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- PDB-5e7h: Crystal structure of domains CD (residues 230-489) of Bacova_02650 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e7h
タイトルCrystal structure of domains CD (residues 230-489) of Bacova_02650
要素IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiotic process benefiting host / xyloglucan catabolic process / polysaccharide binding / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Surface glycan-binding protein B, xyloglucan binding domain / Surface glycan-binding protein B xyloglucan binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
Model detailsSusD homolog
データ登録者Koropatkin, N.M.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Molecular Dissection of Xyloglucan Recognition in a Prominent Human Gut Symbiont.
著者: Tauzin, A.S. / Kwiatkowski, K.J. / Orlovsky, N.I. / Smith, C.J. / Creagh, A.L. / Haynes, C.A. / Wawrzak, Z. / Brumer, H. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2015年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,44410
ポリマ－28,0501
非ポリマー3949
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.090, 87.090, 201.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

NA

21A-713-

HOH

31A-875-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650


分子量: 28050.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 230-489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (バクテリア)
株: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / 遺伝子: BACOVA_02650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: A7LXT4
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M sodium formate, 0.1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月15日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30.69 Å / Num. obs: 62808 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 21.8 % / Net I/σ(I): 38.52
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.03 % / Rmerge(I) obs: 0.7748 / % possible all: 96.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E7G

5e7g


解像度: 1.57→30.69 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 1974 3.19 %
Rwork0.156 --
obs0.157 62808 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→30.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 25 318 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1822799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.822697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.58990.2351370.21534189X-RAY DIFFRACTION97
1.5899-1.61080.20391370.19614185X-RAY DIFFRACTION98
1.6108-1.63290.18811380.16934134X-RAY DIFFRACTION98
1.6329-1.65620.20221430.17214203X-RAY DIFFRACTION98
1.6562-1.68090.17171370.16894186X-RAY DIFFRACTION98
1.6809-1.70720.19141390.17024230X-RAY DIFFRACTION98
1.7072-1.73520.20151360.17094185X-RAY DIFFRACTION98
1.7352-1.76510.18441370.1644172X-RAY DIFFRACTION98
1.7651-1.79720.1831320.1544223X-RAY DIFFRACTION98
1.7972-1.83180.17861340.15464229X-RAY DIFFRACTION98
1.8318-1.86920.15051390.13864199X-RAY DIFFRACTION98
1.8692-1.90980.17291370.14244240X-RAY DIFFRACTION99
1.9098-1.95420.13411420.12384211X-RAY DIFFRACTION99
1.9542-2.00310.13911350.13174239X-RAY DIFFRACTION99
2.0031-2.05720.14431390.13794210X-RAY DIFFRACTION99
2.0572-2.11770.16371400.13874271X-RAY DIFFRACTION99
2.1177-2.18610.16851410.13714243X-RAY DIFFRACTION99
2.1861-2.26420.15891390.1424229X-RAY DIFFRACTION99
2.2642-2.35480.13221420.13034289X-RAY DIFFRACTION99
2.3548-2.46190.18421410.14514213X-RAY DIFFRACTION99
2.4619-2.59170.14151450.13214270X-RAY DIFFRACTION99
2.5917-2.7540.18381410.15244250X-RAY DIFFRACTION100
2.754-2.96640.19291400.16814284X-RAY DIFFRACTION100
2.9664-3.26460.16391390.16344261X-RAY DIFFRACTION100
3.2646-3.73630.16721430.15474275X-RAY DIFFRACTION100
3.7363-4.70470.17111420.14154281X-RAY DIFFRACTION100
4.7047-30.69290.20751470.20134260X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0476 Å / Origin y: 37.0201 Å / Origin z: -3.498 Å
111213212223313233
T0.1116 Å2-0.0136 Å2-0.0089 Å2-0.1054 Å2-0.0039 Å2--0.1249 Å2
L1.5248 °20.1475 °2-0.4332 °2-0.6538 °2-0.4088 °2--1.6662 °2
S0.0572 Å °0.0382 Å °-0.0204 Å °-0.0795 Å °-0.0166 Å °0.0204 Å °0.1816 Å °-0.025 Å °-0.04 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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