PDB-5e4h: Crystal Structure of Apoenzyme Alpha-kinase Domain of Myosin-II H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e4h

タイトル

Crystal Structure of Apoenzyme Alpha-kinase Domain of Myosin-II Heavy Chain Kinase A

要素

Myosin-II heavy chain kinase A

キーワード

TRANSFERASE / alpha kinase / ePK domain fold

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ye, Q. / Cote, G.P. / Jia, Z.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dictyostelium Myosin-II Heavy Chain Kinase A (MHCK-A) alpha-kinase domain apoenzyme reveals a novel autoinhibited conformation.
著者: Ye, Q. / Yang, Y. / van Staalduinen, L. / Crawley, S.W. / Liu, L. / Brennan, S. / Cote, G.P. / Jia, Z.

履歴

登録	2015年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e4h.cif.gz	407.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e4h.ent.gz	332.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e4h_validation.pdf.gz	520.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e4h_full_validation.pdf.gz	555.8 KB	表示
XML形式データ	5e4h_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	5e4h_validation.cif.gz	95.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyjC 5e9eC 3lkmS 3lla 3lmh 3lmi 3pdt 4zme 4zmf 4zs4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lmi-4 4zme-2 3lmi-2 4zmf-2 5dyj-1 5e9e-2 3lla-1 4zts-d 1ux0-d 4zs4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myosin-II heavy chain kinase A

B: Myosin-II heavy chain kinase A

C: Myosin-II heavy chain kinase A

D: Myosin-II heavy chain kinase A

E: Myosin-II heavy chain kinase A

F: Myosin-II heavy chain kinase A

G: Myosin-II heavy chain kinase A

H: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

278 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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3

C: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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4

D: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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5

E: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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34.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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7

G: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

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8

H: Myosin-II heavy chain kinase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.298, 103.469, 167.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	554 - 808	20 - 274
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	554 - 808	20 - 274
1	2	THR	THR	ASP	ASP	A	A	556 - 806	22 - 272
2	2	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
1	3	SER	SER	LEU	LEU	A	A	553 - 809	19 - 275
2	3	SER	SER	LEU	LEU	D	D	553 - 809	19 - 275
1	4	SER	SER	VAL	VAL	A	A	554 - 807	20 - 273
2	4	SER	SER	VAL	VAL	E	E	554 - 807	20 - 273
1	5	SER	SER	LYS	LYS	A	A	553 - 808	19 - 274
2	5	SER	SER	LYS	LYS	F	F	553 - 808	19 - 274
1	6	SER	SER	LEU	LEU	A	A	553 - 809	19 - 275
2	6	SER	SER	LEU	LEU	G	G	553 - 809	19 - 275
1	7	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	555 - 807	21 - 273
2	7	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	555 - 807	21 - 273
1	8	THR	THR	ASP	ASP	B	B	556 - 806	22 - 272
2	8	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
1	9	SER	SER	LYS	LYS	B	B	554 - 808	20 - 274
2	9	SER	SER	LYS	LYS	D	D	554 - 808	20 - 274
1	10	SER	SER	LYS	LYS	B	B	554 - 808	20 - 274
2	10	SER	SER	LYS	LYS	E	E	554 - 808	20 - 274
1	11	SER	SER	LYS	LYS	B	B	554 - 808	20 - 274
2	11	SER	SER	LYS	LYS	F	F	554 - 808	20 - 274
1	12	SER	SER	LYS	LYS	B	B	554 - 808	20 - 274
2	12	SER	SER	LYS	LYS	G	G	554 - 808	20 - 274
1	13	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	555 - 808	21 - 274
2	13	GLU	GLU	LYS	LYS	H	H	555 - 808	21 - 274
1	14	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
2	14	THR	THR	ASP	ASP	D	D	556 - 806	22 - 272
1	15	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
2	15	THR	THR	ASP	ASP	E	E	556 - 806	22 - 272
1	16	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
2	16	THR	THR	ASP	ASP	F	F	556 - 806	22 - 272
1	17	THR	THR	ASP	ASP	C	C	556 - 806	22 - 272
2	17	THR	THR	ASP	ASP	G	G	556 - 806	22 - 272
1	18	THR	THR	VAL	VAL	C	C	556 - 807	22 - 273
2	18	THR	THR	VAL	VAL	H	H	556 - 807	22 - 273
1	19	SER	SER	LYS	LYS	D	D	554 - 808	20 - 274
2	19	SER	SER	LYS	LYS	E	E	554 - 808	20 - 274
1	20	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	552 - 809	18 - 275
2	20	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	552 - 809	18 - 275
1	21	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	552 - 809	18 - 275
2	21	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	552 - 809	18 - 275
1	22	GLU	GLU	VAL	VAL	D	D	555 - 807	21 - 273
2	22	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	555 - 807	21 - 273
1	23	SER	SER	VAL	VAL	E	E	554 - 807	20 - 273
2	23	SER	SER	VAL	VAL	F	F	554 - 807	20 - 273
1	24	SER	SER	LYS	LYS	E	E	554 - 808	20 - 274
2	24	SER	SER	LYS	LYS	G	G	554 - 808	20 - 274
1	25	GLU	GLU	VAL	VAL	E	E	555 - 807	21 - 273
2	25	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	555 - 807	21 - 273
1	26	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	552 - 809	18 - 275
2	26	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	552 - 809	18 - 275
1	27	GLU	GLU	VAL	VAL	F	F	555 - 807	21 - 273
2	27	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	555 - 807	21 - 273
1	28	GLU	GLU	VAL	VAL	G	G	555 - 807	21 - 273
2	28	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	555 - 807	21 - 273

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Myosin-II heavy chain kinase A / MHCK-A 分子量: 34686.539 Da / 分子数: 8 / 断片: alpha kinase domain (UNP residues 552-841) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: mhkA, mhckA, DDB_G0291231 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42527, myosin-heavy-chain kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG8000, PEG300, glycerol, magnesium chloride, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射	モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 63388 / Num. obs: 61697 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 75 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.72
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LKM

3lkm

解像度: 2.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 21.408 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	3125	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2409	-	-	-
obs	0.2423	58572	97.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.86 Å² / B_iso mean: 79.993 Å² / B_iso min: 34.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.52 Å²	-0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0.99 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15997	0	8	64	16069
B_iso mean	-	-	73.84	54.33	-
残基数	-	-	-	-	2008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	16339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	15865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.98	22069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.493	3	36726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.276	5	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.705	25.212	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.878	15	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.237	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.037	7.784	8014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.032	7.784	8013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.552	11.664	9986

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13775	0.14
1	2	B	13775	0.14
2	1	A	13662	0.15
2	2	C	13662	0.15
3	1	A	14577	0.13
3	2	D	14577	0.13
4	1	A	13962	0.14
4	2	E	13962	0.14
5	1	A	14461	0.13
5	2	F	14461	0.13
6	1	A	14560	0.13
6	2	G	14560	0.13
7	1	A	13966	0.13
7	2	H	13966	0.13
8	1	B	14113	0.13
8	2	C	14113	0.13
9	1	B	14333	0.12
9	2	D	14333	0.12
10	1	B	14480	0.11
10	2	E	14480	0.11
11	1	B	14116	0.14
11	2	F	14116	0.14
12	1	B	14037	0.14
12	2	G	14037	0.14
13	1	B	14336	0.13
13	2	H	14336	0.13
14	1	C	14110	0.13
14	2	D	14110	0.13
15	1	C	14387	0.12
15	2	E	14387	0.12
16	1	C	13948	0.14
16	2	F	13948	0.14
17	1	C	14146	0.13
17	2	G	14146	0.13
18	1	C	14527	0.12
18	2	H	14527	0.12
19	1	D	14372	0.13
19	2	E	14372	0.13
20	1	D	14938	0.11
20	2	F	14938	0.11
21	1	D	14907	0.13
21	2	G	14907	0.13
22	1	D	14222	0.13
22	2	H	14222	0.13
23	1	E	14148	0.14
23	2	F	14148	0.14
24	1	E	14305	0.13
24	2	G	14305	0.13
25	1	E	14567	0.12
25	2	H	14567	0.12
26	1	F	14728	0.13
26	2	G	14728	0.13
27	1	F	14263	0.13
27	2	H	14263	0.13
28	1	G	14347	0.13
28	2	H	14347	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	201	-
R_work	0.413	3683	-
all	-	3884	-
obs	-	-	82.8 %

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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