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- PDB-5efk: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efk
タイトルCrystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 (Y745F mutant) in complex with alpha tubulin K40 tripeptide substrate
要素
  • Hdac6 protein
  • alpha tubulin K40 tripeptide
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / regulation of biological quality / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / swimming behavior / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process ...Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / regulation of biological quality / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / swimming behavior / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding / response to stress / hematopoietic progenitor cell differentiation / transferase activity / chromatin organization / actin binding / angiogenesis / perikaryon / axon / dendrite / centrosome / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein deacetylase HDAC6 / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Hai, Y. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Histone deacetylase 6 structure and molecular basis of catalysis and inhibition.
著者: Hai, Y. / Christianson, D.W.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hdac6 protein
A: alpha tubulin K40 tripeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,30110
ポリマ－40,6602
非ポリマー6418
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.277, 94.667, 51.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2006-

NO3

21B-2006-

NO3

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Hdac6 protein / histone deacetylase 6


分子量: 40269.484 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 288-646) / 変異: Y745F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7YT55, UniProt: F8W4B7*PLUS, histone deacetylase
#2: タンパク質・ペプチド alpha tubulin K40 tripeptide


分子量: 390.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 295分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-MCM / 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE / 7-AMINO-4-METHYLCOUMARIN


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine, pH 9.0, 2% v/v 1,4-dioxane, 10% PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 37390 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 0.655
反射 シェル解像度: 1.82→1.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EEK

5eek


解像度: 1.82→45.322 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1834 1868 5 %
Rwork0.1569 --
obs0.1583 37329 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→45.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2792 0 37 287 3116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5551044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8139-1.86290.26851210.26732395X-RAY DIFFRACTION88
1.8629-1.91770.25541510.2092676X-RAY DIFFRACTION99
1.9177-1.97960.18571430.16612702X-RAY DIFFRACTION100
1.9796-2.05040.19221340.15632713X-RAY DIFFRACTION100
2.0504-2.13250.21431480.16482738X-RAY DIFFRACTION100
2.1325-2.22950.21241280.15042728X-RAY DIFFRACTION100
2.2295-2.34710.19211310.14722766X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.49410.17691550.15112717X-RAY DIFFRACTION100
2.4941-2.68660.17541500.15322746X-RAY DIFFRACTION100
2.6866-2.9570.19361460.15482758X-RAY DIFFRACTION100
2.957-3.38470.1511400.15332789X-RAY DIFFRACTION100
3.3847-4.26390.16451560.13662805X-RAY DIFFRACTION100
4.2639-45.33580.17181650.15632928X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0012-0.0016-0.00330.00440.00150.00350.00290.02330.0096-0.0433-0.0391-0.0116-0.0061-0.002100.085-0.02120.00520.08160.02650.0853-11.936830.7852-17.418
20.0040.0066-0.0010.0022-0.00780.0091-0.00810.07990.1003-0.05980.01340.07120.010.0096-00.0675-0.0182-0.00830.05890.0357-0.0716-19.676521.0626-20.4966
30.0034-0.00260.00150.0018-0.00220.0016-0.0267-0.01660.04440.01820.0065-0.0029-0.0176-0.03300.07150.0436-0.0092-0.0323-0.05020.2404-20.914642.0464-4.2912
40.0062-0.0082-0.00070.0036-0.00140.00080.01430.02070.0593-0.02050.0015-0.0198-0.0566-0.173-00.0255-0.0883-0.0056-0.13360.02760.1064-14.927137.7782-9.9287
50.0021-0.0035-00.00510.00030.0038-0.0121-0.0030.0326-0.00110.0354-0.0136-0.0142-0.01600.0485-0.0016-0.00420.05480.00130.049-21.409324.6607-8.2723
60.0032-0.00260.0006-0.0008-0.0030.0072-0.0349-0.03420.03840.00440.0421-0.04750.0166-0.0392-00.02290.00730.00530.0257-0.00280.04-21.476926.6254-0.4864
70.0035-0.00230.00340.0025-0.00140.00780.0106-0.03960.01580.0177-0.0324-0.0051-0.0218-0.00200.0488-0.0044-0.0060.0706-0.01470.0436-11.956323.48888.1027
8-0.0007-0.00130.0020.0018-0.00350.00510.0416-0.0394-0.0101-0.0008-0.0002-0.00670.06150.022600.03470.02050.02080.06160.0029-0.0103-11.505412.82685.6604
90.00760.00470.00870.006100.01990.0022-0.01910.0251-0.01410.0084-0.00570.03340.001400.0455-0.0097-0.00440.0355-0.00070.0337-16.546613.8616-4.324
100.00470-0.00470.00320.010.0055-0.0132-0.0133-0.0649-0.0224-0.0084-0.02740.04340.0647-00.06960.00720.0010.0643-0.00850.065-13.05698.3622-11.6455
110.0012-0.00120.0013-0.0001-0.00190.0020.0204-0.034-0.00220.0399-0.02350.00090.0258-0.0165-00.0522-0.0052-0.03690.09050.0505-0.0342-13.13369.844614.176
121.4129-0.1617-0.52213.8717-8.14932-0.01120.01830.00550.0019-0.00420.0069-0.19440.01860.01740.3438-0.0187-0.01480.3482-0.00590.40.664831.9792-1.6871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 443 through 466 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 467 through 495 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 496 through 516 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 517 through 557 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 558 through 577 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 578 through 616 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 617 through 656 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 657 through 684 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 685 through 746 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 747 through 776 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 777 through 798 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 2 through 3 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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