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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ela | ||||||
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タイトル | The structure of DHAR1 from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase DHAR1, mitochondrial | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Dehydroascobate reductase / glutathione S-transferase / Arabidopsis thaliana / CLIC / Chloride ion channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to symbiotic fungus / regulation of biological process involved in symbiotic interaction / acquisition of seed longevity / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / protein glutathionylation / ascorbate glutathione cycle / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / response to jasmonic acid ...response to symbiotic fungus / regulation of biological process involved in symbiotic interaction / acquisition of seed longevity / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / protein glutathionylation / ascorbate glutathione cycle / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / response to jasmonic acid / response to ozone / apoplast / plant-type vacuole / monoatomic ion channel complex / chloroplast stroma / response to zinc ion / glutathione transferase / glutathione transferase activity / monoatomic ion transmembrane transport / chloroplast / defense response / cellular response to hydrogen peroxide / peroxisome / copper ion binding / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Menault, M. / Roszak, A.W. / Lapthorn, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arabidopsis thaliana DHAR1 apo structure 著者: Menault, M. / Roszak, A.W. / Lapthorn, A.J. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2002 タイトル: Functional divergence in the glutathione transferase superfamily in plants. Identification of two classes with putative functions in redox homeostasis in Arabidopsis thaliana. 著者: Dixon, D.P. / Davis, B.G. / Edwards, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24776.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DHAR1, DHAR5, At1g19570, F14P1.9, F18O14.22 / プラスミド: pET24-DHAR1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FWR4, glutathione transferase, glutathione dehydrogenase (ascorbate) |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % / 解説: hexagonal bipyramidal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein at 20 mg/ml, 20% PEG 8000, 0.2 M NaK Phosphate, 0.1M TRIS PH範囲: 7.0 -8 .5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月21日 |
放射 | モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→54.01 Å / Num. obs: 15525 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.34 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5EL8 解像度: 2.28→54.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 11.546 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1798 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.144 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.28→54.01 Å
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拘束条件 |
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