PDB-5es2: The crystal structure of a functionally uncharacterized protein L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5es2

タイトル

The crystal structure of a functionally uncharacterized protein LPG0634 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

要素

Uncharacterized protein LPG0634

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Putative substrate of the Dot/Icm secretion system / Putative substrate of the Dot/Icm secretion system superfamily / Substrate of the Dot/Icm secretion system, putative / ACETATE ION / Type IV secretion protein Dot

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM074942	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally uncharacterized protein LPG0634 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
著者: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5es2.cif.gz	321.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5es2.ent.gz	263.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5es2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5es2_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5es2_full_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示
XML形式データ	5es2_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	5es2_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5e7m-d 3nrc-d 4c7d-1 4d0d-2 4d0d-1 6btq-d 2ov2-11 7jv8-3 1dlj-d 2dh1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC115566

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein LPG0634

B: Uncharacterized protein LPG0634

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein LPG0634

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein LPG0634

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.070, 97.322, 100.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein LPG0634 分子量: 49670.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0634 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZXU7
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M HEPES, 25% PEG335

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→36.5 Å / Num. all: 35558 / Num. obs: 35558 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→36.202 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2532	1800	5.19 %	Random selection
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.1942	34711	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5980	0	106	52	6138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	6143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.342	8285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.935	2252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.015	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6001-2.6703	0.3418	143	0.2748	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6703-2.7489	0.36	130	0.2613	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7489-2.8376	0.2916	120	0.2498	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8376-2.9389	0.3265	136	0.2428	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9389-3.0566	0.3287	134	0.2556	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0566-3.1956	0.2696	148	0.2479	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1956-3.364	0.2774	141	0.228	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.364-3.5745	0.2642	132	0.2134	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5745-3.8503	0.2227	160	0.1795	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8503-4.2372	0.2052	123	0.1575	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2372-4.8491	0.2065	153	0.1522	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8491-6.1046	0.2476	163	0.1785	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1046-36.2058	0.2576	117	0.154	2501	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6254	1.3919	-0.7225	4.2758	0.0112	1.7914	-0.0574	0.122	0.0721	-0.1277	-0.0303	0.1045	-0.0768	-0.0151	0.0905	0.2654	0.006	-0.0517	0.3746	0.0086	0.3689	44.3809	28.9262	131.6661
2	2.484	-0.3749	-0.2147	2.0134	-0.6672	3.1813	0.0945	0.169	-0.0095	-0.1247	0.0408	0.1759	0.2474	-0.3479	-0.1403	0.2835	-0.0232	-0.019	0.4257	-0.0555	0.48	16.6436	10.0312	146.9667
3	5.2366	-0.0589	-1.6364	2.0449	-0.2963	4.4232	0.0915	0.137	0.263	-0.0493	0.0788	-0.0443	-0.1492	-0.2045	-0.1444	0.3058	-0.0495	0.0054	0.2713	-0.0295	0.4129	26.0615	18.7277	142.3565
4	1.6983	1.0877	-0.8798	3.9878	-1.2908	4.3971	-0.0026	-0.4232	0.1977	1.25	0.3497	0.3035	-0.8046	0.1479	-0.3124	1.2461	0.1848	-0.0249	0.7694	-0.2552	0.8097	27.4509	49.8352	96.8159
5	2.1869	-0.3789	-1.7933	6.7564	-1.7767	4.5693	0.2305	0.3215	-0.0708	-0.1092	0.1143	-0.037	-0.6081	-0.0021	-0.2544	0.7786	0.078	-0.0483	0.5376	-0.177	0.559	31.3249	46.709	88.3274
6	4.6954	1.7921	-2.2708	9.0029	-1.1244	5.6236	0.1131	-0.3594	0.2031	0.7221	0.1308	-0.8222	-0.3235	0.8744	-0.2762	0.6842	0.0836	-0.1453	0.6469	-0.3066	0.7201	38.0048	40.0673	89.9064
7	1.3506	-1.9676	-1.4096	3.6404	0.7702	2.7328	-0.195	-0.3734	-0.0846	0.7179	0.1176	0.1057	0.0487	0.0019	0.0622	0.6655	-0.005	-0.0756	0.7478	-0.2297	0.6329	33.4886	28.5324	91.0641
8	2.241	-0.0723	-0.4106	5.2448	2.4731	6.8649	-0.1232	-0.3197	-0.2705	0.6074	0.0875	-0.2185	0.1392	0.0699	0.0336	0.4728	0.1545	0.0036	0.4939	0.0056	0.4062	39.5403	3.2938	78.8095
9	5.7308	0.6685	3.9185	3.4796	0.0047	7.0323	-0.2659	-0.9892	-0.1078	0.9409	0.3099	-0.2987	0.0302	0.318	-0.0539	0.5967	0.1877	-0.0533	0.687	-0.1045	0.4371	40.7405	10.6377	85.5307
10	4.9033	0.5745	2.6296	4.6012	-0.2652	6.93	0.0169	-0.99	-0.1799	1.1432	0.1911	0.8034	0.1054	-0.9099	-0.1137	0.5492	0.1126	0.1385	0.5665	-0.0169	0.4897	26.6167	9.5616	79.4858
11	5.3833	1.1356	-1.4333	6.3341	0.5459	5.8206	-0.0259	-0.3431	0.3718	0.4935	0.4846	-1.0971	-0.5648	0.8604	-0.4751	0.5912	0.1253	-0.149	0.7279	-0.2065	0.5747	46.7362	20.1366	82.8418
12	4.8438	-2.1462	-3.1158	4.3051	1.987	6.0956	-0.2453	-0.313	0.2588	0.6969	0.0639	0.5427	0.319	-0.5933	0.1513	0.6112	-0.0022	0.097	0.6759	-0.1327	0.6042	23.9665	24.9721	88.2954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 180 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 317 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 318 through 398 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 63 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 108 through 136 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 137 through 202 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 255 through 288 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 289 through 317 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 318 through 365 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 366 through 400 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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