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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eat | ||||||
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タイトル | 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE FROM NICOTIANA TABACUM WITH SUBSTRATE ANALOG FARNESYL HYDROXYPHOSPHONATE | ||||||
![]() | 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE | ||||||
![]() | ISOPRENOID SYNTHASE / ISOPRENOID CYCLASE / 5-EPI-ARISTOLOCHENE SYNTHASE / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS / NATURAL PRODUCTS BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Starks, C.M. / Back, K. / Chappell, J. / Noel, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for cyclic terpene biosynthesis by tobacco 5-epi-aristolochene synthase. 著者: Starks, C.M. / Back, K. / Chappell, J. / Noel, J.P. #1: ![]() タイトル: Expression of a Plant Sesquiterpene Cyclase Gene in Escherichia Coli 著者: Back, K. / Yin, S. / Chappell, J. #2: ![]() タイトル: Purification and Characterization of an Inducible Sesquiterpene Cyclase from Elicitor-Treated Tobacco Cell Suspension Cultures 著者: Vogeli, U. / Freeman, J.W. / Chappell, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 812 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 817.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63067.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FHP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.9 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 8000, 200 MM MG(OAC)2, 100 MM MOPSO PH 6.9, 1MM DTT, 2 MM FARNESYL HYDROXYPHOSPHONATE; SOAKING SOLUTION FOR FREEZING ALSO INCLUDED 20% ETHYLENE GLYCOL. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 24648 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 136072 / Rmerge(I) obs: 0.187 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.531 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT/DIFFERENCE FOURIER MAPS 開始モデル: NATIVE TEAS (PDB ENTRY 5EAS) 解像度: 2.8→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: THE PROTEIN CONSISTS OF RESIDUES 1 - 548. RESIDUES 1 - 16 ARE ABSENT FROM THE ELECTRON DENSITY. RESIDUES 17 - 24 ARE MODELED, BUT EXHIBIT WEAK DENSITY. RESIDUES 97 - 102 EXHIBIT WEAK DENSITY ...詳細: THE PROTEIN CONSISTS OF RESIDUES 1 - 548. RESIDUES 1 - 16 ARE ABSENT FROM THE ELECTRON DENSITY. RESIDUES 17 - 24 ARE MODELED, BUT EXHIBIT WEAK DENSITY. RESIDUES 97 - 102 EXHIBIT WEAK DENSITY AND MAY BE IN MULTIPLE CONFORMATIONS. RESIDUES 315 - 333 EXHIBIT ANISOTROPIC ELECTRON DENSITY. RESIDUES 522 - 532 WERE DISORDERED IN THE NATIVE STRUCTURE (5EAS) BUT DISPLAY STRONG DENSITY IN THE FARNESYL HYDROXYPHOSPHONATE COMPLEX. RESIDUES 253 - 266 ARE BETTER ORDERED THAN IN THE NATIVE STRUCTURE, AND HAVE TRANSLATED 2-3 ANGSTROMS TOWARD THE ACTIVE SITE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.08 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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