PDB-5ejb: Crystal structure of prefusion Hendra virus F protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ejb

タイトル

Crystal structure of prefusion Hendra virus F protein

要素

Fusion glycoprotein F0

キーワード

VIRAL PROTEIN / prefusion form / viral glycoprotein / ectodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Hendra virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wong, J.W. / Jardetzky, T.S. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure and stabilization of the Hendra virus F glycoprotein in its prefusion form.
著者: Wong, J.J. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2015年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ejb.cif.gz	1006.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ejb.ent.gz	855.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ejb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ejb_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ejb_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5ejb_validation.xml.gz	95.3 KB	表示
CIF形式データ	5ejb_validation.cif.gz	126.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b9bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gip-d 7bw4-d 3tfc-1 6eqz-d 7bv1-d 3rmd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Fusion glycoprotein F0

C: Fusion glycoprotein F0

D: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0

E: Fusion glycoprotein F0

A: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fusion glycoprotein F0

C: Fusion glycoprotein F0

A: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
167 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0

E: Fusion glycoprotein F0

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
168 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.610, 163.500, 147.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	A	F	29 - 49	4 - 24
2	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	B	A	29 - 49	4 - 24
3	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	C	B	29 - 49	4 - 24
4	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	D	C	29 - 49	4 - 24
5	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	E	E	29 - 49	4 - 24
6	1	HIS	HIS	LYS	LYS	1	F	D	29 - 49	4 - 24
1	2	THR	THR	PRO	PRO	1	A	F	54 - 63	29 - 38
2	2	THR	THR	PRO	PRO	1	B	A	54 - 63	29 - 38
3	2	THR	THR	PRO	PRO	1	C	B	54 - 63	29 - 38
4	2	THR	THR	PRO	PRO	1	D	C	54 - 63	29 - 38
5	2	THR	THR	PRO	PRO	1	E	E	54 - 63	29 - 38
6	2	THR	THR	PRO	PRO	1	F	D	54 - 63	29 - 38
1	3	MET	MET	ASN	ASN	1	A	F	76 - 98	51 - 73
2	3	MET	MET	ASN	ASN	1	B	A	76 - 98	51 - 73
3	3	MET	MET	ASN	ASN	1	C	B	76 - 98	51 - 73
4	3	MET	MET	ASN	ASN	1	D	C	76 - 98	51 - 73
5	3	MET	MET	ASN	ASN	1	E	E	76 - 98	51 - 73
6	3	MET	MET	ASN	ASN	1	F	D	76 - 98	51 - 73
1	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	A	F	196 - 246	171 - 221
2	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	B	A	196 - 246	171 - 221
3	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	C	B	196 - 246	171 - 221
4	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	D	C	196 - 246	171 - 221
5	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	E	E	196 - 246	171 - 221
6	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	F	D	196 - 246	171 - 221
1	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	A	F	253 - 413	228 - 388
2	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	B	A	253 - 413	228 - 388
3	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	C	B	253 - 413	228 - 388
4	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	D	C	253 - 413	228 - 388
5	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	E	E	253 - 413	228 - 388
6	5	PHE	PHE	ASP	ASP	1	F	D	253 - 413	228 - 388
1	6	SER	SER	LEU	LEU	2	A	F	50 - 53	25 - 28
2	6	SER	SER	LEU	LEU	2	C	B	50 - 53	25 - 28
3	6	SER	SER	LEU	LEU	2	E	E	50 - 53	25 - 28
4	6	SER	SER	LEU	LEU	2	F	D	50 - 53	25 - 28
1	7	LEU	LEU	THR	THR	6	B	A	183 - 195	158 - 170
2	7	LEU	LEU	THR	THR	6	C	B	183 - 195	158 - 170
3	7	LEU	LEU	THR	THR	6	E	E	183 - 195	158 - 170
1	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	A	F	100 - 182	75 - 157
2	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	B	A	100 - 182	75 - 157
3	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	C	B	100 - 182	75 - 157
4	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	D	C	100 - 182	75 - 157
5	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	E	E	100 - 182	75 - 157
6	8	ASN	ASN	ASN	ASN	1	F	D	100 - 182	75 - 157
1	9	THR	THR	MET	MET	1	A	F	415 - 463	390 - 438
2	9	THR	THR	MET	MET	1	B	A	415 - 463	390 - 438
3	9	THR	THR	MET	MET	1	C	B	415 - 463	390 - 438
4	9	THR	THR	MET	MET	1	D	C	415 - 463	390 - 438
5	9	THR	THR	MET	MET	1	E	E	415 - 463	390 - 438
6	9	THR	THR	MET	MET	1	F	D	415 - 463	390 - 438
1	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	A	F	465 - 476	440 - 451
2	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	B	A	465 - 476	440 - 451
3	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	C	B	465 - 476	440 - 451
4	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	D	C	465 - 476	440 - 451
5	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	E	E	465 - 476	440 - 451
6	10	GLN	GLN	GLU	GLU	1	F	D	465 - 476	440 - 451
1	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	A	F	64 - 75	39 - 50
2	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	B	A	64 - 75	39 - 50
3	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	C	B	64 - 75	39 - 50
4	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	D	C	64 - 75	39 - 50
5	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	E	E	64 - 75	39 - 50
6	11	ASN	ASN	VAL	VAL	4	F	D	64 - 75	39 - 50

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質

Fusion glycoprotein F0

分子量: 55166.992 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Hendra virus (ウイルス) / 遺伝子: F / プラスミド: pCAGGS3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O89342*PLUS

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM sodium acetate pH 5.0, 1.75M lithium sulfate, 100mM magnesium sulfate, 3.4 % isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99969 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.62 Å / Num. obs: 80411 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 3.99 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.37
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 4.07 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS	January 10, 2014	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B9B

2b9b

解像度: 3.2→49.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 59.64 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2833	4233	5 %	RANDOM
R_work	0.2527	-	-	-
obs	0.2542	80411	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 218.64 Å² / B_iso mean: 95.232 Å² / B_iso min: 38.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.43 Å²	0 Å²	2.35 Å²
2-	-	2.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20133	0	282	0	20415
B_iso mean	-	-	118.07	-	-
残基数	-	-	-	-	2673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	20759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.541	1.987	28290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.757	5	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.769	26.057	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.092	15	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.765	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	15021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.028	4.363	10676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.097	6.529	13317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.091	4.814	10083

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	102	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	2	B	102	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	C	102	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	4	D	102	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	5	E	102	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	6	F	102	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	1	A	172	TIGHT THERMAL	7.32	0.5
1	2	B	172	TIGHT THERMAL	6.99	0.5
1	3	C	172	TIGHT THERMAL	4.69	0.5
1	4	D	172	TIGHT THERMAL	5.16	0.5
1	5	E	172	TIGHT THERMAL	3.72	0.5
1	6	F	172	TIGHT THERMAL	6.23	0.5
2	1	A	76	TIGHT THERMAL	4.31	0.5
2	2	B	76	TIGHT THERMAL	7.69	0.5
2	3	C	76	TIGHT THERMAL	8.27	0.5
2	4	D	76	TIGHT THERMAL	4.45	0.5
2	5	E	76	TIGHT THERMAL	5.52	0.5
2	6	F	76	TIGHT THERMAL	3.75	0.5
3	1	A	182	TIGHT THERMAL	7.51	0.5
3	2	B	182	TIGHT THERMAL	8.67	0.5
3	3	C	182	TIGHT THERMAL	8.6	0.5
3	4	D	182	TIGHT THERMAL	6.53	0.5
3	5	E	182	TIGHT THERMAL	5.07	0.5
3	6	F	182	TIGHT THERMAL	6.37	0.5
4	1	A	393	TIGHT THERMAL	8.83	0.5
4	2	B	393	TIGHT THERMAL	8.88	0.5
4	3	C	393	TIGHT THERMAL	7.64	0.5
4	4	D	393	TIGHT THERMAL	9.57	0.5
4	5	E	393	TIGHT THERMAL	6.69	0.5
4	6	F	393	TIGHT THERMAL	8.66	0.5
5	1	A	1249	TIGHT THERMAL	7.34	0.5
5	2	B	1249	TIGHT THERMAL	9.46	0.5
5	3	C	1249	TIGHT THERMAL	6.83	0.5
5	4	D	1249	TIGHT THERMAL	8.62	0.5
5	5	E	1249	TIGHT THERMAL	7.25	0.5
5	6	F	1249	TIGHT THERMAL	7.82	0.5
6	1	A	13	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
6	2	C	13	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
6	3	E	13	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
6	4	F	13	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
6	1	A	16	TIGHT THERMAL	8.67	0.5
6	2	C	16	TIGHT THERMAL	9.6	0.5
6	3	E	16	TIGHT THERMAL	7.08	0.5
6	4	F	16	TIGHT THERMAL	5.83	0.5
6	1	A	13	MEDIUM THERMAL	12.35	2
6	2	C	13	MEDIUM THERMAL	18.05	2
6	3	E	13	MEDIUM THERMAL	5.44	2
6	4	F	13	MEDIUM THERMAL	9.51	2
7	1	B	98	LOOSE POSITIONAL	0.78	5
7	2	C	98	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
7	3	E	98	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
7	1	B	98	LOOSE THERMAL	5.73	10
7	2	C	98	LOOSE THERMAL	3.1	10
7	3	E	98	LOOSE THERMAL	5.55	10
8	1	A	517	TIGHT THERMAL	5.73	0.5
8	2	B	517	TIGHT THERMAL	8.03	0.5
8	3	C	517	TIGHT THERMAL	8.78	0.5
8	4	D	517	TIGHT THERMAL	7.97	0.5
8	5	E	517	TIGHT THERMAL	9.46	0.5
8	6	F	517	TIGHT THERMAL	6.6	0.5
9	1	A	340	TIGHT THERMAL	8.84	0.5
9	2	B	340	TIGHT THERMAL	12.49	0.5
9	3	C	340	TIGHT THERMAL	11.37	0.5
9	4	D	340	TIGHT THERMAL	9.86	0.5
9	5	E	340	TIGHT THERMAL	9	0.5
9	6	F	340	TIGHT THERMAL	12.1	0.5
10	1	A	102	TIGHT THERMAL	19.47	0.5
10	2	B	102	TIGHT THERMAL	10.49	0.5
10	3	C	102	TIGHT THERMAL	13.7	0.5
10	4	D	102	TIGHT THERMAL	18.03	0.5
10	5	E	102	TIGHT THERMAL	12.87	0.5
10	6	F	102	TIGHT THERMAL	11.48	0.5
11	1	A	82	MEDIUM POSITIONAL	0.57	0.5
11	2	B	82	MEDIUM POSITIONAL	0.56	0.5
11	3	C	82	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
11	4	D	82	MEDIUM POSITIONAL	0.69	0.5
11	5	E	82	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
11	6	F	82	MEDIUM POSITIONAL	0.51	0.5
11	1	A	82	MEDIUM THERMAL	13.6	2
11	2	B	82	MEDIUM THERMAL	12.1	2
11	3	C	82	MEDIUM THERMAL	7.63	2
11	4	D	82	MEDIUM THERMAL	7.35	2
11	5	E	82	MEDIUM THERMAL	5.98	2
11	6	F	82	MEDIUM THERMAL	7.38	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	312	-
R_work	0.36	5928	-
all	-	6240	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0997	-0.1001	-0.1202	1.0382	0.0725	4.348	-0.072	-0.0289	-0.1153	-0.2142	-0.0784	-0.2772	0.2435	0.8708	0.1505	0.6469	0.0586	-0.1707	0.1992	0.0565	0.1923	67.636	-6.035	21.535
2	0.185	0.3906	0.0724	2.0065	1.5339	5.0377	-0.0953	-0.1395	-0.1192	0.1148	-0.1076	-0.2078	0.3752	0.4007	0.2029	0.9067	0.0529	-0.1292	0.1856	0.0837	0.221	54.708	-7.91	50.483
3	2.518	0.1919	0.0501	2.5071	1.2962	3.1823	0.0646	-0.0479	0.3603	-0.0879	-0.0466	-0.1512	-0.7812	0.0616	-0.0181	0.933	-0.0208	-0.2702	0.0234	0.0103	0.1886	55.627	19.982	35.305
4	0.8982	-0.1291	-0.5898	1.4609	1.5365	4.1266	0.0054	0.1235	0.0382	-0.1467	-0.1568	-0.2374	-0.4589	0.2591	0.1514	1.0604	-0.0105	-0.1633	0.1499	0.0855	0.1621	56.477	-57.534	23.837
5	2.6279	-0.1074	-0.1322	2.2626	1.478	2.7298	0.0023	0.1272	-0.4732	0.2062	-0.0622	-0.0578	0.8164	0.0553	0.0598	1.0861	-0.0183	-0.114	0.0194	0.006	0.1753	55.013	-85.417	38.991
6	1.5138	0.1913	-0.8012	1.9519	-0.7294	4.3303	-0.1618	-0.1165	-0.0047	0.1438	-0.098	-0.2255	-0.101	0.7802	0.2599	0.7201	-0.058	-0.2757	0.2053	0.0602	0.1765	65.113	-59.485	54.313
7	1.796	0.0311	-0.0867	1.0186	0.0022	2.8813	0.112	0.1555	0.132	-0.3877	-0.2693	0.2128	-0.6483	-1.2464	0.1573	1.0545	0.3379	-0.3819	0.6228	-0.1001	0.188	30.564	11.999	13.335
8	1.2349	-0.1151	-0.7008	1.2744	0.4311	4.3362	-0.3518	-0.4568	-0.2992	-0.0024	-0.0519	-0.263	1.2849	1.0211	0.4037	0.9955	0.3312	-0.0901	0.3398	0.2107	0.2954	72.13	-21.319	26.946
9	2.2535	-1.0951	-0.6421	1.712	0.4394	3.3024	-0.1691	0.5541	-0.1429	-0.2589	-0.4354	0.1885	1.0039	-0.7406	0.6046	1.1252	-0.1845	-0.1467	0.3086	-0.1796	0.2694	36.788	-19.716	14.341
10	0.1854	-0.373	-0.1831	1.6875	0.2903	2.5734	-0.1104	-0.1292	0.0503	0.5064	-0.0397	0.0133	0.1343	0.3157	0.1501	1.1241	-0.0311	-0.2575	0.198	-0.0518	0.1191	50.498	3.061	62.476
11	1.3985	0.2344	0.6437	2.1886	1.0976	3.3396	0.0702	0.0633	-0.1317	0.2196	-0.3972	0.45	0.2287	-1.2824	0.327	0.7224	-0.1556	-0.124	0.8007	-0.2889	0.3121	22.343	-5.369	39.422
12	1.1472	1.3033	-1.2539	4.2697	0.4856	4.0704	0.1322	-0.0869	-0.0422	-0.3734	-0.0283	-0.489	-1.3718	0.7108	-0.1039	1.3395	-0.3322	-0.2095	0.2429	0.0416	0.1424	64.084	26.021	22.102
13	1.3875	0.7279	-0.0653	1.2749	0.3378	2.668	0.0198	-0.3176	0.1383	0.0787	-0.3313	0.3042	-0.7882	-0.6793	0.3115	1.2631	0.1955	-0.1777	0.2725	-0.1663	0.2031	33.648	-45.602	57.063
14	0.6941	0.375	0.3514	2.0446	0.3363	2.691	-0.0649	0.119	-0.2108	-0.5765	-0.0569	-0.0908	-0.4475	0.3084	0.1217	0.9151	0.0504	-0.1145	0.1099	-0.0578	0.1287	53.956	-68.485	11.36
15	1.847	-0.4918	-1.2977	2.0708	0.6584	3.1713	0.1227	0.3031	0.1042	-0.2457	-0.3319	0.3907	-0.3698	-1.3388	0.2092	0.7766	0.2004	-0.3286	0.7481	-0.2061	0.2853	22.813	-59.878	30.195
16	0.9662	0.8147	-0.8604	3.219	-1.0875	4.015	-0.0235	-0.2534	-0.2081	0.5164	-0.0867	-0.1283	0.9364	0.6117	0.1102	1.0935	0.1976	-0.0802	0.1289	0.0587	0.1356	61.466	-91.511	53.255
17	1.2306	0.2307	0.1093	1.5538	-0.0166	2.1837	0.0052	-0.1283	-0.1853	0.2228	-0.2292	0.2919	0.4773	-1.0364	0.224	1.1119	-0.2125	-0.0786	0.5334	-0.1387	0.2592	27.131	-77.279	57.226
18	0.8733	-0.1842	-0.2972	1.3424	-0.1215	3.8967	-0.154	0.1234	0.1951	0.1727	0.001	-0.1479	-1.2281	0.8292	0.1531	0.8715	-0.3271	-0.2978	0.2273	0.1001	0.2193	70.494	-44.292	49.563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	286 - 375
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	28 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	286 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	28 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	286 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	28 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	286 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	28 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	286 - 375
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	28 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	286 - 375
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	50 - 285
14	X-RAY DIFFRACTION	8	A	376 - 465
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	50 - 285
16	X-RAY DIFFRACTION	10	B	376 - 465
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	50 - 285
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	376 - 465
19	X-RAY DIFFRACTION	13	D	50 - 285
20	X-RAY DIFFRACTION	14	D	376 - 465
21	X-RAY DIFFRACTION	15	E	50 - 285
22	X-RAY DIFFRACTION	16	E	376 - 465
23	X-RAY DIFFRACTION	17	F	50 - 285
24	X-RAY DIFFRACTION	18	F	376 - 465

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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