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- PDB-5eu0: FIC domain of Bep1 from Bartonella rochalimae in complex with BiaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eu0
タイトルFIC domain of Bep1 from Bartonella rochalimae in complex with BiaA
要素
  • Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS
  • antitoxin 1
キーワードTOXIN / AMPylation / adenylylation / Fic proteins / toxin-antitoxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA domain superfamily / BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. ...Antitoxin VbhA-like / Antitoxin VbhA domain superfamily / BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
protein adenylyltransferase / Antitoxin VbhA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Goepfert, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation3100-138414 スイス
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Molecular basis for Rho-family GTPase discrimination by a bacterial virulence factor
著者: Dietz, N. / Harms, A. / Sorg, I. / Mas, G. / Goepfert, A. / Hiller, S. / Schirmer, T. / Dehio, C.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Structure summary
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS
B: antitoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6374
ポリマ－33,4452
非ポリマー1922
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.130, 73.130, 130.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS


分子量: 25997.557 Da / 分子数: 1 / 断片: FIC domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア)
遺伝子: BARRO_10061 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6YJU0
#2: タンパク質 antitoxin 1 / Bia1


分子量: 7447.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella rochalimae ATCC BAA-1498 (バクテリア)
遺伝子: BARRO_50056, O99_01280 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6YLF5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M HEPES pH7.5, 2.3M AMMONIUM SULFATE, 2% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→73.1 Å / Num. obs: 47293 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 16.29 / Num. measured all: 547927
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. measured obs: 6418 / Num. possible: 634 / Num. unique obs: 633 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.028 / Rejects: 0 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.7精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SHG

3shg


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.077
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2364 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 47280 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 97.71 Å2 / Biso mean: 25.19 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4786 Å20 Å20 Å2
2--0.4786 Å20 Å2
3----0.9573 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 10 268 2444
Biso mean--40.54 34.37 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d783SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes313HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2222HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion293SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2847SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2222HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3004HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.52
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 169 4.99 %
Rwork0.291 3220 -
all-3389 -
obs--98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36270.11340.2241.3541-0.02831.0167-0.00380.0072-0.0238-0.00280.0026-0.18620.03660.10040.0012-0.04340.022-0.0148-0.0833-0.0037-0.008227.386259.289649.2447
21.4451-0.791-0.27372.31310.74741.416-0.06-0.05840.0393-0.02330.1-0.3454-0.04390.2092-0.04-0.0432-0.0031-0.0081-0.071-0.01430.042635.900678.040156.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A19 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B13 - 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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