PDB-5efg: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5efg

タイトル

Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with acetate

要素

Hdac6 protein

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Hai, Y. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Histone deacetylase 6 structure and molecular basis of catalysis and inhibition.
著者: Hai, Y. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2015年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5efg.cif.gz	292 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5efg.ent.gz	236.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5efg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5efg_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5efg_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
XML形式データ	5efg_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	5efg_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eduC 5eefC 5eeiC 5eekSC 5eemC 5eenC 5ef7C 5ef8C 5efbC 5efhC 5efjC 5efkC 5efnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5een-2 5ef8-1 6dvm-1 6css-1 6csr-2 6pzr-2 6dvm-4 5efb-d 5eei-1 5efh-2 5ef7-1 6pzo-2 5efn-1 6tcy-1 6q0z-2 6dvn-2 6csq-2 6pzo-1 6pye-1 6csr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Hdac6 protein

A: Hdac6 protein

ヘテロ分子

81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.123, 91.852, 96.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hdac6 protein / histone deacetylase 6 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 288-646) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A7YT55, UniProt: F8W4B7*PLUS, histone deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 30% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月1日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 32201 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.25→2.4 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5EEK

5eek

解像度: 2.25→49.766 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	1626	5.07 %
R_work	0.2124	-	-
obs	0.2135	32102	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5586	0	14	210	5810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	7813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.312	2093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2445-2.3105	0.3391	117	0.2799	2249	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3105-2.3851	0.2706	151	0.2586	2457	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3851-2.4703	0.2871	137	0.2644	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4703-2.5693	0.2508	150	0.2414	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5693-2.6862	0.2998	151	0.2373	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6862-2.8278	0.2505	136	0.2383	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8278-3.0049	0.2311	124	0.231	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0049-3.2369	0.2498	143	0.2222	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2369-3.5626	0.2412	120	0.2048	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5626-4.0779	0.2021	118	0.1848	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0779-5.1369	0.1813	149	0.1748	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1369-49.7784	0.1924	130	0.1729	2743	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2229	0.5046	-0.0688	0.9199	0.3291	1.2178	0.0539	-0.2558	-0.073	0.1441	-0.02	-0.0839	0.1171	0.1357	-0.0001	0.1403	-0.0273	-0.0161	0.149	0.0246	0.0768	28.267	-144.777	154.4785
2	0.3662	-0.0184	0.0137	0.7845	0.2312	0.9467	-0.2259	-0.374	-0.7195	0.1723	-0.0321	0.3512	0.2987	-0.09	0.0143	0.0699	-0.2671	0.0289	-0.2494	-0.1436	0.1492	14.9468	-157.0743	141.8662
3	0.8713	-0.3252	0.3183	2.073	-0.4816	1.1125	0.1645	0.5089	-0.7768	-0.506	0.0616	-0.449	0.5048	0.3309	0.0005	0.2927	-0.01	0.1338	0.0658	-0.063	0.2656	29.9084	-158.6706	135.3518
4	0.9859	0.5349	-0.1782	0.9613	-0.2374	0.6879	-0.0267	0.078	0.0784	-0.0491	0.0389	0.1124	0.0231	-0.0424	-0.0036	0.0852	-0.0155	0.0074	0.0833	-0.0115	0.083	15.2733	-140.9837	140.2086
5	0.7628	-0.1999	0.1703	0.5751	-0.0408	0.8953	-0.025	-0.02	0.2357	-0.0272	-0.0396	0.1333	-0.1039	-0.0014	0.0254	0.1068	-0.0181	-0.0098	0.072	-0.0114	0.1413	19.1187	-129.0771	142.9697
6	0.3977	-0.2325	0.1927	0.094	0.1609	0.3004	0.2765	-0.1666	0.7444	0.0054	0.0407	0.2979	-0.3217	0.2312	-0.0043	0.1917	-0.1131	-0.0086	0.1882	-0.0766	0.1045	26.6765	-126.366	152.2838
7	1.8704	0.6801	0.2536	0.5615	-0.039	0.4428	0.1083	0.3946	0.6726	-0.2611	-0.0281	0.1997	-0.2538	-0.1619	-0.0248	0.2601	-0.0045	-0.0534	0.2089	0.1225	0.3481	12.6677	-120.8965	131.122
8	1.1078	0.1404	0.5421	0.7564	0.0667	0.7177	0.0106	-0.3439	-0.2492	0.1374	0.0244	-0.079	0.1303	-0.0504	0.0135	0.1193	0.0302	0.0009	0.2627	0.0564	0.1311	26.5889	-99.1799	179.7372
9	2.1023	-1.5038	0.2499	2.2715	0.3171	0.6713	-0.4587	0.1523	-0.5512	0.3756	0.2484	0.0835	0.1038	-1.0113	0.029	0.1257	-0.223	0.0058	-0.047	-0.0208	0.4678	14.8477	-111.5768	164.4584
10	1.0739	-0.3804	0.4077	2.7221	-0.1843	1.1061	0.0795	-0.0163	-0.4039	-0.4414	0.0483	-0.166	0.1449	0.3314	-0.0091	0.199	-0.0068	0.0274	0.1629	-0.155	0.3086	29.4325	-112.4439	160.3908
11	1.3503	0.2937	0.0788	0.8216	-0.4029	0.8005	-0.0506	-0.22	-0.1153	0.0553	0.0543	0.017	0.0253	-0.1394	0.0027	0.0674	0.0254	-0.0001	0.1461	0.0251	0.078	14.2497	-97.7014	170.7768
12	1.7481	0.2744	0.4903	0.7202	0.0392	1.3599	-0.2323	-0.0742	0.3181	-0.081	0.048	0.0454	-0.2939	0.0121	0.0692	0.1564	0.0142	-0.0494	0.0779	-0.0178	0.1205	18.9248	-82.7798	165.4778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 442 through 489 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 490 through 516 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 517 through 537 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 538 through 656 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 657 through 746 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 747 through 776 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 777 through 798 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 441 through 495 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 496 through 516 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 517 through 537 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 538 through 616 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 617 through 798 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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