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- PDB-5eow: Crystal Structure of 6-Hydroxynicotinic Acid 3-Monooxygenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eow
タイトルCrystal Structure of 6-Hydroxynicotinic Acid 3-Monooxygenase from Pseudomonas putida KT2440
要素6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin monooxygenase / oxidative decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase activity / nicotinate catabolic process / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yuen, M.E. / Zhen, W. / Gerwig, T.J. / Story, R.W. / Kopp, M. / Nakamoto, K. / Snider, M.J. / Hicks, K.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of 6-Hydroxynicotinic Acid 3-Monooxygenase, A Novel Decarboxylative Hydroxylase Involved in Aerobic Nicotinate Degradation.
著者: Hicks, K.A. / Yuen, M.E. / Zhen, W.F. / Gerwig, T.J. / Story, R.W. / Kopp, M.C. / Snider, M.J.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7782
ポリマ－45,9931
非ポリマー7861
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.694, 69.469, 115.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase / 6HNA monooxygenase / Nicotinate degradation protein C


分子量: 45992.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: nicC, PP_3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q88FY2, 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris (pH 7.7-8.3), PEG 4000 (27-30%), 0.2 M magnesium chloride hexahydrate
PH範囲: 7.7-8.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / 数: 145907 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.38 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42530 / % possible obs: 97.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.75010.0360.3013.6
4.525.710.0410.3233.7
3.954.5210.0390.3223.4
3.593.9510.0470.3533.5
3.333.5910.0590.3823.6
3.143.3310.080.4013.6
2.983.1410.0950.3913.6
2.852.9810.1210.4173.7
2.742.8510.1250.4143.2
2.652.7410.1480.3843.4
2.562.6510.1710.3983.5
2.492.5610.1850.4053.5
2.422.4910.1980.4083.5
2.372.4210.2060.413.5
2.312.3710.2320.4143.5
2.262.3110.240.3993.4
2.222.2610.2560.4043.4
2.182.2210.2660.4013.1
2.142.1810.2920.3942.9
2.12.1410.2990.3953
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22666 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.385 / Net I/av σ(I): 10.429 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 145907
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1430.29921010.9020.1870.3550.39597.3
2.14-2.182.90.29221540.8870.1850.3480.39495.6
2.18-2.223.10.26620420.9160.1620.3140.40196.8
2.22-2.263.40.25621720.9360.1490.2980.40498.8
2.26-2.313.40.2421260.9490.1390.2790.39998.7
2.31-2.373.50.23221770.9430.1340.2690.41499
2.37-2.423.50.20621160.9510.1180.2390.4198.7
2.42-2.493.50.19821700.9520.1130.2290.40898.2
2.49-2.563.50.18521350.9680.1060.2140.40598.4
2.56-2.653.50.17121200.9670.0970.1980.39898.1
2.65-2.743.40.14821240.9740.0860.1720.38497.9
2.74-2.853.20.12520750.9750.0740.1460.41495.2
2.85-2.983.70.12121770.9850.0670.1390.41799
2.98-3.143.60.09521440.9890.0530.1090.39199.2
3.14-3.333.60.0821560.9940.0440.0920.40198.9
3.33-3.593.60.05921270.9960.0330.0680.38298
3.59-3.953.50.04721030.9970.0270.0550.35397.1
3.95-4.523.40.03920730.9980.0220.0450.32295.4
4.52-5.73.70.04121440.9980.0220.0470.32398.1
5.7-503.60.03620940.9990.0190.0410.30195.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.393 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1966 8.67 %
Rwork0.2061 20698 -
obs0.2101 22664 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.88 Å2 / Biso mean: 17.7826 Å2 / Biso min: 5.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2723 0 53 52 2828
Biso mean--13.59 14.34 -
残基数----353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8633869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2541635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.14810.26331380.20161440157897
2.1481-2.20620.28191370.22471439157697
2.2062-2.27110.30531430.21151492163599
2.2711-2.34440.3041350.20981446158198
2.3444-2.42820.2861400.21371464160499
2.4282-2.52540.2441390.21421468160798
2.5254-2.64040.25171350.22321463159897
2.6404-2.77950.26151390.22581466160598
2.7795-2.95370.28041410.22851471161298
2.9537-3.18160.29071440.23011519166399
3.1816-3.50170.27991420.21281480162298
3.5017-4.00810.22291400.1871473161396
4.0081-5.04870.19351430.16551498164197
5.0487-44.40280.22561500.20311579172996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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