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- PDB-5ekp: Structure of the polyisoprenyl-phosphate glycosyltransferase GtrB (WT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekp
タイトルStructure of the polyisoprenyl-phosphate glycosyltransferase GtrB (WT)
要素Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / membrane protein / enzyme / bactoprenol
機能・相同性転移酵素; グリコシル基を移すもの / : / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / plasma membrane / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.194 Å
データ登録者Ardiccioni, C. / Clarke, O.B. / Tomasek, D. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Liu, Q. / Shapiro, L. / Mancia, F. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the polyisoprenyl-phosphate glycosyltransferase GtrB and insights into the mechanism of catalysis.
著者: Ardiccioni, C. / Clarke, O.B. / Tomasek, D. / Issa, H.A. / von Alpen, D.C. / Pond, H.L. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Liu, Q. / Guan, Z. / Li, C. / Kloss, B. / Bruni, R. / Kloppmann, E. ...著者: Ardiccioni, C. / Clarke, O.B. / Tomasek, D. / Issa, H.A. / von Alpen, D.C. / Pond, H.L. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Liu, Q. / Guan, Z. / Li, C. / Kloss, B. / Bruni, R. / Kloppmann, E. / Rost, B. / Manzini, M.C. / Shapiro, L. / Mancia, F.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
A: Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
B: Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
D: Uncharacterized glycosyltransferase sll0501
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,99212
ポリマ－157,2784
非ポリマー1,7148
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17130 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area54890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.331, 137.518, 101.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized glycosyltransferase sll0501


分子量: 39319.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll0501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q55487, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 16-18% PEG600 (v/v), 0.12 M Tris/HCl, pH 9.0, 0.1 M NaCl and 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→19.988 Å / Num. obs: 36869 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 126.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 97120 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.1-3.242.61.2460.81176345030.4160.93596.9
10.75-48.322.50.03151.221428620.9940.02691.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2210精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化解像度: 3.194→19.988 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1724 4.94 %
Rwork0.2479 33151 -
obs0.2501 34875 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 439.61 Å2 / Biso mean: 165.924 Å2 / Biso min: 50 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.194→19.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9136 0 104 0 9240
Biso mean--161.63 --
残基数----1190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51712885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8433296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1943-3.28790.41311460.36122676282296
3.2879-3.39350.41311650.329127622927100
3.3935-3.51410.33921480.320327632911100
3.5141-3.6540.38721370.300827932930100
3.654-3.81920.33191340.286628032937100
3.8192-4.01910.32251750.25962746292199
4.0191-4.26860.27951370.2542774291199
4.2686-4.59450.27871520.22362772292499
4.5945-5.050.26681260.21712780290699
5.05-5.76540.2641240.24142810293499
5.7654-7.20680.31471260.275128292955100
7.2068-19.98860.25721540.21422643279793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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