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Yorodumi- PDB-5e7h: Crystal structure of domains CD (residues 230-489) of Bacova_02650 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e7h | ||||||
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Title | Crystal structure of domains CD (residues 230-489) of Bacova_02650 | ||||||
Components | IPT/TIG domain-containing protein BACOVA_02650 | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate-binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiotic process benefiting host / xyloglucan catabolic process / polysaccharide binding / cell outer membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides ovatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.57 Å | ||||||
Model details | SusD homolog | ||||||
Authors | Koropatkin, N.M. | ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2016 Title: Molecular Dissection of Xyloglucan Recognition in a Prominent Human Gut Symbiont. Authors: Tauzin, A.S. / Kwiatkowski, K.J. / Orlovsky, N.I. / Smith, C.J. / Creagh, A.L. / Haynes, C.A. / Wawrzak, Z. / Brumer, H. / Koropatkin, N.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e7h.cif.gz | 171.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e7h.ent.gz | 137.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e7h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5e7h_validation.pdf.gz | 438 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5e7h_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | Display | |
Data in XML | 5e7h_validation.xml.gz | 14.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5e7h_validation.cif.gz | 22.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5e75C 5e76C 5e7gSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28050.207 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 230-489 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153) (bacteria) Strain: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / Gene: BACOVA_02650 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) pLysS / References: UniProt: A7LXT4 | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 / Details: 2M sodium formate, 0.1M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2015 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.57→30.69 Å / Num. obs: 62808 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 21.8 % / Net I/σ(I): 38.52 |
Reflection shell | Resolution: 1.57→1.63 Å / Redundancy: 5.03 % / Rmerge(I) obs: 0.7748 / % possible all: 96.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5E7G Resolution: 1.57→30.69 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 14.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.57→30.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 0.0476 Å / Origin y: 37.0201 Å / Origin z: -3.498 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |