PDB-5eo9: Crystal Structure of the complex of Dpr6 Domain 1 bound to DIP-al...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eo9

タイトル

Crystal Structure of the complex of Dpr6 Domain 1 bound to DIP-alpha Domain 1+2

要素

CG32791, isoform A
Dpr6, isoform C

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin Superfamily / Cell Adhesion Molecule / Cell Surface Receptor / Synapse Formation

機能・相同性

機能・相同性情報

Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / neuron projection membrane / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / sensory perception of chemical stimulus / synapse organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2988 Å

データ登録者

Ozkan, E. / Zinn, K. / Garcia, K.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Control of Synaptic Connectivity by a Network of Drosophila IgSF Cell Surface Proteins.
著者: Carrillo, R.A. / Ozkan, E. / Menon, K.P. / Nagarkar-Jaiswal, S. / Lee, P.T. / Jeon, M. / Birnbaum, M.E. / Bellen, H.J. / Garcia, K.C. / Zinn, K.

履歴

登録	2015年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eo9.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eo9.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eo9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eo9_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eo9_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	5eo9_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	5eo9_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hlo-d 5zxi-d 5lal-d 2yd9-d 3khz-2 4qtr-d 4n1a-4 2a8h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dpr6, isoform C

B: CG32791, isoform A

ヘテロ分子

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.247, 49.299, 54.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1020- HOH

#1: タンパク質

Dpr6, isoform C

分子量: 13008.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Most of C-terminal hexahistidine tag removed by Carboxypeptidases A and B
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dpr6, CG14162, Dmel_CG14162 / プラスミド: pAcGP67-A / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: M9PC40

#2: タンパク質

CG32791, isoform A / CG32791 / isoform C / RE16159p

分子量: 22853.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Most of C-terminal hexahistidine tag removed by Carboxypeptidases A and B
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-alpha, CG13020, CG32791, Dmel_CG32791 / プラスミド: pAcGP67-A / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W4R3

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 44% PEG400, 0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2988→50 Å / Num. obs: 16293 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 29.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000	0.98.708	データ削減
HKL-2000	0.98.708	データスケーリング
autoSHARP		位相決定
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2988→46.107 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2519	786	4.84 %	Random selection
R_work	0.2024	-	-	-
obs	0.2047	16243	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2988→46.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2457	0	62	126	2645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.683	3517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.909	1534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2988-2.4428	0.3303	126	0.2686	2450	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4428-2.6314	0.2888	137	0.245	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6314-2.8962	0.304	126	0.2257	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8962-3.3152	0.3191	139	0.2088	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3152-4.1763	0.2227	136	0.185	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1763-46.116	0.2172	122	0.1923	2752	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.181	1.0547	-1.1532	5.8326	-1.0472	7.2102	-0.6428	-0.3028	-0.8114	0.0271	-0.1922	-0.5817	0.7628	0.5653	0.593	0.4646	0.0273	0.1303	0.4685	-0.0566	0.5869	12.364	-16.2598	12.2298
2	2.5266	-1.2368	1.0058	2.647	-0.1623	2.0782	-0.1399	0.2725	-0.6023	-0.3825	0.2841	0.2868	0.6685	0.075	-0.0217	0.7211	-0.1015	0.0309	0.3179	-0.0844	0.5815	6.8726	-10.9541	12.7621
3	7.1598	1.3204	0.7131	7.1013	-0.0302	6.168	0.1947	0.0601	0.4414	-0.3353	0.0807	-0.45	-0.1694	1.0825	-0.346	0.3188	-0.0507	0.0165	0.4824	-0.0096	0.3805	14.1034	-1.2216	14.7826
4	4.8042	-0.0866	1.3088	4.7634	-0.2847	2.0227	-0.7126	0.2592	0.3387	0.0551	0.526	0.4022	-0.5955	-0.757	0.3964	0.4998	-0.0236	0.0147	0.4124	0.0371	0.3738	6.0798	3.6996	12.9385
5	2.6864	0.8302	-0.0534	6.0517	-2.1245	4.8953	-0.1223	0.3854	0.0168	-0.6479	0.5655	0.5598	0.3106	0.2401	-0.4388	0.3079	-0.0738	0.035	0.4008	-0.0141	0.3377	2.5321	-9.0909	11.6405
6	2.008	-3.2727	2.4834	7.9609	-2.1934	3.6154	0.1243	0.2614	0.7027	-0.9547	0.5403	-1.33	0.1532	0.2448	-0.6061	0.5705	-0.0256	0.1461	0.6172	-0.1852	0.5463	12.7336	1.5199	0.6134
7	1.3992	1.8221	-3.1827	6.8337	-7.9909	2.014	-0.3243	0.155	-0.541	-0.4185	0.1168	-0.5707	0.7924	0.4544	0.2934	0.5042	0.0364	0.0785	0.4499	-0.0293	0.4687	15.5303	-7.3793	14.6325
8	5.2303	-3.7412	1.2016	3.4249	-1.5088	0.8332	-0.7506	-1.5519	0.3325	1.2779	0.6239	-0.8934	0.1865	0.6704	0.0753	0.578	0.2524	-0.1065	0.844	0.0384	0.7483	14.5576	-10.1094	28.1138
9	4.8048	-0.6703	-1.2815	6.9344	-5.0272	2.047	0.2891	-0.1298	0.0252	-0.8729	-0.0941	-0.2551	0.5961	1.4718	-0.1551	0.4722	-0.0131	0.1254	0.3903	-0.1014	0.5919	16.4888	-9.5484	4.5394
10	3.1279	0.4007	0.061	2.8786	-1.5791	6.6115	0.0321	-0.3938	0.172	0.7132	-0.2943	-0.3603	-0.6581	0.6257	0.2383	0.4271	-0.1048	-0.0684	0.3733	0.001	0.3245	16.612	7.0908	28.4268
11	3.5524	-1.8053	1.8954	5.2792	-2.637	6.599	-0.0083	-0.2803	-0.1033	-0.1495	0.2436	0.1282	0.1813	-0.5213	-0.2542	0.34	0.0132	-0.0042	0.3837	-0.0237	0.3373	49.9532	-7.7329	56.3324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 71 through 86 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 87 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 128 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 129 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 159 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 160 through 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 37 through 141 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 142 through 241 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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