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- PDB-5ely: X-ray structure of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ely
タイトルX-ray structure of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII) in complex with a hydroxamate inhibitor JHU242
要素Glutamate carboxypeptidase 2
キーワードHYDROLASE / prostate-specific membrane antigen / NAALADase / phosphoramidate
機能・相同性
機能・相同性情報


Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / C-terminal protein deglutamylation / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity ...Ac-Asp-Glu binding / tetrahydrofolyl-poly(glutamate) polymer binding / glutamate carboxypeptidase II / folic acid-containing compound metabolic process / C-terminal protein deglutamylation / Aspartate and asparagine metabolism / dipeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A ...Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / Glucose Oxidase; domain 1 - #30 / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Glucose Oxidase; domain 1 / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(bba) Sandwich / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PU / ACETATE ION / Glutamate carboxypeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Barinka, C. / Novakova, Z. / Pavlicek, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz-Zentrum Berlin and BioStruct-XN283570 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Unprecedented Binding Mode of Hydroxamate-Based Inhibitors of Glutamate Carboxypeptidase II: Structural Characterization and Biological Activity.
著者: Novakova, Z. / Wozniak, K. / Jancarik, A. / Rais, R. / Wu, Y. / Pavlicek, J. / Ferraris, D. / Havlinova, B. / Ptacek, J. / Vavra, J. / Hin, N. / Rojas, C. / Majer, P. / Slusher, B.S. / Tsukamoto, T. / Barinka, C.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,48113
ポリマ－78,4711
非ポリマー3,01112
水8,395466
1
A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子

A: Glutamate carboxypeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,96326
ポリマ－156,9412
非ポリマー6,02224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area12100 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area50750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.060, 130.827, 158.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamate carboxypeptidase 2 / Cell growth-inhibiting gene 27 protein / Folate hydrolase 1 / Folylpoly-gamma-glutamate ...Cell growth-inhibiting gene 27 protein / Folate hydrolase 1 / Folylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase / FGCP / Glutamate carboxypeptidase II / GCPII / Membrane glutamate carboxypeptidase / mGCP / N-acetylated-alpha-linked acidic dipeptidase I / NAALADase I / Prostate-specific membrane antigen / PSMA / Pteroylpoly-gamma-glutamate carboxypeptidase


分子量: 78470.539 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLH1, FOLH, NAALAD1, PSM, PSMA, GIG27 / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q04609, glutamate carboxypeptidase II

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 472分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-5PU / 4-[(2~{R})-2-carboxy-5-(oxidanylamino)-5-oxidanylidene-pentyl]benzoic acid / JHU242


分子量: 281.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO6
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 33% (v/v) pentaerythritol propoxylate PO/OH 5/4, 2 % (w/v) PEG 3350, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日
放射モノクロメーター: Sagitally bended Si111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→100.87 Å / Num. obs: 95135 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 25.42
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.81→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.35 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1986 952 1 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1777 94013 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.94 Å2 / Biso mean: 32.89 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5436 0 190 466 6092
Biso mean--45.6 38.58 -
残基数----682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9938346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2075745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16923.871279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65151006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.53585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68325846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57732533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1024.52487
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 64 -
Rwork0.291 6640 -
all-6704 -
obs--96.4 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.5404 Å / Origin y: 50.0822 Å / Origin z: 45.0093 Å
111213212223313233
T0.043 Å20.0118 Å20.0082 Å2-0.0623 Å2-0.0378 Å2--0.0654 Å2
L0.2546 °2-0.3111 °20.0591 °2-0.5553 °20.011 °2--0.0831 °2
S-0.0377 Å °0.0358 Å °0.0171 Å °0.036 Å °0.0487 Å °-0.1098 Å °0.0142 Å °0.0409 Å °-0.011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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