PDB-5eum: 1.8 Angstrom Crystal Structure of ATP-binding Component of Fused ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eum

タイトル

1.8 Angstrom Crystal Structure of ATP-binding Component of Fused Lipid Transporter Subunits of ABC superfamily from Haemophilus influenzae.

要素

Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

キーワード

HYDROLASE / ATP-binding domain / ABC transporter superfamily / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae PittII (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.8 Angstrom Crystal Structure of ATP-binding Component of Fused Lipid Transporter Subunits of ABC superfamily from Haemophilus influenzae.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eum.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eum.ent.gz	187.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/5eum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/5eum	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ghiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c2p-d 2ixf-1 4c2q-d 4gxq-1 4c2o-d 6m7f-1 5dvl-1 3mg9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp91076

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.237, 95.237, 60.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA 分子量: 28282.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae PittII (インフルエンザ菌) 遺伝子: msbA, CGSHiII_09046 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E1SLC7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

#1: タンパク質

Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

分子量: 28282.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae PittII (インフルエンザ菌)
遺伝子: msbA, CGSHiII_09046 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E1SLC7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

-
非ポリマー , 6種, 326分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 8.5 mg/ml, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: JCSG+ (E2), 0.2M Sodium chloride, 0.1M Sodium cacodylate (pH 6.5), 2M Ammonium sulfate; Cryo: 1:1 (screen solution) : (50% Sucrose).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98756 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98756 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 50720 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定
BLU-MAX		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GHI

2ghi

解像度: 1.8→29.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.536 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20394	2598	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17104	-	-	-
obs	0.1727	47918	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.179 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3871	0	117	305	4293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.981	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3	9508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.162	5	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.33	25.07	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.72	15	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.27	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.639	2.539	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.626	2.531	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.524	3.778	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.524	3.778	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.366	3.088	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.366	3.083	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.686	4.479	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.527	21.522	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.455	20.904	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	203	-
R_work	0.223	3516	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8852	0.9782	0.5424	1.6869	-0.6425	1.8693	-0.0419	0.2462	-0.0847	0.0871	0.0732	-0.2879	-0.0731	0.1606	-0.0313	0.0179	0.0001	-0.0161	0.0646	-0.074	0.1261	-13.5804	52.1095	-3.1169
2	1.7647	-1.8128	-1.9546	5.2468	1.3199	6.4741	0.2312	0.2259	0.2066	-0.3954	-0.0508	-0.2997	-0.0957	-0.1455	-0.1804	0.049	0.0192	0.037	0.0541	0.019	0.03	-27.5019	52.7703	-19.4729
3	1.5151	0.0472	0.5503	1.1904	0.3044	1.2016	0.077	0.1712	0.0618	-0.0687	0.0646	-0.2337	-0.008	0.1812	-0.1416	0.0451	0.0046	0.0137	0.0957	-0.0524	0.0827	-22.6328	48.5727	-8.1338
4	4.9754	-1.727	-0.1976	4.8904	3.1793	2.268	-0.007	-0.1557	0.3801	-0.3686	-0.1169	0.0234	-0.2714	-0.1573	0.1238	0.1145	0.0636	-0.0063	0.2004	-0.072	0.057	-10.9556	26.9207	-6.9765
5	5.4643	-1.3215	-0.7843	5.2806	-0.2368	3.1637	-0.0093	-0.2713	0.037	0.3887	-0.0341	-0.1898	0.2414	-0.1881	0.0434	0.1011	0.0076	-0.0442	0.2246	-0.0756	0.0456	-10.2542	24.7282	4.7954
6	0.1043	-0.4445	-0.4513	2.0954	2.4015	3.2289	-0.0158	-0.0013	0.0263	0.0748	-0.2787	0.0497	0.2952	-0.6612	0.2945	0.3145	-0.0238	0.0166	0.559	-0.0763	0.2844	-14.3446	23.4394	-3.8404
7	5.3234	0.2516	0.8302	5.2572	-0.7229	1.592	0.2394	-0.5064	-0.5879	0.0165	-0.1368	0.0229	0.104	-0.2027	-0.1027	0.044	0.0027	-0.0689	0.1036	0.004	0.1341	-23.8986	32.5154	1.2519
8	2.3778	0.6277	0.585	1.6304	0.7505	0.8187	0.1434	-0.1586	-0.0792	0.0762	-0.0005	0.0112	0.144	-0.1331	-0.143	0.1448	-0.0062	-0.0338	0.1302	-0.0182	0.0882	-38.2063	40.8328	-3.0894
9	1.0275	1.3048	0.5635	7.2698	-0.0938	2.2362	0.0674	0.0952	0.2661	0.2511	-0.1231	0.0203	-0.1576	0.0409	0.0557	0.0607	-0.0082	0.0623	0.0289	0.0274	0.1456	4.5443	34.9612	-27.3963
10	3.4107	-0.8175	-1.4134	1.4007	0.8074	8.8113	-0.0649	-0.3623	0.2407	0.1875	0.1715	-0.14	0.1348	0.2751	-0.1066	0.0468	0.0154	-0.0098	0.0463	-0.0323	0.0247	5.0792	20.1587	-11.7678
11	1.1592	0.0815	-0.2354	1.6242	-0.5208	1.2007	0.0729	-0.0756	0.238	0.1759	0.0734	-0.0535	-0.1908	0.0155	-0.1463	0.1	0.0041	0.0561	0.0552	-0.0142	0.0854	0.8033	24.9957	-21.9422
12	3.4282	-0.8763	-3.0187	5.6669	-1.3185	6.4934	-0.0348	-0.2684	0.1586	-0.1713	-0.1247	-0.4505	0.513	0.5412	0.1595	0.1685	0.0725	0.0396	0.0867	0.0081	0.0472	-20.8916	37.1039	-23.1524
13	5.0528	-0.6931	0.7954	5.0293	1.3834	2.788	-0.1072	0.4156	0.1652	-0.2959	0.0652	0.0802	0.2137	-0.2223	0.042	0.2645	-0.0054	0.0663	0.1473	0.0624	0.0579	-24.0604	36.9942	-35.5255
14	2.3852	-0.7986	-2.458	0.3751	0.5202	3.4128	-0.2711	0.0935	0.0111	-0.0672	0.0039	-0.1008	0.6719	-0.2617	0.2672	0.4075	-0.0133	0.0635	0.1739	-0.0076	0.148	-24.1741	33.2757	-26.2338
15	4.7506	-0.1714	1.0393	5.0045	-0.292	1.8727	-0.159	0.0276	-0.0131	-0.5237	0.2251	0.6122	0.2566	-0.1223	-0.0661	0.1454	-0.0052	-0.0106	0.0659	0.0774	0.1651	-15.0566	23.7691	-31.3199
16	1.6264	0.669	-0.8121	2.46	-0.4921	0.8738	-0.003	0.0717	-0.0092	-0.15	0.1454	0.0791	0.134	-0.1488	-0.1425	0.1328	-0.0063	0.0147	0.1448	0.0353	0.0875	-6.7847	9.4151	-26.9964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	333 - 349
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	350 - 361
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	362 - 427
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	428 - 444
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	445 - 473
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	474 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	502 - 534
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	535 - 587
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	333 - 348
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	349 - 361
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	362 - 428
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	429 - 444
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	448 - 473
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	474 - 501
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	502 - 534
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	535 - 587

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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