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万見
- PDB-5euz: Rat prestin STAS domain in complex with iodide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5euz
タイトルRat prestin STAS domain in complex with iodide
要素Prestin,Prestin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Anion-binding site / protein-anion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate transport / lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / response to potassium ion / response to auditory stimulus ...oxalate transport / lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / response to potassium ion / response to auditory stimulus / monoatomic anion transmembrane transport / chloride:bicarbonate antiporter activity / response to salt / response to thyroid hormone / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / positive regulation of cell motility / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / spectrin binding / cochlea development / cytoskeletal motor activity / positive regulation of cell size / lateral plasma membrane / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / response to ischemia / regulation of membrane potential / sensory perception of sound / regulation of cell shape / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain ...STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Prestin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Lolli, G. / Pasqualetto, E. / Costanzi, E. / Bonetto, G. / Battistutta, R.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
European Community's Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under BioStruct-Xgrant agreement Number 283570
Fondazione Cassa di Risparmio di Padova e RovigoProgetto di Eccellenza イタリア
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: The STAS domain of mammalian SLC26A5 prestin harbours an anion-binding site.
著者: Lolli, G. / Pasqualetto, E. / Costanzi, E. / Bonetto, G. / Battistutta, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Cytosolic Portion of the Motor Protein Prestin and Functional Role of the STAS Domain in SLC26/SulP Anion Transporters
著者: Pasqualetto, E. / Aiello, R. / Gesiot, L. / Bonetto, G. / Bellanda, M. / Battistutta, R.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prestin,Prestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,99413
ポリマ－15,8141
非ポリマー1,18012
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.911, 61.911, 66.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prestin,Prestin / Solute carrier family 26 member 5


分子量: 15813.604 Da / 分子数: 1 / 断片: STAS domain,STAS domain
変異: Residues 564-636 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 563 and 637. Met651SeMet,Residues 564-636 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position ...変異: Residues 564-636 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 563 and 637. Met651SeMet,Residues 564-636 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 563 and 637. Met651SeMet
由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 564-636 (variable loop) are deleted, GlySer are inserted between position 563 and 637. Met651SeMet
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc26a5, Pres / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EPH0

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非ポリマー , 5種, 43分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Mes pH 6.5, 1.8 M Ammonium Sulphate, 5% (w/v) PEG400, 0.1% (w/v) octyl-beta-D-glucopyranoside. Crystals were soaked with precipitant solution supplemented with 0.5 M Potassium Iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.74 Å / Num. all: 89114 / Num. obs: 6054 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.733 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLO

3llo


解像度: 2.403→41.737 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 652 5.89 %
Rwork0.1883 10414 -
obs0.1903 11066 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.38 Å2 / Biso mean: 55.2479 Å2 / Biso min: 22.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.403→41.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1023 0 112 31 1166
Biso mean--64.9 40.74 -
残基数----130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7931451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.339388
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4033-2.58880.30771540.26912026218097
2.5888-2.84930.2999960.243121112207100
2.8493-3.26140.23331240.215821232247100
3.2614-4.10850.24471420.170220782220100
4.1085-41.74340.16921360.160620762212100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2656-0.06920.01810.1670.29910.14260.2207-0.05060.0575-0.34570.1629-0.22750.20880.3021-00.3665-0.0251-0.00160.2832-0.04840.445814.381456.137763.6237
20.47160.06790.31630.4991-0.21620.5408-0.0087-0.0878-0.04710.16080.0442-0.11690.09150.181-00.34170.0048-0.03940.3382-0.0330.380914.139655.346267.5188
30.029-0.02660.00840.0166-0.05840.01280.5939-1.0687-0.3252-0.17670.08440.4658-0.2368-0.63601.0655-0.0532-0.11550.73050.10060.77066.369453.400381.6157
40.9156-0.19650.0692.33460.13271.0176-0.1065-0.00030.0020.10550.12460.069-0.0135-0.082700.2735-0.0003-0.00950.2392-0.01550.22810.856964.629370.2386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 505 through 520 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 521 through 545)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 546 through 552 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 638 through 718 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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