PDB-5e59: Crystal structure of reduced state of a novel disulfide oxidoredu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5.0E+59

タイトル

Crystal structure of reduced state of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans

要素

FrnE protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FrnE / Deinococcus / disulfide bond / disulfide isomerase / oxidative stress

機能・相同性

DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FrnE protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

引用

ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: drFrnE Represents a Hitherto Unknown Class of Eubacterial Cytoplasmic Disulfide Oxido-Reductases.
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Rajpurohit, Y.S. / Misra, H.S. / Kumar, V.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e59.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e59.ent.gz	84.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e59_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e59_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	5e59_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	5e59_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cnwSC 5co3C 5cohC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5coh-d 5xwh-d 5cnw-d 7c82-d 7c2a-d 3ghp-1 5co3-d 2qrx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FrnE protein

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.761, 62.922, 86.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	FrnE protein 分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0659 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000 100mM Sodium Actetate 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: AGILENT TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→15.76 Å / Num. obs: 18231 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless		データ削減
CrysalisPro		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CNW

5cnw

解像度: 2→15.759 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	915	5.03 %
R_work	0.1572	-	-
obs	0.1596	18200	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→15.759 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1771	0	12	252	2035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	2466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.245	661
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1053	0.2442	143	0.1824	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.2368	0.2171	146	0.1647	2402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2368-2.409	0.2068	138	0.1727	2426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.409-2.6503	0.225	117	0.1722	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6503-3.0315	0.2395	126	0.1633	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0315-3.8104	0.1941	120	0.1424	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8104-15.7594	0.1791	125	0.1479	2617	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8504	0.825	0.0532	2.5597	0.0338	1.1209	-0.166	-0.2148	-0.5458	0.1824	0.1074	0.301	0.3047	-0.1948	-0.011	0.1955	-0.003	0.0307	0.1604	0.0988	0.2486	0.0333	143.7646	105.0207
2	4.5656	-2.3096	-3.0764	1.1884	1.5915	2.3758	-0.1402	-0.6527	-0.3837	0.1349	0.1473	0.1705	0.2347	0.0738	-0.0068	0.2112	-0.0023	0.0308	0.1866	0.1125	0.3586	-3.7043	141.0302	112.3656
3	2.4309	0.2068	0.0184	1.9747	-1.5671	4.4988	-0.1466	0.7817	-0.5242	-0.4812	0.0742	-0.1043	0.4794	0.3312	0.0883	0.2729	-0.0155	0.0945	0.3573	-0.074	0.2506	18.1757	146.4205	90.4396
4	2.3822	-0.5569	-0.4432	1.3645	-0.6037	1.8839	0.0457	0.7566	0.027	-0.1294	-0.0171	0.068	-0.1002	-0.1477	-0.0076	0.1545	0.0031	0.013	0.2552	0.0249	0.1425	8.8095	155.2019	93.0207
5	1.83	0.3647	-0.4745	1.4694	-0.1227	2.9795	-0.0677	-0.5425	-0.2981	0.2039	0.0538	0.0403	-0.0828	0.1604	0.0126	0.1619	0.0136	0.0133	0.2116	0.0586	0.1379	15.0929	149.22	109.675
6	1.636	-0.1398	-0.4346	0.1101	-0.2559	1.0346	-0.1251	-0.6231	-0.9733	0.1163	-0.1157	-0.1496	0.5258	0.5214	-0.1212	0.3279	0.1132	0.0733	0.2562	0.2603	0.4113	17.6258	138.4616	111.187
7	0.4885	-0.6373	0.9059	3.1953	0.6663	3.2218	-0.0526	0.1068	-0.6451	-0.4364	0.2968	0.2263	0.6237	-0.3991	-0.0968	0.2817	-0.0627	0.0176	0.1346	0.0286	0.3532	-0.7476	135.7145	99.9665
8	5.8688	5.9903	-5.1983	8.3566	-4.9289	7.1491	-0.1832	0.3926	-0.6595	-0.3043	0.6317	0.3877	0.5366	-0.6841	-0.3593	0.2519	-0.0819	-0.0336	0.2399	0.0922	0.3984	-12.1414	138.4792	105.2751
9	2.224	-2.5553	1.8851	6.068	-1.2423	1.852	-0.0335	-0.3726	0.2277	0.8663	0.0145	0.0753	-0.3592	-0.0351	-0.0042	0.3711	0.0575	0.0486	0.2464	0.0403	0.3946	-22.8403	119.2822	119.874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 110 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 185 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 186 through 207 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 208 through 221 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 222 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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