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- PDB-5emh: Crystal structure of Iridoid Synthase from Cantharanthus roseus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emh
タイトルCrystal structure of Iridoid Synthase from Cantharanthus roseus in complex with NADP+
要素Iridoid synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Complex / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-8-oxocitronellyl enol synthase / monoterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRISE-like Rossmann-fold domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / (S)-8-oxocitronellyl enol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sandholu, A. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIRBSC0124 インド
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Dynamics of loops at the substrate entry channel determine the specificity of iridoid synthases.
著者: Sandholu, A.S. / Mohole, M. / Duax, W.L. / Thulasiram, H.V. / Sengupta, D. / Kulkarni, K.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Other
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iridoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4342
ポリマ－41,6911
非ポリマー7431
水3,621201
1
A: Iridoid synthase
ヘテロ分子

A: Iridoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8684
ポリマ－83,3822
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)66.861, 66.861, 173.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-547-

HOH

21A-667-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Iridoid synthase


分子量: 41690.809 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-388 / 変異: P175Q/V198I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
プラスミド: pTHREE-E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: K7WDL7, EC: 1.3.1.99
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, Trisodium citrate, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.28 Å / Num. obs: 23849 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 21.1 / Num. measured all: 281155 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.1-2.16120.79242293019100.890.235100
8.91-47.289.30.02368.8368139710.00899.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V6F

2v6f


解像度: 2.1→43.678 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1219 5.13 %
Rwork0.1823 22553 -
obs0.184 23772 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.93 Å2 / Biso mean: 30.2085 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 48 201 3055
Biso mean--24.27 38.87 -
残基数----353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7833986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2071068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1001-2.18420.28521170.213524422559
2.1842-2.28360.30731400.223424372577
2.2836-2.4040.25891490.19724552604
2.404-2.55460.24031340.190824632597
2.5546-2.75180.22221500.188724522602
2.7518-3.02860.21211430.180624932636
3.0286-3.46670.18061260.156625222648
3.4667-4.36710.18611290.155925542683
4.3671-43.68710.20271310.196727352866
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 73.0006 Å / Origin y: 77.3784 Å / Origin z: 26.9342 Å
111213212223313233
T0.2031 Å20.004 Å20.0186 Å2-0.2258 Å20.0186 Å2--0.2114 Å2
L1.2616 °20.1725 °2-0.1043 °2-0.8407 °2-0.2574 °2--1.1409 °2
S-0.089 Å °0.1229 Å °0.0222 Å °-0.0731 Å °0.0136 Å °-0.0624 Å °0.0928 Å °0.0336 Å °0.0634 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 34:395)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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