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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elw
タイトルA. thaliana IGPD2 in complex with the triazole-phosphonate inhibitor, (R)-C348, to 1.36A resolution
要素Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
キーワードLYASE / Herbicide development / Histidine biosynthesis / Inhibitor complex / Dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate dehydratase; domain 1 / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 1. / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase, conserved site / Imidazole glycerol phosphate dehydratase domain superfamily / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 2. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LD / : / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bisson, C. / Britton, K.L. / Sedelnikova, S.E. / Rodgers, H.F. / Eadsforth, T.C. / Viner, R.C. / Hawkes, T.R. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Mirror-Image Packing Provides a Molecular Basis for the Nanomolar Equipotency of Enantiomers of an Experimental Herbicide.
著者: Bisson, C. / Britton, K.L. / Sedelnikova, S.E. / Rodgers, H.F. / Eadsforth, T.C. / Viner, R.C. / Hawkes, T.R. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9908
ポリマ－22,3911
非ポリマー5997
水3,675204
1
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,757192
ポリマ－537,38724
非ポリマー14,370168
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area109200 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area130050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.580, 112.580, 112.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

ARG

21A-306-

TRS

31A-306-

TRS

41A-307-

CL

51A-406-

HOH

61A-445-

HOH

71A-577-

HOH

81A-582-

HOH

91A-600-

HOH

101A-603-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 2, chloroplastic / IGPD 2 / Protein HISTIDINE BIOSYNTHESIS 5B / Imidazoleglycerolphosphate-dehydratase


分子量: 22391.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct B represents the mature polypeptide (residues 69-272), excluding an N-terminal signal sequence. No electron density was visible for the residues before S75, which was renumbered S9 ...詳細: Construct B represents the mature polypeptide (residues 69-272), excluding an N-terminal signal sequence. No electron density was visible for the residues before S75, which was renumbered S9 for consistency with the structure of IGPD1 from A.thaliana (2F1D).
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HISN5B, At4g14910, dl3495c / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O23346, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

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非ポリマー , 6種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-5LD / [(2R)-2-hydroxy-3-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)propyl]phosphonic acid / (R)-C348


分子量: 207.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N3O4P
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5 and 20% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9802 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→45.96 Å / Num. all: 52156 / Num. obs: 52156 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.36→1.4 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EKW

5ekw


解像度: 1.4→45.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1312 1225 2.5 %RANDOM
Rwork0.11666 ---
obs0.1172 47188 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1533 0 32 204 1769
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.9632183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.82533540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6045206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66223.28976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.88515269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5461514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9420.845804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9310.843802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1081.2731004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1111.2741005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8981.12808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.91.12808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.371.5531176
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.4348.3511884
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.4338.3561885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.40933152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.309565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.10853266
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.153 3485 -
obs--98.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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