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- PDB-5ej4: EcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 15 min -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ej4
タイトルEcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 15 min
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Post-decarboxylation intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / Chem-TD6 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.773 Å
データ登録者Song, H.G. / Dong, C. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2016
タイトル: A Thiamine-Dependent Enzyme Utilizes an Active Tetrahedral Intermediate in Vitamin K Biosynthesis
著者: Song, H.G. / Dong, C. / Qin, M.M. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Liu, J.J. / Chan, W. / Guo, Z.H.
履歴
登録2015年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,97148
ポリマ-491,4708
非ポリマー6,50040
78,4914357
1
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,49312
ポリマ-122,8682
非ポリマー1,62510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area37850 Å2
手法PISA
2
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,49312
ポリマ-122,8682
非ポリマー1,62510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area37860 Å2
手法PISA
3
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,49312
ポリマ-122,8682
非ポリマー1,62510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
4
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,49312
ポリマ-122,8682
非ポリマー1,62510
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area37690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.791, 90.771, 169.561
Angle α, β, γ (deg.)83.27, 76.01, 64.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / ThDP-dependent enzyme MenD / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 61433.781 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / : K12 substr. MG1655 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

-
非ポリマー , 5種, 4397分子

#2: 化合物
ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid


分子量: 527.403 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C16H25N4O10P2S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4357 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.16 M magnesium formate, 1% tascimate pH 7.0, 0.02 M HEPES pH 7.0, 14% PEG 3350 and 2% PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→41.82 Å / Num. obs: 443335 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.77→1.84 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.773→41.82 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 21846 4.93 %
Rwork0.1758 --
obs0.1778 443335 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.773→41.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34485 0 392 4357 39234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00736027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07649221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.59512993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7731-1.79320.30726760.242213398X-RAY DIFFRACTION93
1.7932-1.81430.28537620.222614066X-RAY DIFFRACTION96
1.8143-1.83640.25777280.210513836X-RAY DIFFRACTION96
1.8364-1.85970.26977460.207813977X-RAY DIFFRACTION96
1.8597-1.88420.26637970.208113948X-RAY DIFFRACTION96
1.8842-1.910.25367450.195713872X-RAY DIFFRACTION96
1.91-1.93730.26416700.20114014X-RAY DIFFRACTION96
1.9373-1.96620.24167140.190514096X-RAY DIFFRACTION96
1.9662-1.99690.23617110.187113975X-RAY DIFFRACTION96
1.9969-2.02960.25057260.186614058X-RAY DIFFRACTION97
2.0296-2.06460.23367180.183914154X-RAY DIFFRACTION97
2.0646-2.10220.24417180.183214026X-RAY DIFFRACTION96
2.1022-2.14260.237570.173713957X-RAY DIFFRACTION97
2.1426-2.18630.22746310.173714131X-RAY DIFFRACTION97
2.1863-2.23390.21257790.170614031X-RAY DIFFRACTION97
2.2339-2.28580.23077000.175214198X-RAY DIFFRACTION97
2.2858-2.3430.22387570.174914094X-RAY DIFFRACTION97
2.343-2.40630.2167800.167314090X-RAY DIFFRACTION97
2.4063-2.47710.21757400.170414130X-RAY DIFFRACTION97
2.4771-2.55710.22047050.16914165X-RAY DIFFRACTION97
2.5571-2.64850.21397540.174314209X-RAY DIFFRACTION97
2.6485-2.75450.21827830.17514108X-RAY DIFFRACTION97
2.7545-2.87980.22497690.175414129X-RAY DIFFRACTION98
2.8798-3.03160.21647660.173314220X-RAY DIFFRACTION98
3.0316-3.22150.19987380.170314217X-RAY DIFFRACTION98
3.2215-3.47010.21696340.177314277X-RAY DIFFRACTION98
3.4701-3.81910.20357840.170414043X-RAY DIFFRACTION97
3.8191-4.37120.16927440.155413977X-RAY DIFFRACTION96
4.3712-5.50530.17766390.15714124X-RAY DIFFRACTION97
5.5053-41.83590.19096750.174413969X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1901-0.22140.09370.2213-0.09210.1116-0.0208-0.00550.0180.02640.0321-0.0165-0.0180.01920.01880.0324-0.0047-0.01080.0702-0.01110.061618.66540.715222.6596
20.0902-0.05220.02670.0362-0.07020.0025-0.0365-0.061-0.0246-0.0678-0.01790.0215-0.0337-0.0617-0.00860.0642-0.0052-0.00470.1109-0.03320.1035-4.987938.473826.0943
30.2294-0.10280.25770.16280.07320.20530.0032-0.0345-0.03950.0332-0.00950.06980.0374-0.0399-0.00010.0598-0.01080.01530.10050.01650.1066-8.177412.75233.8537
40.20490.043-0.03050.0598-0.09080.12470.0049-0.0123-0.04020.0063-0.0028-0.00780.03460.0432-0.01180.05970.0121-0.00060.06780.01150.055415.391411.670939.3202
5-0.0178-0.0335-0.00880.1288-0.08880.27250.0031-0.0028-0.0089-0.01670.00850.0060.0410.02170.01020.05510.0068-0.00410.0896-0.01370.082219.97110.54189.9086
60.05510.0015-0.03660.00720.03610.16390.00960.0328-0.1044-0.0428-0.0191-0.12620.05230.078-0.00080.07320.0199-0.01530.1101-0.01930.121233.54713.532-7.6338
70.1233-0.07510.10260.0076-0.06780.08790.009-0.0370.021-0.0220.0176-0.0273-0.02240.0350.00850.05350.00140.01380.1208-0.00720.119650.645235.46483.7992
80.0610.01080.06950.00210.00770.0573-0.0392-0.0450.0189-0.01310.0287-0.05040.01820.077800.06010.0095-0.02260.1806-0.03070.150158.639931.13824.3625
90.12210.03950.04820.0453-0.04560.0916-0.0001-0.0058-0.01420.0101-0.0049-0.00920.0010.03630.00490.04420.0065-0.01210.1173-0.01750.085539.871525.045427.3644
100.1214-0.0085-0.0289-0.0066-0.00550.1542-0.0062-0.1720.00890.01310.0088-0.0193-0.01230.04080.00140.07630.021-0.02270.2204-0.02850.131650.101124.818333.3507
110.1213-0.045-0.00860.1403-0.06630.24740.01060.0341-0.0261-0.0234-0.01180.00190.0056-0.03240.00030.05010.0038-0.01470.0861-0.01850.0813-4.843323.6572-3.9015
120.066-0.01230.00390.0298-0.02990.07270.0382-0.0387-0.02780.0184-0.08540.059-0.0035-0.13640.00560.0572-0.01-0.00820.1316-0.00540.0921-13.994531.037515.6129
130.1714-0.04980.19720.1048-0.18040.2443-0.0164-0.01010.0404-0.0022-0.0016-0.0066-0.0837-0.0489-0.00430.05130.02-0.00820.0791-0.01250.0586-8.782160.088512.1622
140.0167-0.03080.00920.0895-0.02070.010.03830.02720.01550.0245-0.07620.0596-0.1236-0.2185-0.00480.12220.0639-0.00670.12650.01870.1277-15.193568.281-7.9036
150.1618-0.10170.03190.1697-0.0390.03920.03870.03550.0028-0.0788-0.0636-0.0075-0.0317-0.0114-0.00980.08980.0325-0.00750.11970.00880.0858-8.223254.7844-15.8275
160.1717-0.02460.09490.1055-0.14520.18740.02470.01030.0146-0.0245-0.0267-0.0252-0.0397-0.0053-0.00390.05910.00520.01830.08650.00410.083619.001645.5047-8.3421
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330.1033-0.03990.05150.0984-0.09460.1125-0.00040.0190.0074-0.02070.00390.0588-0.0682-0.01630.00020.11080.0015-0.01560.0770.00050.091334.707757.8094-113.1135
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350.05690.0436-0.09880.0276-0.0060.1512-0.0097-0.05280.10580.04110.00060.0484-0.0541-0.0139-00.1352-0.00230.02620.0762-0.01090.151644.682473.3786-66.0327
360.05550.05040.05070.146-0.06190.1768-0.0026-0.01370.02240.0186-0.001-0.0279-0.03350.0419-0.00310.1278-0.03740.01090.0923-0.00750.114471.479779.2469-77.6541
370.01540.03820.00690.15240.07280.04540.00110.0043-0.0299-0.09470.00960.0058-0.09140.056-0.0990.1307-0.07060.05050.08640.0070.134171.000688.2667-98.2466
380.06230.03850.04930.1332-0.08710.07960.00960.02130.0017-0.0275-0.00860.0102-0.03820.03990.00160.1327-0.03170.00730.07010.00020.092857.337374.1267-101.0564
390.02940.0214-0.05170.0755-0.03460.1251-0.06080.00050.0864-0.10540.1673-0.0862-0.03550.28450.00840.2208-0.11090.0606-0.09210.09620.076761.970883.1439-107.186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 182 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 384 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 385 through 556 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 219 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 220 through 347 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 348 through 384 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 385 through 503 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 504 through 556 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 182 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 183 through 219 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 220 through 347 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 348 through 384 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 385 through 556 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 182 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 183 through 219 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 220 through 347 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 348 through 384 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 385 through 556 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 182 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 183 through 219 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 220 through 384 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 385 through 556 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 182 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 183 through 219 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 220 through 336 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 337 through 384 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 385 through 556 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 1 through 182 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 183 through 219 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 220 through 384 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 385 through 556 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 1 through 182 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 183 through 219 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 220 through 347 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 348 through 384 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 385 through 503 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 504 through 556 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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