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万見
- PDB-5e8b: Crystal structure of the S. cerevisiae Rtf1 histone modification ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8b
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae Rtf1 histone modification domain mutant R126A
要素RNA polymerase-associated protein RTF1
キーワードTRANSCRIPTION / Paf1 / Chromatin / Rtf1
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA transcription by RNA polymerase II / sno(s)RNA transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / meiotic DNA double-strand break formation / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / global genome nucleotide-excision repair / mRNA 3'-end processing ...snoRNA transcription by RNA polymerase II / sno(s)RNA transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / meiotic DNA double-strand break formation / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / global genome nucleotide-excision repair / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription termination / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators.
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / RNA polymerase-associated protein RTF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wier, A.D. / Heroux, A. / VanDemark, A.P.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2016
タイトル: The Histone Modification Domain of Paf1 Complex Subunit Rtf1 Directly Stimulates H2B Ubiquitylation through an Interaction with Rad6.
著者: Van Oss, S.B. / Shirra, M.K. / Bataille, A.R. / Wier, A.D. / Yen, K. / Vinayachandran, V. / Byeon, I.L. / Cucinotta, C.E. / Heroux, A. / Jeon, J. / Kim, J. / VanDemark, A.P. / Pugh, B.F. / Arndt, K.M.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-associated protein RTF1
B: RNA polymerase-associated protein RTF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4796
ポリマ－16,2902
非ポリマー1894
水1,45981
1
A: RNA polymerase-associated protein RTF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1682
ポリマ－8,1451
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA polymerase-associated protein RTF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3114
ポリマ－8,1451
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.868, 93.868, 75.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-325-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RTF1


分子量: 8145.050 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-139 / 変異: R126A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RTF1, CSL3, YGL244W, HRA458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53064
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M phosphate-citrate (pH 4.2), 28% PEG 300, Silver Bullets Bio condition 7 (Hampton)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→28.451 Å / Num. obs: 16294 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 6.77 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMX

5emx


解像度: 1.62→28.451 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 816 5.01 %
Rwork0.1466 --
obs0.1489 16294 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→28.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数900 0 12 81 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8671231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.803584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6201-1.72160.2261350.12972563X-RAY DIFFRACTION100
1.7216-1.85450.22061350.1342563X-RAY DIFFRACTION100
1.8545-2.0410.19981360.11782574X-RAY DIFFRACTION100
2.041-2.33620.18081350.11932561X-RAY DIFFRACTION100
2.3362-2.94290.21551360.14712600X-RAY DIFFRACTION100
2.9429-28.45510.17791390.16412617X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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