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- PDB-5ent: Minocycline bound structure of bacterial efflux pump. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ent
タイトルMinocycline bound structure of bacterial efflux pump.
要素
  • DARPin
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB,Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MIY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sjuts, H. / Ornik, A.R. / Pos, K.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for inhibition of AcrB multidrug efflux pump by novel and powerful pyranopyridine derivatives.
著者: Sjuts, H. / Vargiu, A.V. / Kwasny, S.M. / Nguyen, S.T. / Kim, H.S. / Ding, X. / Ornik, A.R. / Ruggerone, P. / Bowlin, T.L. / Nikaido, H. / Pos, K.M. / Opperman, T.J.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB,Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB,Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB,Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPin
E: DARPin
F: DARPin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,7388
ポリマ－252,1756
非ポリマー5642
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24190 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area85860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.557, 145.409, 175.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB,Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 65740.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPin


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: Ribosome display vector pRDV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE / ミノサイクリン


分子量: 457.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O7 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 0.21 M NaCl, 11.5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 96991 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.241 / CC1/2: 0.617 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EN5

5en5


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.871 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24768 4767 4.9 %RANDOM
Rwork0.19337 ---
obs0.19601 92224 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.88 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16886 0 40 371 17297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01917222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.95523357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.998337677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6252206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.00825.635788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.863152872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4751572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9635.048860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9495.0398859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0777.53911054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0787.5411055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2485.4548362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2485.4548363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7247.99912304
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.14539.26918587
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.1539.30318463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 346 -
Rwork0.342 6655 -
obs--98.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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