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- PDB-5ea3: Crystal Structure of Inhibitor JNJ-2408068 in Complex with Prefus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ea3
タイトルCrystal Structure of Inhibitor JNJ-2408068 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードCELL INVASION/INHIBITOR / Class I viral fusion protein / fusion / respiratory syncytial virus / prefusion / viral protein / fusion inhibitor / CELL INVASION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5NK / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Arnoult, E. / Langedijk, J.P. / Roymans, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Charles H. Hood Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of respiratory syncytial virus fusion inhibitors.
著者: Battles, M.B. / Langedijk, J.P. / Furmanova-Hollenstein, P. / Chaiwatpongsakorn, S. / Costello, H.M. / Kwanten, L. / Vranckx, L. / Vink, P. / Jaensch, S. / Jonckers, T.H. / Koul, A. / ...著者: Battles, M.B. / Langedijk, J.P. / Furmanova-Hollenstein, P. / Chaiwatpongsakorn, S. / Costello, H.M. / Kwanten, L. / Vranckx, L. / Vink, P. / Jaensch, S. / Jonckers, T.H. / Koul, A. / Arnoult, E. / Peeples, M.E. / Roymans, D. / McLellan, J.S.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3979
ポリマ－63,2181
非ポリマー1,1788
水64936
1
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,19027
ポリマ－189,6553
非ポリマー3,53524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area15890 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area49140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.110, 170.110, 170.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-608-

5NK

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 断片: RSV F ectodomain (UNP residues 1-513) / 変異: V207L, S190F, S155C, S290C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / プラスミド: p(alpha)H / 細胞株 (発現宿主): HEK293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-5NK / 2-[[2-[[1-(2-azanylethyl)piperidin-4-yl]amino]-4-methyl-benzimidazol-1-yl]methyl]-6-methyl-pyridin-3-ol / JNJ-2408068


分子量: 394.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.54 M potassium/sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.11 Å / Num. obs: 22511 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 740624 / Scaling rejects: 417
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.75-2.920.23.7341.96500832170.6590.849100
8.7-49.1133.10.06145.7277788380.9990.01199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MMS

4mms


解像度: 2.75→49.107 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1129 5.03 %Random selection
Rwork0.1988 21329 --
obs0.2003 22458 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.68 Å2 / Biso mean: 65.3997 Å2 / Biso min: 25.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3253 0 72 36 3361
Biso mean--107.62 46.22 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8884567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2611224
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7502-2.87530.36391690.29825772746
2.8753-3.02690.31711490.261825822731
3.0269-3.21650.26291280.230926342762
3.2165-3.46480.24581360.217626322768
3.4648-3.81330.26091310.184726452776
3.8133-4.36480.20871250.180726782803
4.3648-5.49810.1691450.163127002845
5.4981-49.11430.2131460.198928813027
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3419-1.4513-1.82054.93542.16583.0793-0.3237-0.3681-0.21560.55770.4460.21730.14170.2314-0.10280.35210.0617-0.03840.58380.11830.33362.96225.937332.5391
24.03171.27321.94613.22063.85165.94850.06390.8497-0.4851-0.4840.08710.67010.6701-0.0282-0.00890.9245-0.0034-0.05170.5312-0.11330.81074.9734-18.1191-10.0065
32.96810.26091.3485.07651.78764.05370.37320.1818-1.25180.58390.1546-0.19981.68640.1969-0.4310.92640.055-0.07060.48560.10770.915.9759-18.13059.347
41.97890.3993-0.21682.76142.25324.2233-0.09110.174-0.6568-0.3272-0.2960.59340.3942-0.68380.19760.41770.0047-0.10630.4088-0.00170.59874.0276-7.985610.9487
53.2536-0.17530.77734.99160.55041.5525-0.0534-0.4373-0.11850.29290.04930.04880.0966-0.0751-0.06290.38280.02660.00230.50830.11220.377910.72584.684431.7586
63.395-0.74740.75293.66810.37072.19160.0821-0.46330.21540.1481-0.0920.0216-0.2648-0.20710.02750.40990.0990.07140.457-0.01150.25583.575923.79931.8867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 27 through 52 )F0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 53 through 97 )F0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 137 through 190 )F0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 191 through 339 )F0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 340 through 394 )F0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 395 through 506 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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