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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ef7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with HPOB | ||||||
![]() | Hdac6 protein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / angiogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hai, Y. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Histone deacetylase 6 structure and molecular basis of catalysis and inhibition. 著者: Hai, Y. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 285.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 908.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 912.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5eduC ![]() 5eefC ![]() 5eeiC ![]() 5eekSC ![]() 5eemC ![]() 5eenC ![]() 5ef8C ![]() 5efbC ![]() 5efgC ![]() 5efhC ![]() 5efjC ![]() 5efkC ![]() 5efnC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 288-646) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A7YT55, UniProt: F8W4B7*PLUS, histone deacetylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50.6 Å / Num. obs: 58401 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5EEK 解像度: 1.9→50.545 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.545 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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