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- PDB-5em8: EGFR kinase domain with pyridone compound 13: 4-[(2-methoxyphenyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5em8
タイトルEGFR kinase domain with pyridone compound 13: 4-[(2-methoxyphenyl)amino]-~{N}-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-2-oxidanylidene-1~{H}-pyridine-3-carboxamide
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / tongue development / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / tongue development / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / hydrogen peroxide metabolic process / ERBB2-EGFR signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of phosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / cellular response to epidermal growth factor stimulus / EGFR Transactivation by Gastrin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cellular response to cadmium ion / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of DNA repair / neurogenesis / SHC1 events in ERBB2 signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection morphogenesis / epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / liver regeneration / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to amino acid stimulus / lung development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / EGFR downregulation / positive regulation of MAP kinase activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Constitutive Signaling by EGFRvIII / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 ECD mutants / receptor protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / kinase binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Downregulation of ERBB2 signaling / cell-cell adhesion / positive regulation of miRNA transcription / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / : / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5Q4 / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Yu, C.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Pyridones as Highly Selective, Noncovalent Inhibitors of T790M Double Mutants of EGFR.
著者: Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Clausen, S. / Dotson, J. / Eigenbrot, C. / Elliott, R. / Hanan, E.J. / Heald, R. / Jackson, P. / La, H. / Lainchbury, M. / Malek, S. / ...著者: Bryan, M.C. / Burdick, D.J. / Chan, B.K. / Chen, Y. / Clausen, S. / Dotson, J. / Eigenbrot, C. / Elliott, R. / Hanan, E.J. / Heald, R. / Jackson, P. / La, H. / Lainchbury, M. / Malek, S. / Mann, S.E. / Purkey, H.E. / Schaefer, G. / Schmidt, S. / Seward, E. / Sideris, S. / Wang, S. / Yen, I. / Yu, C. / Heffron, T.P.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0832
ポリマ－37,6491
非ポリマー4341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.661, 147.661, 147.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37649.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5Q4 / 4-[(2-methoxyphenyl)amino]-~{N}-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-2-oxidanylidene-1~{H}-pyridine-3-carboxamide


分子量: 433.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.7 Å / Num. all: 13327 / Num. obs: 13327 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 89.9 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 43.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.8→46.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9529 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9372 / SU R Cruickshank DPI: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.412 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 569 4.27 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.191 13327 99.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.482 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 32 0 2449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012503HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13385HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d878SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2503HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion321SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2807SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 110 4.06 %
Rwork0.2231 2597 -
all0.2245 2707 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96480.7756-1.10630.97690.86384.51390.0033-0.25760.1428-0.0418-0.0314-0.27340.05510.54420.0281-0.0257-0.1520.12280.00130.12120.0081-54.08686.2636-32.2585
22.45050.9413-0.96714.2324-1.38962.6046-0.1547-0.3219-0.3721-0.4164-0.2348-0.54420.29210.3720.3895-0.1098-0.09630.152-0.02230.152-0.1562-61.4996-15.8573-22.9801
30.19710.2307-0.14210.28290.75820.2991-0.0062-0.02170.00260.04210.0022-0.01320.01440.01770.00410.0866-0.03310.03860.0011-0.14170.059-61.160919.9601-15.3808
41.15970.7153-0.036100.53380-0.00040.01260.0068-0.0881-0.0190.00560.0084-0.04330.0193-0.0576-0.1520.06080.0601-0.0806-0.102-66.208111.2059-25.6135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|696 - A|786 }A696 - 786
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|990 A|1101 - A|1101 }A787 - 990
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|787 - A|990 A|1101 - A|1101 }A1101
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|1006 - A|1009 }A1006 - 1009
5X-RAY DIFFRACTION4{ A|1010 - A|1018 }A1010 - 1018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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