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万見
- PDB-5ec0: Crystal Structure of Actin-like protein Alp7A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ec0
タイトルCrystal Structure of Actin-like protein Alp7A
要素Alp7A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Actins / Actin-like proteins / bacterial cytoskeleton / plasmid segregation proteins
機能・相同性: / Alp7A C-terminal domain / nucleotide binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Alp7A
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Petek, N.A. / Kraemer, J.A. / Mullins, R.D. / Agard, D.A. / DiMaio, F. / Baker, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of Alp7A reveal both conserved and unique features of plasmid segregation.
著者: Petek, N.A. / Kraemer, J.A. / Mullins, R.D. / Agard, D.A. / DiMaio, F. / Baker, D. / Pogliano, J. / Derman, A.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alp7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1835
ポリマ－44,5481
非ポリマー6364
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.865, 76.153, 112.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alp7A


分子量: 44547.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmid pLS20 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: alp7A / Variant: natto / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: C7F6X5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M magnesium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v glycerol, Hampton Research Silver Bullets 22-HR2-996-22
PH範囲: 6.2-6.8 / Temp details: 25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.58 Å / Num. obs: 22663 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.278 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / % possible all: 95.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化解像度: 2.2→39.58 Å / FOM work R set: 0.8389 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 2000 8.83 %
Rwork0.1692 20662 -
obs0.1744 22662 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.2 Å2 / Biso mean: 45.38 Å2 / Biso min: 11.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→39.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 40 148 3250
Biso mean--48.75 42.17 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1484259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3041208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1997-2.25470.3131310.24991352148394
2.2547-2.31560.28691400.24031445158598
2.3156-2.38380.31021390.2321440157999
2.3838-2.46070.27581410.21371452159399
2.4607-2.54860.32521420.208814781620100
2.5486-2.65060.25951410.19614501591100
2.6506-2.77120.26771420.188114691611100
2.7712-2.91730.26151420.180814671609100
2.9173-3.10.20371430.175314851628100
3.1-3.33930.22151460.176714901636100
3.3393-3.67510.22071440.15514911635100
3.6751-4.20640.20221460.142615071653100
4.2064-5.29760.19931470.129815231670100
5.2976-39.59030.19321560.158316131769100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.82991.26240.24952.86610.51562.2717-0.0940.0469-0.32230.2179-0.09860.34940.2542-0.45060.12480.2686-0.04120.05990.3525-0.0330.3158-27.4424-1.9246-32.0505
22.4360.40270.34311.70620.66121.77750.01050.1473-0.0621-0.0613-0.034-0.01940.0434-0.12030.01330.22120.00070.05080.2112-0.00380.2122-10.8662.2547-31.4909
32.68670.5906-1.66982.28120.00683.99210.1357-0.334-0.17130.3728-0.03750.03520.2373-0.4217-0.07770.3866-0.047-0.07970.45690.08780.2654-14.04321.3576-7.4716
42.7570.3658-0.17542.2861-0.96256.5102-0.042-0.07950.12910.0689-0.0266-0.147-0.68550.08020.11590.25760.00340.0220.1637-0.01450.2896-5.540911.2928-21.7814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 112 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 223 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 224 through 335 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 336 through 390 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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