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- PDB-5epb: Crystal structure of the bromodomain of human ATAD2 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epb
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human ATAD2 in complex with Compound 49
要素ATPase family AAA domain-containing protein 2
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE INHIBITOR Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5QW / ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dong, J. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human ATAD2 in complex with Compound 49
著者: Dong, J. / Caflisch, A.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2484
ポリマ－15,4541
非ポリマー7953
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.258, 79.258, 139.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1378-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 981-1108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物 ChemComp-5QW / ~{N}-[(2~{S})-2-morpholin-4-ylpropyl]-4-oxidanylidene-3,5-dihydro-2~{H}-1,5-benzothiazepine-7-carboxamide


分子量: 349.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N3O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→68.639 Å / Num. all: 41688 / Num. obs: 41688 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19 % / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.038 / Rsym value: 0.036 / Net I/av σ(I): 10.095 / Net I/σ(I): 41.9 / Num. measured all: 790978
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5819.30.4231.811114557720.0970.4237.196.6
1.58-1.6819.10.2652.910785456340.0610.26511.299.1
1.68-1.7919.20.1654.610279353420.0380.16517.199.5
1.79-1.9419.80.17.59897350070.0230.126.799.7
1.94-2.1218.80.06311.48676146120.0150.06340.699.8
2.12-2.3719.60.04515.48313442410.010.04560.599.9
2.37-2.7418.30.03717.86895537610.0090.0377199.9
2.74-3.3518.80.03120.36057032210.0070.03190.7100
3.35-4.7417.50.02622.54472825540.0060.026103.499.7
4.74-48.85816.90.02318.42606515440.0060.02397.899.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å48.86 Å
Translation1.5 Å48.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DAI

3dai


解像度: 1.5→48.858 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1857 2107 5.06 %
Rwork0.1671 39537 -
obs0.1681 41644 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.08 Å2 / Biso mean: 30.9246 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→48.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 53 221 1358
Biso mean--44.56 42.35 -
残基数----130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8211584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.838725
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53490.2281350.17942464259995
1.5349-1.57330.20821290.17152529265897
1.5733-1.61580.20021290.1582586271598
1.6158-1.66340.19011460.15262552269899
1.6634-1.71710.1811520.14582592274499
1.7171-1.77840.17631340.1522608274299
1.7784-1.84960.16971360.15862623275999
1.8496-1.93380.18851380.16272624276299
1.9338-2.03580.19831400.169726242764100
2.0358-2.16330.16531230.164926602783100
2.1633-2.33040.17261470.151926592806100
2.3304-2.56490.18461370.16726752812100
2.5649-2.9360.17631620.170526812843100
2.936-3.69880.19271320.167627572889100
3.6988-48.88370.19011670.176529033070100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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