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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5er2 | ||||||
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タイトル | High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme | ||||||
![]() | ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sali, A. / Veerapandian, B. / Cooper, J.B. / Foundling, S.I. / Hoover, D.J. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor: the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme. 著者: Sali, A. / Veerapandian, B. / Cooper, J.B. / Foundling, S.I. / Hoover, D.J. / Blundell, T.L. #1: ![]() タイトル: The Active Site of Aspartic Proteinases 著者: Pearl, L. / Blundell, T. #2: ![]() タイトル: Active Site of Acid Proteinases 著者: Blundell, T.L. / Jones, H.B. / Khan, G. / Taylor, G. / Sewell, T.S. / Pearl, L.H. / Wood, S.P. #3: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Acid Proteinases 著者: Blundell, T.L. / Jenkins, J.A. / Khan, G. / Roychowdhury, P. / Sewell, T. / Tickle, I.J. / Wood, E.A. #4: ![]() タイトル: Four-Fold Structural Repeat in the Acid Proteases 著者: Blundell, T.L. / Sewell, B.T. / Mclachlan, A.D. #5: ![]() タイトル: Structural Evidence for Gene Duplication in the Evolution of Acid Proteases 著者: Tang, J. / James, M.N.G. / Hsu, I.N. / Jenkins, J.A. / Blundell, T.L. #6: ![]() タイトル: Homology Among Acid Proteases. Comparison of Crystal Structures at 3 Angstroms Resolution of Acid Proteases from Rhizopus Chinensis and Endothia Parasitica 著者: Subramanian, E. / Swan, I.D.A. / Liu, M. / Davies, D.R. / Jenkins, J.A. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. #7: ![]() タイトル: X-Ray Analysis and Circular Dichroism of the Acid Protease from Endothia Parasitica and Chymosin 著者: Jenkins, J. / Tickle, I. / Sewell, T. / Ungaretti, L. / Wollmer, A. / Blundell, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 526.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 535.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO E 23 AND PRO E 133 ARE CIS PROLINES. 2: RESIDUE HIS I 3 HAS ATOMS WITH ALTERNATE POSITIONS DENOTED C AND N IN THE ATOM RECORDS. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-0EK / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED BY V. PEDERSEN AS TRYPTIC FRAGMENTS WHICH WERE ALIGNED IN THE ...THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.26 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 21985 / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 26706 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å 詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |