- PDB-5ee0: Crystal structure of OsYchF1 at pH 6.5 -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee0
タイトル
Crystal structure of OsYchF1 at pH 6.5
要素
Obg-like ATPase 1
キーワード
HYDROLASE / OSYCHF1 / GTP-BINDING PROTEIN / AMP-PNP / YCHF-TYPE / P-LOOP NTPASE / ATP-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報
negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding ...negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能
解像度: 2.2→32.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.723 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.259
939
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.235
-
-
-
obs
0.236
17505
75.7 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK