PDB-5e71: Crystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5.0E+71

タイトル

Crystal structure of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase (aTrm11) from Thermococcus kodakarensis

要素

N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / tRNA methyltransferase / RFM domain / NFLD / THUMP domain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / tRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA methylation / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Hirata, A.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional analyses of the archaeal tRNA m2G/m22G10 methyltransferase aTrm11 provide mechanistic insights into site specificity of a tRNA methyltransferase that contains ...
著者: Hirata, A. / Nishiyama, S. / Tamura, T. / Yamauchi, A. / Hori, H.

履歴

登録	2015年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e71.cif.gz	78.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e71.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e71_validation.pdf.gz	416.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e71_full_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示
XML形式データ	5e71_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	5e71_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e72C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xza-d 5e72-d 2iph-d 4z86-d 6yev-3 5b6j-d 2ht6-d 6zxv-1 4kos-2 6rqg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.733, 53.520, 134.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase 分子量: 39300.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0981 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5JID5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

N2, N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase

分子量: 39300.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0981 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5JID5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4.5M NaCl, 0.1M Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 29 % / 数: 1126901 / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 5.76 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 38924 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.66	50	1	0.071	10.001	27.7
2.91	3.66	1	0.1	10.796	29
2.54	2.91	1	0.118	8.275	29.3
2.31	2.54	1	0.132	7.157	29.4
2.14	2.31	1	0.145	6.231	29.5
2.02	2.14	1	0.16	4.894	29.4
1.91	2.02	1	0.18	3.61	29.3
1.83	1.91	1	0.212	2.658	29.1
1.76	1.83	1	0.264	1.883	28.8
1.7	1.76	1	0.338	1.531	28

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 38847 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 1.899 / Net I/av σ(I): 53.658 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 275794

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	7.2	0.594	1878	0.951	0.238	0.641	1.324	100
1.73-1.76	7.2	0.494	1924	0.958	0.197	0.533	1.349	100
1.76-1.79	7.2	0.398	1926	0.966	0.159	0.429	1.383	100
1.79-1.83	7.2	0.333	1913	0.971	0.132	0.359	1.346	100
1.83-1.87	7.2	0.244	1891	0.987	0.097	0.263	1.414	100
1.87-1.91	7.2	0.218	1935	0.988	0.087	0.234	1.514	100
1.91-1.96	7.3	0.181	1912	0.991	0.072	0.195	1.573	100
1.96-2.02	7.2	0.142	1927	0.994	0.057	0.153	1.583	100
2.02-2.07	7.2	0.127	1942	0.995	0.051	0.137	1.782	100
2.07-2.14	7.3	0.101	1912	0.996	0.04	0.109	1.745	100
2.14-2.22	7.3	0.082	1918	0.998	0.033	0.088	1.788	100
2.22-2.31	7.2	0.075	1952	0.997	0.03	0.081	1.885	100
2.31-2.41	7.2	0.067	1922	0.998	0.027	0.072	1.893	100
2.41-2.54	7.2	0.06	1951	0.998	0.024	0.065	2.017	100
2.54-2.7	7.1	0.061	1947	0.998	0.025	0.066	2.415	100
2.7-2.91	7	0.063	1939	0.997	0.026	0.068	3.122	100
2.91-3.2	6.7	0.056	1981	0.997	0.023	0.061	3.315	100
3.2-3.66	6.8	0.05	1987	0.997	0.021	0.054	3.358	100
3.66-4.61	6.6	0.034	1997	0.999	0.014	0.037	1.961	99.6
4.61-50	6.6	0.027	2093	0.999	0.011	0.029	1.358	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1682	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→34.442 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	1945	5.02 %
R_work	0.2047	-	-
obs	0.2065	38747	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2599	0	0	175	2774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	3577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.976	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7004-1.743	0.3181	129	0.2709	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
1.743-1.7901	0.3221	141	0.244	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7901-1.8428	0.2818	139	0.2294	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8428-1.9022	0.2673	134	0.2113	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9022-1.9702	0.2508	135	0.2079	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9702-2.0491	0.2827	137	0.2139	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0491-2.1423	0.2629	150	0.2142	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1423-2.2553	0.2621	126	0.2147	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2553-2.3965	0.2813	127	0.2138	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3965-2.5815	0.2393	145	0.2185	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5815-2.8412	0.2947	140	0.2477	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8412-3.252	0.2375	124	0.2296	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.252-4.0962	0.2257	141	0.1736	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0962-34.449	0.1965	177	0.1788	2751	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)