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- PDB-5e1v: Crystal structure of a monomeric dehydratase domain from a trans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1v
タイトルCrystal structure of a monomeric dehydratase domain from a trans AT polyketide synthase split module
要素Polyketide synthase PksL
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydratase / polyketide synthase / bacillaene
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Prismane-like superfamily / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...Polyketide synthase dehydratase / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Prismane-like superfamily / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / : / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase PksL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.874 Å
データ登録者Till, M. / Ackrill, T.D. / Pernstich, C. / Willis, C.L. / Race, P.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a monomeric dehydratase domain from a trans AT polyketide synthase split module
著者: Till, M. / Ackrill, T.D. / Pernstich, C. / Willis, C.L. / Race, P.R.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Polyketide synthase PksL
A: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3472
ポリマ－62,3472
非ポリマー00
水2,018112
1
B: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1741
ポリマ－31,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1741
ポリマ－31,1741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.030, 63.820, 66.990
Angle α, β, γ (deg.)89.990, 89.820, 79.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 278 / Label seq-ID: 2 - 273

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase PksL / PKS


分子量: 31173.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: pksL, outG, pksA, pksX, BSU17190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05470
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, 20% PEG 3350
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→66.98 Å / Num. all: 48286 / Num. obs: 48286 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.058 / Net I/av σ(I): 7.612 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 184322
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.87-1.983.80.2532.92598467580.1480.2535.191
1.98-2.13.90.1674.52591367130.0980.1677.495.7
2.1-2.243.90.116.72458563690.0650.1110.196
2.24-2.423.80.0878.32261158850.0510.08712.396.2
2.42-2.653.80.06910.22095854660.040.06914.496.2
2.65-2.963.80.05611.41865849120.0330.05617.696.1
2.96-3.423.80.048121620443050.0290.04821.495.5
3.42-4.193.70.04212.91346436080.0250.04224.394.5
4.19-5.933.70.04411.7985426820.0270.04424.991.8
5.93-37.373.80.0412.7609115880.0240.0424.898.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KG8

3kg8


解像度: 1.874→37.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2614 / WRfactor Rwork: 0.2369 / FOM work R set: 0.837 / SU B: 3.281 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.1689 / SU Rfree: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 2481 5.1 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2256 46387 96.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.92 Å2 / Biso mean: 27.234 Å2 / Biso min: 8.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å2-0.26 Å20.31 Å2
2--0.23 Å20.05 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.874→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4270 0 0 112 4382
Biso mean---23.94 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9971.9665868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03439581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6795544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.4324.639194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8315774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3251520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02992
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16873 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.874→1.923 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 156 -
Rwork0.274 3128 -
all-3284 -
obs--87.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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