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- PDB-5ejo: Crystal structure of the winged helix domain in Chromatin assembl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejo
タイトルCrystal structure of the winged helix domain in Chromatin assembly factor 1 subunit p90
要素Chromatin assembly factor 1 subunit p90
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Chromatin assembly factor 1 / Winged helix domain / Nucleosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / chromosome, centromeric region / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / DNA replication / DNA repair / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac1, C-terminal domain / : / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, acidic region / Chromatin assembly factor 1 subunit A dimerization domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin assembly factor 1 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang, K. / Gao, Y. / Li, J. / Burgess, R. / Han, J. / Liang, H. / Zhang, Z. / Liu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation30925011, 31030024 and 31021062 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A DNA binding winged helix domain in CAF-1 functions with PCNA to stabilize CAF-1 at replication forks
著者: Zhang, K. / Gao, Y. / Li, J. / Burgess, R. / Han, J. / Liang, H. / Zhang, Z. / Liu, Y.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin assembly factor 1 subunit p90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5491
ポリマ－10,5491
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.655, 59.655, 97.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Chromatin assembly factor 1 subunit p90 / CAF-1 90 kDa subunit / RAP1 localization factor 2


分子量: 10549.084 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 519-606 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: RLF2, CAC1, YPR018W, YP9531.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12495
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.47 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NaCl, 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 8556 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 19.4 % / Net I/σ(I): 67.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 8.37 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
SHELX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→31.832 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 856 10 %
Rwork0.1972 --
obs0.2004 8556 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→31.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数631 0 0 6 637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.258866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.433244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7501-2.92230.2911400.27081275X-RAY DIFFRACTION98
2.9223-3.14770.30651420.26461288X-RAY DIFFRACTION97
3.1477-3.46420.26281430.22621257X-RAY DIFFRACTION98
3.4642-3.96460.27571430.19431291X-RAY DIFFRACTION99
3.9646-4.99190.18441470.16031294X-RAY DIFFRACTION99
4.9919-31.83420.20231410.18991295X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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