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- PDB-5ea9: Crystal Structure of Trypanosoma cruzi Dihydroorotate Dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ea9
タイトルCrystal Structure of Trypanosoma cruzi Dihydroorotate Dehydrogenase in Complex with Neq0130
要素Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / T. cruzi / Dihydroorotate Dehydrogenase / covalent inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll ...Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LM / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / COBALT HEXAMMINE(III) / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Rocha, J.R. / Inaoka, D.K. / Cheleski, J. / Shiba, T. / Harada, S. / Montanari, C.A. / Kita, K.
資金援助 日本, ブラジル, 4件
組織認可番号国
Creative Scientific Research18GS0314 日本
Japanese Society for the Promotion of Science18073004, 26253025, 26870119 日本
Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development10000284 日本
Fundacao de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo2010/20021-4, 2012/01777-6 ブラジル
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Exploring Trypanosoma cruzi Dihydroorotate Dehydrogenase Active Site Plasticity for the Discovery of Potent and Selective Inhibitors with Trypanocidal Activity
著者: Rocha, J.R. / Cheleski, J. / Inaoka, D.K. / Avelar, L.A. / Ribeiro, J.F.R. / Wiggers, H.J. / Albuquerque, S. / Shiba, T. / Harada, S. / Kita, K. / Silva, A.B.F. / Montanari, C.A.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
B: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,92032
ポリマ－68,3092
非ポリマー3,61130
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.284, 71.863, 124.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 34154.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genetically manipulated
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: PyrD,pyr4 / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4D3W2, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)

-
非ポリマー , 6種, 553分子

#2: 化合物 ChemComp-5LM / 5-[(E)-3-thiophen-2-ylprop-2-enylidene]-1,3-diazinane-2,4,6-trione


分子量: 248.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100 mM CACODILATE, 13% PEG3350, 50 mM HEXAMMINECOBALT (III) CHLORIDE, 5 mM OXONATE
PH範囲: 5.0-5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月26日
放射モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / 数: 484462 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.97 / D res high: 1.71 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 66881 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.645010.031.0316.7
3.684.6410.0291.0337.1
3.223.6810.0320.8837.3
2.923.2210.040.8567.3
2.712.9210.0470.8537.3
2.552.7110.0540.8637.3
2.432.5510.0640.8877.4
2.322.4310.0730.9067.4
2.232.3210.0820.9417.3
2.152.2310.090.9577.3
2.092.1510.1030.9747.3
2.032.0910.121.0177.3
1.972.0310.1371.0147.3
1.931.9710.1741.0247.3
1.881.9310.1981.0277.3
1.841.8810.2471.047.2
1.811.8410.2841.0457.2
1.771.8110.3171.0547.2
1.741.7710.3641.0347.1
1.711.7410.411.037.1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 66881 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.972 / Net I/av σ(I): 31.312 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 484462
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.71-1.747.10.4132561.0399.7
1.74-1.777.10.36433161.03499.9
1.77-1.817.20.31733041.05499.9
1.81-1.847.20.28432991.045100
1.84-1.887.20.24732841.04100
1.88-1.937.30.19833041.027100
1.93-1.977.30.17433131.024100
1.97-2.037.30.13733381.014100
2.03-2.097.30.1233351.017100
2.09-2.157.30.10333180.974100
2.15-2.237.30.0933020.957100
2.23-2.327.30.08233590.941100
2.32-2.437.40.07333290.906100
2.43-2.557.40.06433590.887100
2.55-2.717.30.05433520.863100
2.71-2.927.30.04733620.853100
2.92-3.227.30.0433810.856100
3.22-3.687.30.03234130.883100
3.68-4.647.10.02934211.03399.5
4.64-506.70.0335361.03197.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREPモデル構築
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.294 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 3333 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1811 63240 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.9 Å2 / Biso mean: 18.968 Å2 / Biso min: 4.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 245 523 5544
Biso mean--25.87 27.57 -
残基数----626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0195142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3692.0286956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.214311427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8295636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15224.02204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58815818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2191527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9761.6192517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.951.6172516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7572.4183147
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 275 -
Rwork0.216 4528 -
all-4803 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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