selection
Rwork0.181 14645 --
obs0.1835 15430 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.46 Å2 / Biso mean: 40.7277 Å2 / Biso min: 17.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→33.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 146 0 112 2452
Biso mean---39.67 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7373306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.54930
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5946-2.75710.34971280.2792398252699
2.7571-2.96990.30691440.251724002544100
2.9699-3.26850.2781370.227124212558100
3.2685-3.7410.25261270.186324502577100
3.741-4.71120.19471310.145524592590100
4.7112-33.86780.15271180.137825172635100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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