PDB-5ep0: Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO - Receiver+Catalytic Domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ep0

タイトル

Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO - Receiver+Catalytic Domains

要素

Putative repressor protein luxO

キーワード

TRANSCRIPTION / Quorum sensing / AAA+ protein / receiver domain / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photobacterium angustum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Shah, T. / Selcuk, H.B. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure, Regulation, and Inhibition of the Quorum-Sensing Signal Integrator LuxO.
著者: Boyaci, H. / Shah, T. / Hurley, A. / Kokona, B. / Li, Z. / Ventocilla, C. / Jeffrey, P.D. / Semmelhack, M.F. / Fairman, R. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2015年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ep0.cif.gz	104.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ep0.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ep0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ep0_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ep0_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	5ep0_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	5ep0_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5ep0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5ep0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ep1C 5ep2C 5ep3C 5ep4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qld-d 4dy5-d 6i1c-d 5qo6-d 6whd-d 5qlf-d 5qku-d 5qlv-d 5ql3-d 5qki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative repressor protein luxO

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.149, 116.149, 71.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Putative repressor protein luxO 分子量: 44026.332 Da / 分子数: 1 / 断片: Receiver+catalytic domains (UNP residues 1-387) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium angustum (バクテリア) プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1ZS18
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM sodium buffer pH5.5, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.9782 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日

放射

モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9782 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→35 Å / Num. obs: 72082 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.906 / Net I/av σ(I): 39.619 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 563802

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	7.3	0.651	3587	0.883	0.257	0.7	0.911	100
1.63-1.66	7.5	0.559	3579	0.912	0.218	0.601	0.923	100
1.66-1.69	7.5	0.515	3579	0.933	0.201	0.554	0.921	100
1.69-1.72	7.9	0.425	3603	0.952	0.161	0.455	0.91	100
1.72-1.76	8	0.354	3557	0.964	0.134	0.379	0.94	100
1.76-1.8	8	0.306	3611	0.973	0.115	0.327	0.956	100
1.8-1.85	7.9	0.249	3560	0.98	0.094	0.266	0.953	100
1.85-1.9	7.8	0.2	3617	0.987	0.077	0.214	0.963	100
1.9-1.95	7.4	0.157	3570	0.99	0.062	0.168	0.981	100
1.95-2.02	7.7	0.132	3588	0.993	0.051	0.142	0.981	100
2.02-2.09	7.9	0.108	3613	0.995	0.041	0.116	0.969	100
2.09-2.17	8.2	0.088	3597	0.997	0.033	0.094	0.946	100
2.17-2.27	8.1	0.072	3634	0.998	0.027	0.076	0.956	100
2.27-2.39	7.9	0.063	3588	0.998	0.024	0.067	0.935	100
2.39-2.54	7.6	0.055	3597	0.998	0.021	0.059	0.888	100
2.54-2.74	7.9	0.048	3608	0.999	0.018	0.051	0.847	100
2.74-3.01	8.3	0.041	3619	0.999	0.015	0.044	0.827	100
3.01-3.45	7.9	0.036	3607	0.999	0.014	0.038	0.843	100
3.45-4.34	7.8	0.03	3654	0.999	0.011	0.032	0.815	100
4.34-35	7.9	0.026	3714	0.999	0.01	0.028	0.681	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10-2155_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.6→23.091 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1959	3600	5 %	RANDOM
R_work	0.1706	68421	-	-
obs	0.1718	72021	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.6 Å² / B_iso mean: 29.475 Å² / B_iso min: 13.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→23.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2953	0	38	448	3439
B_iso mean	-	-	35.56	42.21	-
残基数	-	-	-	-	380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	4321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.294	1984

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5994-1.6204	0.3002	135	0.2449	2560	2695	97
1.6204-1.6426	0.2588	133	0.2213	2631	2764	100
1.6426-1.6661	0.2262	131	0.2186	2593	2724	100
1.6661-1.691	0.2327	156	0.2048	2608	2764	100
1.691-1.7174	0.21	141	0.2051	2612	2753	100
1.7174-1.7455	0.1996	144	0.1935	2634	2778	100
1.7455-1.7756	0.2193	137	0.1991	2617	2754	100
1.7756-1.8079	0.2269	134	0.1913	2642	2776	100
1.8079-1.8426	0.2029	150	0.1893	2604	2754	100
1.8426-1.8802	0.2239	141	0.1821	2636	2777	100
1.8802-1.9211	0.1992	120	0.1858	2627	2747	100
1.9211-1.9658	0.2165	135	0.1835	2625	2760	100
1.9658-2.0149	0.2001	146	0.1785	2612	2758	100
2.0149-2.0693	0.22	136	0.1769	2631	2767	100
2.0693-2.1302	0.184	136	0.1757	2639	2775	100
2.1302-2.1989	0.1708	150	0.1708	2625	2775	100
2.1989-2.2774	0.2097	132	0.1694	2636	2768	100
2.2774-2.3685	0.1905	126	0.1677	2662	2788	100
2.3685-2.4762	0.2027	135	0.1706	2634	2769	100
2.4762-2.6066	0.1787	145	0.1754	2618	2763	100
2.6066-2.7696	0.2238	138	0.1691	2651	2789	100
2.7696-2.9831	0.2039	139	0.1754	2619	2758	100
2.9831-3.2825	0.1853	142	0.1767	2649	2791	100
3.2825-3.7557	0.1844	153	0.1571	2664	2817	100
3.7557-4.7252	0.1704	131	0.1349	2665	2796	100
4.7252-23.0935	0.193	134	0.1726	2727	2861	100

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