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- PDB-5dxh: p110alpha/p85alpha with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dxh
タイトルp110alpha/p85alpha with compound 5
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / lipid kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOC GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle ...RHOC GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / FLT3 Signaling / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Signaling by ALK / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / RND3 GTPase cycle / Co-stimulation by ICOS / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / GP1b-IX-V activation signalling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / DAP12 signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / Regulation of signaling by CBL / Downstream TCR signaling / RHOG GTPase cycle / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / regulation of cellular respiration / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK2 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / anoikis / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / relaxation of cardiac muscle / Extra-nuclear estrogen signaling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / G alpha (q) signalling events / Signaling by ALK / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 ...Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5H2 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B.Q. / Augustin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. ...Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B.Q. / Augustin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / Lesnick, J.D. / Lewis, C. / McLean, N. / Mortle, M. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Price, S. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Sideris, S. / Staben, S. / Steinbacher, S. / Tsui, V. / Wallin, J. / Sampath, D. / Olivero, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Rational Design of Selective Benzoxazepin Inhibitors of the alpha-Isoform of Phosphoinositide 3-Kinase Culminating in the Identification of (S)-2-((2-(1-Isopropyl-1H-1,2,4-triazol-5- ...タイトル: The Rational Design of Selective Benzoxazepin Inhibitors of the alpha-Isoform of Phosphoinositide 3-Kinase Culminating in the Identification of (S)-2-((2-(1-Isopropyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-5,6-dihydrobenzo[f]imidazo[1,2-d][1,4]oxazepin-9-yl)oxy)propanamide (GDC-0326).
著者: Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B. / Augistin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / ...著者: Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B. / Augistin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / Lesnick, J.D. / Lewis, C. / McLean, N. / Mortl, M. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Price, S. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Sideris, S. / Staben, S.T. / Steinbacher, S. / Tsui, V. / Wallin, J. / Sampath, D. / Olivero, A.G.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
D: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
E: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,2936
ポリマ－290,3874
非ポリマー9062
水00
1
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6463
ポリマ－145,1932
非ポリマー4531
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area50830 Å2
手法PISA
2
D: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
E: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6463
ポリマ－145,1932
非ポリマー4531
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area50840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.660, 121.830, 166.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 124313.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20879.555 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 431-599 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PIK3R1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23727
#3: 化合物 ChemComp-5H2 / methyl {2-[4-(2-chlorophenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepin-8-yl}carbamate


分子量: 452.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17ClN4O3S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 20000 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年7月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 70505 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 110.38 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9304 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.672 / SU Rfree Blow DPI: 0.322
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 3490 4.95 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1826 70504 97.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 102.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.9279 Å20 Å2-9.2012 Å2
2--5.0779 Å20 Å2
3---20.8501 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.636 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18271 0 62 0 18333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0118726HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1625272HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6797SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes529HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18726HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2382SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21270SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3286 230 4.51 %
Rwork0.2637 4870 -
all0.2667 5100 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2240.5584-0.66750.805-0.69562.70130.2284-0.39160.42050.4764-0.1510.008-0.33610.1955-0.0775-0.1370.0446-0.0145-0.0553-0.0042-0.007817.57016.700935.2774
22.0407-2.22180.13836.9508-3.46483.24460.036-0.00410.5163-0.4492-0.3401-0.49340.0974-0.03050.3041-0.13320.1160.1177-0.3040.18090.082411.41632.5266-1.0464
33.2485-2.5446-1.51892.5502-1.98781.85730.0110.12640.2886-0.1937-0.1918-0.34810.54690.45020.1809-0.09550.15010.05550.03040.0248-0.191445.9732-18.648214.9628
43.3537-0.8409-2.63550.90110.08463.50380.00870.10480.1596-0.3219-0.159-0.37860.270.44050.1503-0.2190.1160.0763-0.04610.18090.071939.68582.67780.2457
52.181-0.6026-0.14530.8977-0.31982.53670.0896-0.0306-0.06060.1415-0.11630.34560.1646-0.56380.0267-0.1536-0.00040.0024-0.0360.03420.02671.88264.126916.0415
63.05551.5807-0.548701.34792.9247-0.13930.13710.0833-0.28140.07090.0792-0.06940.24280.06840.04210.050.0333-0.04670.0186-0.053913.61943.4634-2.2367
74.6310.5891-0.22982.08730.01663.7455-0.1290.6054-0.4012-0.57710.06110.09150.1128-0.2210.06790.04840.0360.0174-0.2116-0.0341-0.22848.5306-2.5502-15.2272
82.11550.82910.21610.5397-0.08152.9395-0.18010.4155-0.1715-0.40330.1511-0.3619-0.23920.64790.029-0.1038-0.14230.0510.1123-0.0605-0.192356.170815.1616-85.2057
92.04011.9010.028.3155-0.09972.82920.14740.3149-0.20590.27220.09810.61660.4177-0.1833-0.2455-0.0416-0.1552-0.1637-0.304-0.0019-0.055723.2986-12.7224-71.5955
101.62232.90310.92944.4293-0.43275.72490.1667-0.08540.2127-0.2356-0.1950.0302-0.52980.23480.02830.178-0.13220.0268-0.1967-0.1067-0.315353.816937.0275-48.5405
111.02880.3733-0.60251.10610.0985.53030.2652-0.25-0.10650.486-0.07970.0254-0.4630.2172-0.18550.0797-0.1615-0.0361-0.18380.0272-0.145238.751315.9301-47.4656
122.63880.37550.15610.56190.18044.0138-0.02550.44560.2922-0.58250.14580.1164-0.3787-0.254-0.12020.099-0.0585-0.088-0.12390.082-0.110231.311816.7554-87.5661
136.4436-1.0361.52370.97350.65640.44520.1421-0.12-0.48230.00690.13070.5585-0.0673-0.077-0.27280.0633-0.0168-0.0465-0.21660.0516-0.008922.156216.3461-67.7913
144.2303-0.29032.07931.7822-0.89234.06070.0508-0.3437-0.0240.30970.30370.6248-0.4828-0.6322-0.3545-0.13310.1060.0872-0.22510.16730.03448.97722.2992-64.4282
151.7348-0.1914-1.5522.82982.80844.7579-0.0189-0.0583-0.2066-0.0047-0.1103-0.03340.47640.11020.12930.05730.1331-0.063-0.14850.1029-0.248519.1277-16.560437.4481
162.0847-0.5645-1.20191.02381.25943.3614-0.17370.52490.3180.13760.1456-0.0658-0.5992-0.14360.02810.3403-0.1809-0.0265-0.10310.116-0.21556.239339.513-83.1148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - A|167 A|298 - A|306}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|168 - A|297}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|323 - A|489}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|490 - A|695}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|696 - A|804}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|805 - A|853}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|854 - A|1062}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|2 - D|167 D|298 - D|307}
9X-RAY DIFFRACTION9{D|168 - D|297}
10X-RAY DIFFRACTION10{D|323 - D|489}
11X-RAY DIFFRACTION11{D|490 - D|695}
12X-RAY DIFFRACTION12{D|696 - D|804}
13X-RAY DIFFRACTION13{D|805 - D|853}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|854 - D|1062}
15X-RAY DIFFRACTION15{B|457 - B|577}
16X-RAY DIFFRACTION16{E|450 - E|574}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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