PDB-5er3: Crystal structure of ABC transporter system solute-binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5er3

タイトル

Crystal structure of ABC transporter system solute-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1

要素

Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

キーワード

solute-binding protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter

機能・相同性

Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopirellula baltica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter system solute-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1
著者: Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Mack, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5er3.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5er3.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5er3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5er3_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5er3_full_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示
XML形式データ	5er3_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5er3_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5er3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5er3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dg6-d 6bib-d 3c6q-1 3c6q-2 4hl0-2 5d16-d 5ebg-d 3jyb-d 5ivu-d 5t6f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110940

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

ヘテロ分子

A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.755, 95.576, 46.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein 分子量: 36585.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopirellula baltica (strain DSM 10527 / NCIMB 13988 / SH1) (バクテリア) 株: DSM 10527 / NCIMB 13988 / SH1 / 遺伝子: RB10898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7UK26
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Calcium Chloride, HEPES, PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97899 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 0.823 / Net I/av σ(I): 11.437 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 163470

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	6.6	0.584	933	0.741	0.238	0.634	0.835	96.3
2.14-2.18	7	0.586	949	0.808	0.235	0.634	0.887	99.4
2.18-2.22	7.4	0.552	974	0.812	0.219	0.596	0.847	99.1
2.22-2.26	7.7	0.502	973	0.865	0.193	0.54	0.83	99.6
2.26-2.31	8.1	0.476	995	0.887	0.18	0.51	0.864	100
2.31-2.37	8.3	0.458	955	0.893	0.171	0.49	0.84	100
2.37-2.42	8.5	0.391	995	0.922	0.145	0.418	0.821	100
2.42-2.49	8.7	0.399	968	0.918	0.146	0.426	0.813	100
2.49-2.56	8.8	0.328	987	0.947	0.119	0.349	0.816	100
2.56-2.65	8.8	0.282	976	0.952	0.103	0.301	0.829	100
2.65-2.74	8.7	0.241	993	0.964	0.088	0.257	0.819	100
2.74-2.85	8.8	0.204	983	0.971	0.074	0.217	0.838	100
2.85-2.98	8.7	0.167	979	0.985	0.061	0.178	0.817	100
2.98-3.14	8.7	0.133	998	0.988	0.048	0.142	0.823	100
3.14-3.33	8.7	0.113	1002	0.986	0.041	0.121	0.837	100
3.33-3.59	8.5	0.093	1002	0.987	0.034	0.099	0.824	100
3.59-3.95	8.5	0.083	1004	0.991	0.03	0.088	0.834	100
3.95-4.52	8.4	0.076	1015	0.99	0.028	0.082	0.775	100
4.52-5.7	8.2	0.07	1041	0.985	0.027	0.075	0.683	100
5.7-50	7.8	0.082	1108	0.991	0.032	0.089	0.845	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.105→34.81 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	1672	4.96 %
R_work	0.1764	32068	-
obs	0.178	33740	90.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.05 Å² / B_iso mean: 30.5357 Å² / B_iso min: 13.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.105→34.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2331	0	13	98	2442
B_iso mean	-	-	50.12	31.98	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.678	3247
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.305	1444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1051-2.1671	0.2585	99	0.2102	1798	1897	61
2.1671-2.237	0.2406	92	0.2042	2046	2138	70
2.237-2.3169	0.224	113	0.1973	2375	2488	80
2.3169-2.4097	0.2121	167	0.202	2556	2723	88
2.4097-2.5193	0.2319	162	0.2132	2747	2909	95
2.5193-2.6521	0.2652	114	0.2003	2934	3048	98
2.6521-2.8182	0.2512	138	0.2113	2974	3112	100
2.8182-3.0357	0.2521	144	0.1963	2928	3072	100
3.0357-3.3409	0.2354	140	0.1827	2944	3084	100
3.3409-3.8239	0.2005	187	0.1577	2930	3117	100
3.8239-4.8156	0.1494	141	0.1311	2924	3065	100
4.8156-34.815	0.1764	175	0.1673	2912	3087	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9642	1.0083	-0.6445	2.3568	0.2091	1.5032	0.0565	-0.0133	0.1653	0.1408	0.0019	0.3914	-0.048	-0.0973	-0.0409	0.1672	0.0007	0.0115	0.1884	0.0041	0.2221	18.2952	2.0655	9.6976
2	1.3499	0.2965	-0.2701	2.2871	-1.2707	1.8127	0.0293	0.0479	-0.0138	0.0078	-0.116	-0.2491	-0.0423	0.1635	0.0615	0.1232	-0.0112	-0.0053	0.1718	0.0147	0.1993	38.8843	16.9372	-3.5653
3	1.5025	-0.6195	0.6781	2.1464	-0.6531	2.6951	-0.1064	0.0417	0.2024	0.1833	-0.0189	-0.1093	-0.3943	-0.007	0.1263	0.2276	-0.0141	-0.0009	0.1658	0.0001	0.1733	32.1349	28.0372	-10.6933
4	2.7688	0.1766	0.5163	1.6952	1.0995	2.4348	-0.2425	0.1268	0.024	-0.3737	0.1179	-0.0084	-0.0881	-0.0368	0.1198	0.2341	0.0113	0.0086	0.2021	0.0058	0.1718	28.6315	23.1307	-21.8209
5	0.9051	-0.7959	1.4977	1.7694	-0.8131	2.7058	0.0079	0.0248	-0.0111	-0.0056	-0.0155	0.0172	0.1433	-0.2351	0.0161	0.2536	-0.0013	0.0213	0.2407	-0.0203	0.169	30.516	14.4465	-17.1967
6	2.2509	0.0223	-0.7038	2.0039	-0.5026	1.9391	-0.0373	0.2892	-0.0161	-0.1723	-0.028	-0.0349	0.0181	-0.0513	0.0362	0.199	-0.0228	-0.0101	0.1929	0.0045	0.1816	25.6205	-2.5472	-1.1098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 138 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 139 through 200 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 261 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 262 through 292 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 293 through 309 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 310 through 364 )	A

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