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- PDB-5e0y: Crystal Structure of PASTA Domain 4 of Mycobacterium tuberculosis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e0y
タイトルCrystal Structure of PASTA Domain 4 of Mycobacterium tuberculosis Protein Kinase B
要素Serine/threonine-protein kinase PknB
キーワードTRANSFERASE / kinase / extracellular sensor domain / peptidoglycan binding / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity ...negative regulation of growth rate / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Prigozhin, D.M. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM70962 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Genetic Analyses of the Mycobacterium tuberculosis Protein Kinase B Sensor Domain Identify a Potential Ligand-binding Site.
著者: Prigozhin, D.M. / Papavinasasundaram, K.G. / Baer, C.E. / Murphy, K.C. / Moskaleva, A. / Chen, T.Y. / Alber, T. / Sassetti, C.M.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3169
ポリマ－7,7931
非ポリマー5238
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.658, 41.658, 122.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

ZN

21A-702-

ZN

31A-832-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknB


分子量: 7792.748 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 558-626 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknB, Rv0014c, MTCY10H4.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI81, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8, and 20% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 4409 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.123 / Net I/av σ(I): 21.11 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 67586
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.033.60.362980.9644.3
2.03-2.074.10.2871421.11963.7
2.07-2.114.40.2771681.37271.5
2.11-2.155.60.251771.13179.7
2.15-2.26.60.2032121.29389.5
2.2-2.257.30.2122051.22192.8
2.25-2.3190.1742341.18798.3
2.31-2.37100.2052141.158100
2.37-2.44130.2082411.257100
2.44-2.5216.20.172231.142100
2.52-2.6120.70.1452481.105100
2.61-2.7122.20.1412151.108100
2.71-2.8421.70.1252431.107100
2.84-2.9921.30.1112491.273100
2.99-3.1721.90.0922301.072100
3.17-3.4221.20.0852421.156100
3.42-3.7620.80.0812471.045100
3.76-4.3120.20.0742511.037100
4.31-5.4319.50.0892601.059100
5.43-5016.50.083101.03899.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→34.608 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 436 10.04 %
Rwork0.2153 3906 -
obs0.2201 4342 92.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.15 Å2 / Biso mean: 24.1152 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→34.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数521 0 9 50 580
Biso mean--37.14 31.8 -
残基数----68
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.908772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.037206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0012-2.29070.30131140.23591012112675
2.2907-2.88580.28221540.230513841538100
2.8858-34.61280.24631680.203415101678100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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