[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5eb7: Crystal Structure of the Reversibly photoswitching chromoprotein ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eb7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail, Metastable State | |||||||||
Components | Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail | |||||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / chromoprotein / photoswitching / GFP | |||||||||
Function / homology | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Close, D.W. / Langan, P.S. / Bradbury, A.R.M. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Evolution and characterization of a new reversibly photoswitching chromogenic protein, Dathail. Authors: Langan, P.S. / Close, D.W. / Coates, L. / Rocha, R.C. / Ghosh, K. / Kiss, C. / Waldo, G. / Freyer, J. / Kovalevsky, A. / Bradbury, A.R. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5eb7.cif.gz | 175.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5eb7.ent.gz | 114.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5eb7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5eb7_validation.pdf.gz | 422.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5eb7_full_validation.pdf.gz | 423.9 KB | Display | |
Data in XML | 5eb7_validation.xml.gz | 13.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5eb7_validation.cif.gz | 19.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5eb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5eb7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 25903.100 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.542 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 15, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→32.18 Å / Num. obs: 29829 / % possible obs: 98.64 % / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0634 / Net I/σ(I): 10.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.709 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3041 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 88.05 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.65→32.18 Å / SU ML: 0.169760528517 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3357 / Phase error: 23.3730043209
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.8440396028 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→32.18 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|