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- PDB-5e4b: Hydroxynitrile lyase from the fern Davallia tyermanii in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4b
タイトルHydroxynitrile lyase from the fern Davallia tyermanii in complex with (R)-mandelonitrile / benzaldehyde
要素Hydroxynitrile lyase
キーワードLYASE / hydroxynitrile lyase / fern / (R)-mandelonitrile / benzaldehyde
機能・相同性START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / lyase activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / benzaldehyde / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / Hydroxynitrile lyase
機能・相同性情報
生物種Davallia tyermannii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Diepold, M. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Enzyme discovery beyond homology: a unique hydroxynitrile lyase in the Bet v1 superfamily.
著者: Lanfranchi, E. / Pavkov-Keller, T. / Koehler, E.M. / Diepold, M. / Steiner, K. / Darnhofer, B. / Hartler, J. / Van Den Bergh, T. / Joosten, H.J. / Gruber-Khadjawi, M. / Thallinger, G.G. / ...著者: Lanfranchi, E. / Pavkov-Keller, T. / Koehler, E.M. / Diepold, M. / Steiner, K. / Darnhofer, B. / Hartler, J. / Van Den Bergh, T. / Joosten, H.J. / Gruber-Khadjawi, M. / Thallinger, G.G. / Birner-Gruenberger, R. / Gruber, K. / Winkler, M. / Glieder, A.
履歴
登録2015年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxynitrile lyase
B: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9986
ポリマ－46,5202
非ポリマー4794
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.362, 94.135, 116.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Hydroxynitrile lyase


分子量: 23259.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank asseccion number KT804569 / 由来: (組換発現) Davallia tyermannii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C9V3S9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HBX / benzaldehyde / ベンズアルデヒド


分子量: 106.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O
#3: 化合物 ChemComp-MXN / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / (R)-mandelonitrile / (R)-マンデロニトリル


分子量: 133.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Native crystals of DtHNL1 were obtained by mixing 0.5ul 4 mg/mL protein sample (in 10 mM Tris-HCl pH 8.0) with 1 ul reservoir solution (0.9 M NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4 mix, 0.1 M Tris-Bicine ...詳細: Native crystals of DtHNL1 were obtained by mixing 0.5ul 4 mg/mL protein sample (in 10 mM Tris-HCl pH 8.0) with 1 ul reservoir solution (0.9 M NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4 mix, 0.1 M Tris-Bicine Buffer pH 8.5 and 30% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550 & polyethylene glycol 20k; Morpheus condition C9). Additionally, native crystals were also grown by mixing 1 ul 4 mg/mL protein sample (in 10 mM Tris-HCl pH 8.0) with 0.5ul reservoir solution (0.1 M 2-(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinyl) ethanesulfonic acid pH 7.5 and 10% (w/v) polyethylene glycol; JSCG condition B4).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.8 Å / Num. obs: 63070 / % possible obs: 97.48 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 80.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5.0E+46 / 解像度: 1.5→35.8 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 3154 5 %
Rwork0.1562 --
obs0.1573 63062 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2750 0 36 540 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0334177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5141075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4988-1.52110.31030.29061965X-RAY DIFFRACTION75
1.5211-1.54490.2811200.26182262X-RAY DIFFRACTION85
1.5449-1.57020.24081270.23912411X-RAY DIFFRACTION91
1.5702-1.59730.2391310.22282499X-RAY DIFFRACTION95
1.5973-1.62640.20791380.2012619X-RAY DIFFRACTION100
1.6264-1.65760.20641390.19252638X-RAY DIFFRACTION100
1.6576-1.69150.22861390.1922635X-RAY DIFFRACTION100
1.6915-1.72830.23991400.18912663X-RAY DIFFRACTION100
1.7283-1.76850.22171390.18662637X-RAY DIFFRACTION100
1.7685-1.81270.20631390.17922654X-RAY DIFFRACTION100
1.8127-1.86170.20051390.17042631X-RAY DIFFRACTION100
1.8617-1.91650.21291400.1592654X-RAY DIFFRACTION100
1.9165-1.97830.18381410.15222686X-RAY DIFFRACTION100
1.9783-2.0490.16021390.15122641X-RAY DIFFRACTION100
2.049-2.1310.18741400.14812663X-RAY DIFFRACTION100
2.131-2.2280.16241410.14252670X-RAY DIFFRACTION100
2.228-2.34550.17571390.14742656X-RAY DIFFRACTION100
2.3455-2.49240.16371420.15422694X-RAY DIFFRACTION100
2.4924-2.68480.17681410.15192686X-RAY DIFFRACTION100
2.6848-2.95480.16111420.15842682X-RAY DIFFRACTION100
2.9548-3.38210.17961410.14482690X-RAY DIFFRACTION100
3.3821-4.260.14581440.12812734X-RAY DIFFRACTION100
4.26-35.81480.15841500.13572838X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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