PDB-5eb7: Crystal Structure of the Reversibly photoswitching chromoprotein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eb7

タイトル

Crystal Structure of the Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail, Metastable State

要素

Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / chromoprotein / photoswitching / GFP

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Close, D.W. / Langan, P.S. / Bradbury, A.R.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Evolution and characterization of a new reversibly photoswitching chromogenic protein, Dathail.
著者: Langan, P.S. / Close, D.W. / Coates, L. / Rocha, R.C. / Ghosh, K. / Kiss, C. / Waldo, G. / Freyer, J. / Kovalevsky, A. / Bradbury, A.R.

履歴

登録	2015年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5eb7.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	5eb6C 5ebjC 5ejuC 5exuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hzs-1 2gx2-5 2z6y-1 6myb-6 4tza-3 5hzs-12 2gx2-8 2gx2-1 6mxw-3 3adf-1 4ppl-2 6myc-7 5hzs-3 4ppj-1 2gx2-7 6mxw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.25, 81.18, 39.47
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	18
Full space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-578- HOH

#1: タンパク質	Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail 分子量: 25903.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→32.18 Å / Num. obs: 29829 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.0634 / Net I/σ(I): 10.91
反射シェル	解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.3041 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 88.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	1.9pre_1665	精密化
MOSFLM		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.65→32.18 Å / SU ML: 0.169760528517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3357 / 位相誤差: 23.3730043209

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	2247	7.61333604391 %
R_work	0.1831	27267	-
obs	0.1857	29514	97.5992063492 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.8440396028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1745	0	0	283	2028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058663301139	1793
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24068955134	2416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0408678096208	244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00500413915402	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4825204422	683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6501-1.686	0.26435361623	117	0.231407426599	1455	X-RAY DIFFRACTION	84.5615922539
1.686-1.7252	0.247945443677	135	0.207770088106	1646	X-RAY DIFFRACTION	95.7012358947
1.7252-1.7683	0.230054062864	156	0.200297692876	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.5694294941
1.7683-1.8161	0.268178459181	143	0.207062153941	1698	X-RAY DIFFRACTION	99.6751488901
1.8161-1.8696	0.242767844298	140	0.197512089967	1722	X-RAY DIFFRACTION	99.2537313433
1.8696-1.9299	0.393166801824	130	0.331338492704	1599	X-RAY DIFFRACTION	93.4594594595
1.9299-1.9989	0.269007354653	140	0.228486063872	1661	X-RAY DIFFRACTION	95.8998935037
1.9989-2.0789	0.260557098535	139	0.197617035043	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.4127068873
2.0789-2.1735	0.234001588836	129	0.185918833265	1730	X-RAY DIFFRACTION	99.6248660236
2.1735-2.288	0.317316132183	149	0.267775195967	1664	X-RAY DIFFRACTION	96.7449306297
2.288-2.4313	0.214659980932	134	0.183295300024	1724	X-RAY DIFFRACTION	98.3068783069
2.4313-2.619	0.225744286782	150	0.179523882031	1746	X-RAY DIFFRACTION	99.6845425868
2.619-2.8824	0.223477535618	136	0.176967265053	1751	X-RAY DIFFRACTION	99.6830427892
2.8824-3.2991	0.215217266526	149	0.166809034436	1767	X-RAY DIFFRACTION	99.8957247132
3.2991-4.1551	0.172149745065	141	0.157281190861	1790	X-RAY DIFFRACTION	99.9482401656
4.1551-32.1867	0.172421497777	159	0.157030600826	1897	X-RAY DIFFRACTION	99.8058252427

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.40723582632	-0.328878298635	-0.484190467123	2.84019951492	-0.513354124973	1.54531924464	0.344025800709	0.457554319111	0.0968542513534	-0.705165727616	-0.192208766092	-0.208613599128	0.0170575404278	0.109973846983	-0.0502612370439	0.350356520516	0.0567276473212	0.0565944339887	0.186831383216	0.0135622942191	0.145832933601	-22.8043220646	5.91305163263	-14.1798579958
2	2.78564009688	-0.992244075603	-0.45447444965	3.33882216716	0.0105061455154	0.961101357655	0.134717059846	0.0506418640155	0.00723861060632	-0.438095904719	-0.0717210093097	-0.153480088971	0.0447102241203	0.11229803689	-0.106568727022	0.234400202576	0.0132974549695	0.0440763461347	0.200897519571	0.0381350785199	0.169442722332	-24.1869326646	10.4094358801	-9.05664118275
3	3.02772703232	0.384218514482	-0.0428053647454	2.73834509316	-0.356293552933	3.29011895817	0.0631285342624	-0.132715357011	-0.0553945572944	-0.0904624572691	-0.103594817266	-0.43436265486	0.0593283837504	0.249434622104	0.000990126135293	0.239265420468	0.0590270206998	0.0627054775529	0.259155522875	0.0314820862102	0.294969457898	-11.2136379534	-4.60868704052	-4.12224111271
4	3.20554352662	-1.10767228688	-1.46740106034	3.58759297291	1.04648397116	2.82446133769	0.0750457329761	-0.178340518673	-0.142388409333	0.0348421579736	-0.0633239484095	0.296566250666	0.185965204376	0.120115245881	0.0556794942063	0.149572345313	-0.0153660052102	0.0198558734348	0.172513905475	0.0120829352322	0.185929415634	-31.1379728974	1.98373278834	0.504216427551
5	3.51092403963	0.280061372098	-1.50185256826	2.84412516324	-0.100753934799	2.30030601019	0.0976819166864	0.45252193532	-0.189283969932	-0.643658343345	-0.0942791332089	0.0958593159229	0.290387021091	0.05618355805	0.0539147093512	0.273518492764	0.062765252083	-0.00789748484853	0.221088216627	0.000557236859438	0.109325327024	-25.728389609	0.27922399569	-11.6975920148
6	3.66762649733	-0.538427099928	0.159655394995	0.996429307186	0.542184486616	3.03493391176	0.107628422515	-0.139758705275	0.475961902744	0.442149316661	0.163401661066	0.926348264067	-0.2604986011	-0.23873677744	-0.110406639799	0.163060067899	0.0232860935238	0.0625305528119	0.215483668876	0.0446016339705	0.367459177474	-39.6946955661	16.2212901517	0.676466429451
7	2.16799202209	-2.08589180272	-0.478092410096	7.28322285831	-0.131073319575	0.757641303532	-0.120131961281	-0.122590982485	-0.360331809021	0.749277356378	0.0627236612541	0.156880988029	0.0582163515354	0.091428813272	0.101936171127	0.189350385412	-0.0184185814492	0.0290090445576	0.225396490537	-0.000145430981588	0.23018022412	-22.1243239531	1.87915305092	5.32522958284
8	2.38268314823	-1.15777653988	-0.262413909019	5.07954747334	0.944552612915	1.35489656701	-0.0890246229956	-0.252833942131	0.0879648292582	0.378382989046	0.210824448382	0.0866046463207	-0.0731857264663	0.109097615106	-0.026013413839	0.178304347927	-0.0155505067219	0.0502775673578	0.204907757401	-0.00337682259229	0.151387016156	-26.5107916078	8.89228552426	6.43085539106
9	3.05420817203	-1.97497681589	-1.67810637093	5.11405010431	1.80240028329	2.27071227173	-0.167440345775	-0.114959368765	-0.135665250671	0.583934369912	0.0429304998844	0.228574372176	0.230055488791	0.0931118252241	0.0370718040741	0.219689470448	-0.000484545876181	0.00650706415735	0.257226734722	0.0342301468041	0.188777596405	-27.708245398	1.9714812188	3.84422963893
10	1.70684375219	-1.37293929387	0.419856980409	2.58114205565	-0.507229916464	0.87490893074	-0.0167278208131	-0.0926574558904	0.0388256969403	0.163980383302	0.0835046503038	-0.171048444544	-0.0802310852744	0.10490725568	-0.0623070546032	0.210494871059	0.0176078132751	0.0633737922109	0.231115398049	0.0151857413951	0.234658757083	-16.3399522854	0.979547660441	-0.911435415555
11	3.78071183061	-1.22261049209	1.27957883956	4.82443547224	-0.744463723817	2.89669995643	0.235561932567	0.300570067813	0.384294412368	-0.195759716359	-0.253521310044	-0.429331097603	0.0106403166669	0.400723293617	-0.0248544709938	0.193735425584	-0.00577497261043	0.0974438182123	0.189802812359	0.00100315768228	0.271853063298	-19.32249807	12.9195420509	-5.14027835042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 124 through 135 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 136 through 152 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 153 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 168 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 180 through 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 201 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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