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- PDB-5e4w: Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4w
タイトルCrystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail
要素
  • Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
  • Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
  • Thioredoxin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Signal recognition particle / chromodomain / membrane insertase Alb3 / chloroplast / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope ...: / protein localization to chloroplast / protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast thylakoid / chloroplast envelope / chloroplast stroma / protein insertion into membrane / chloroplast thylakoid membrane / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / chloroplast / peroxisome / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / membrane => GO:0016020 / protein domain specific binding / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle 43kDa protein / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Thioredoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain ...Signal recognition particle 43kDa protein / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Thioredoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Thioredoxin-like superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic / Thioredoxin 1 / Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Horn, A. / Ahmed, Y.L. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction.
著者: Horn, A. / Hennig, J. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Wild, K. / Sattler, M. / Sinning, I.
履歴
登録2015年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-1
B: Thioredoxin-1
C: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
D: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
E: Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
F: Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,12210
ポリマ－49,8586
非ポリマー2644
水73941
1
A: Thioredoxin-1
D: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
F: Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0615
ポリマ－24,9293
非ポリマー1322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
3
B: Thioredoxin-1
C: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
E: Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0615
ポリマ－24,9293
非ポリマー1322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.592, 163.668, 37.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Thioredoxin-1 / Trx-1


分子量: 11744.438 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: trxA, Z5291, ECs4714 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA27
#2: タンパク質 Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic / Chromo protein SRP43 / CpSRP43


分子量: 12032.213 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 265-369 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAO, CPSRP43, At2g47450, T30B22.25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22265

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic


分子量: 1152.396 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 453-461 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ALB3, At2g28800, F8N16.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LBP4

-
非ポリマー , 3種, 45分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Ca(OAc)2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45 Å / Num. obs: 12743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.8→45 Å / Rmerge(I) obs: 0.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dxb

3dxb


解像度: 2.8→45 Å / FOM work R set: 0.7134 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 619 4.95 %
Rwork0.2495 11882 -
obs0.2517 12501 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.42 Å2 / Biso mean: 71.57 Å2 / Biso min: 2.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 14 41 3545
Biso mean--63.11 40.86 -
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.734806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1211314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-3.08180.451420.372775X-RAY DIFFRACTION94
3.0818-3.52760.35461480.31532952X-RAY DIFFRACTION99
3.5276-4.44380.30771520.22243008X-RAY DIFFRACTION100
4.4438-450.22161770.2043147X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1172-1.817-2.26857.9013-5.64052.00980.7353-0.26581.35960.41540.5819-1.1911-1.2631.7366-0.16010.7365-0.1673-0.25060.8612-0.03730.9559-1.829742.90360.3845
28.8749-0.6081-0.30539.2673-5.23162.01310.42681.1211-0.0009-0.89920.0505-2.05692.01510.4604-0.12070.7040.11630.03760.72610.04410.9967-0.910335.4288-9.7665
36.2292.7357-2.11654.12271.89218.99320.5061-0.54170.2782-1.19191.0622-1.9329-0.67462.0073-0.14380.07980.1962-0.00630.6744-0.0980.5758-6.356134.5123-2.6706
42.6243-0.2041.10314.7753-3.01219.8503-0.16540.32041.4870.3175-0.51570.1268-2.4380.017-0.38740.7848-0.014-0.10560.34080.15850.7118-16.840949.2882-4.2099
54.74650.7058-0.17936.3235-0.98989.21920.9013-0.39681.64511.6626-1.0113-0.7572-0.96780.7248-0.16280.85720.1094-0.00430.48620.06430.6193-10.520343.98248.803
64.3948-0.6004-0.91586.8128-1.51067.64270.09960.32440.2601-0.44880.0693-0.39730.2970.6252-0.21270.33880.1136-0.03240.2033-0.00740.6021-10.441638.69-5.6677
72.66152.2271-0.54473.4038-0.61437.15470.33980.4302-0.35240.54180.2-0.26611.03780.2077-0.27330.64860.2329-0.15770.24420.0190.4528-14.40832.3613-0.8795
88.8117-0.9415-0.3287.10732.35547.15630.2281-0.6778-0.7990.43670.088-0.36951.0730.1761-0.35310.82990.0296-0.24750.46050.05470.3994-16.654632.60479.2349
97.5951-1.5708-2.95475.66264.70377.7183-1.28881.0759-1.1672-1.0807-0.06691.30030.2469-1.75230.64470.5505-0.0972-0.10070.7338-0.23130.892-34.351518.7052-12.0235
107.25991.73794.2199.9215-0.34062.0730.3865-0.11520.6089-1.5745-0.54131.75670.1897-1.09990.46660.79170.0945-0.35681.05810.11570.5763-34.901829.7735-13.0961
115.9376-3.0268-0.68967.80691.48924.6327-0.55350.4119-1.66880.7112-0.7647-0.31940.82961.3050.2271.0244-0.23460.04860.321-0.15560.3454-23.483315.6744-6.5062
124.5004-1.5469-2.85154.59682.76753.7232-1.35530.5948-1.65910.37570.16721.64541.3266-1.36020.72550.9287-0.07470.240.5236-0.01740.8859-32.163615.75023.0154
134.2112-1.4994-1.1429.95445.75872.1430.23280.0287-0.368-0.5137-0.37631.42650.8307-1.17750.73340.7982-0.207-0.04930.60480.08060.5598-33.853321.8197-2.8368
143.9498-0.903-1.56967.74243.53397.6633-0.19180.70980.1244-1.13080.03090.2206-0.2765-0.5429-0.00040.5921-0.0032-0.05610.44120.05470.3512-22.976224.3349-11.4578
155.6993-1.5501-3.2259.3219-0.12692.4064-0.061-0.20580.03420.45050.22880.4525-0.1565-0.14220.00920.5475-0.04880.07750.3258-0.07070.3476-24.831626.47423.3722
167.3895-0.474-4.39844.78192.62192.0441-1.23310.44181.3645-2.5356-0.1925-0.3404-1.5083-0.9329-0.18810.97670.1565-0.02570.3837-0.11480.7875-12.532517.7165-7.3068
179.3335-1.8105-2.76566.41863.32087.90540.176-0.365-0.5771-1.68081.0432-0.9977-0.75421.6578-0.71090.0508-0.04090.36070.641-0.25521.2976-0.710210.4253-12.4495
182.3095-0.6662-3.43988.41254.57610.06780.68460.1730.6074-0.5479-0.1954-0.2296-2.64210.7972-0.62021.1317-0.18740.1420.6159-0.07540.7879-4.17316.8338-15.1963
192.0303-0.1083-6.80066.68313.70351.99710.77950.79170.6219-0.43941.3372-0.8744-0.87831.0545-0.97050.7126-0.0897-0.25510.9027-0.17310.7-2.860216.6525-9.7552
206.24273.61276.18036.87164.61168.77430.047-0.43560.34441.3386-0.19230.40030.0437-0.40920.13660.74890.11330.14410.3764-0.05220.433-11.63422.8498-23.163
219.08423.41224.27865.97924.25038.94480.3228-0.0206-1.09670.6141-0.104-0.03841.24860.2507-0.18410.8326-0.10150.18750.4375-0.03750.5533-15.7561-6.2808-29.3327
227.47282.47837.00749.82645.16917.22721.208-1.38870.94350.5655-0.17820.45950.32881.74830.01171.4782-0.0382-0.0157-0.30490.20370.3446-13.13340.8663-30.8696
237.40366.08016.63878.68285.9595.95960.78910.7021.3859-1.1789-0.80161.4176-1.562-1.53570.97190.67660.22890.20160.78390.22491.0948-26.99880.4833-34.1856
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30-0.0172-0.83551.14818.6061-4.46776.4304-0.9911-0.22810.0378-5.80870.90490.2597-1.5585-0.1341-0.1537-0.42520.5868-0.0340.26890.12390.6088-21.93162.5891-31.8375
314.3452-1.3866-4.78472.026-4.03717.2722-0.57910.0714-0.12551.0937-0.23020.3102-2.7365-0.3644-0.0491.0350.3606-0.03280.7092-0.2870.7733-24.685277.1243-26.6019
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332.4066-6.71832.92882.0664-8.60833.8879-0.31270.5975-0.34-1.50240.88392.0352.3035-2.0558-0.7378-7.7245.5434-2.1089-2.18571.34530.2563-26.100356.806-38.6253
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350.6487-1.54181.60021.9149-7.46236.1755-1.1921.93910.0643-1.0209-1.3016-2.6051-1.13291.87150.7523-1.07230.79270.99380.6187-0.17891.6012-10.190966.9864-37.2948
369.05157.00825.04012.366-2.3082.13570.2314-0.58521.4437-0.3123-0.6812-0.0425-1.30371.28590.82681.0469-0.00540.02670.8041-0.02650.6113-10.71754.8169-24.8255
373.7526-2.3087-5.63085.38080.19772.2382-1.49690.3099-0.36090.66410.34290.98462.744-0.73670.67760.3475-0.3833-0.28030.8131-0.01440.6497-24.467557.6417-27.9072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 17 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 25 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 38 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 48 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 49 through 58 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 86 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 87 through 105 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 106 through 120 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 12 through 21 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 22 through 31 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 32 through 48 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 49 through 58 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 59 through 69 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 70 through 94 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 95 through 119 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 265 through 271 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 272 through 283 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 284 through 296 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 297 through 304 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 305 through 330 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 331 through 343 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 344 through 358 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 359 through 369 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 265 through 275 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 276 through 285 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 286 through 291 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 292 through 296 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 297 through 304 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 305 through 314 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 315 through 330 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 331 through 336 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 337 through 343 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 344 through 349 )D0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 350 through 358 )D0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 359 through 369 )D0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 453 through 461 )E0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 454 through 461 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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