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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+84 | ||||||
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タイトル | ATP-bound state of BiP | ||||||
要素 | 78 kDa glucose-regulated protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE / molecular chaperones / Hsp70 / BiP / Protein Folding / endoplasmic reticulum / allosteric coupling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of protein folding in endoplasmic reticulum / cerebellum structural organization / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response ...regulation of ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of protein folding in endoplasmic reticulum / cerebellum structural organization / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / cerebellar Purkinje cell layer development / endoplasmic reticulum chaperone complex / PERK regulates gene expression / protein folding in endoplasmic reticulum / misfolded protein binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / ER overload response / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / cellular response to interleukin-4 / negative regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to glucose starvation / ERAD pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / heat shock protein binding / protein folding chaperone / response to endoplasmic reticulum stress / substantia nigra development / positive regulation of protein ubiquitination / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ATP-dependent protein folding chaperone / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / unfolded protein binding / melanosome / Platelet degranulation / ribosome binding / protein-folding chaperone binding / midbody / protein refolding / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Q. / Yang, J. / Nune, M. / Zong, Y. / Zhou, L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP. 著者: Yang, J. / Nune, M. / Zong, Y. / Zhou, L. / Liu, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e84.cif.gz | 708.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e84.ent.gz | 581.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e84_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e84_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5e84_validation.xml.gz | 73.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e84_validation.cif.gz | 110.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e84 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 67207.953 Da / 分子数: 6 / 変異: T229A, loop34 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPA5, GRP78 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11021 |
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-非ポリマー , 5種, 74分子
#2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.97 % / 解説: hexagonal plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 8%-12% PEG 3000, 0.1 M acetate acid, pH 4.5, and 0.2 M zinc acetate PH範囲: 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: focusing monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→40.76 Å / Num. all: 111753 / Num. obs: 111753 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JNE 解像度: 2.99→40.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 19.146 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.682 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.99→40.76 Å
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拘束条件 |
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