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- PDB-5dx0: Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dx0
タイトルCrystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17)
要素
  • H3 peptide
  • Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE / protein-substrate ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of chromosome condensation / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Barr body / regulation of centromere complex assembly / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity ...histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of chromosome condensation / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Barr body / regulation of centromere complex assembly / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / muscle cell differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / oocyte maturation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleus organization / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / spermatid development / subtelomeric heterochromatin formation / single fertilization / positive regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / response to cAMP / nucleosomal DNA binding / RORA activates gene expression / Inhibition of DNA recombination at telomere / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / telomere organization / embryo implantation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / nuclear receptor coactivator activity / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / lysine-acetylated histone binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organism growth / Meiotic recombination / beta-catenin binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / male gonad development / structural constituent of chromatin / nucleosome / Circadian Clock / nucleosome assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / methylation / cell population proliferation / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Distorted Sandwich / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / Histone H3.3 / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Ternary Complex Formation of Human CARM1 with Various Substrates.
著者: Boriack-Sjodin, P.A. / Jin, L. / Jacques, S.L. / Drew, A. / Sneeringer, C. / Scott, M.P. / Moyer, M.P. / Ribich, S. / Moradei, O. / Copeland, R.A.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
F: H3 peptide
G: H3 peptide
H: H3 peptide
I: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,22418
ポリマ－166,1308
非ポリマー2,09410
水8,251458
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
F: H3 peptide
G: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1129
ポリマ－83,0654
非ポリマー1,0475
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
2
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
H: H3 peptide
I: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1129
ポリマ－83,0654
非ポリマー1,0475
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.722, 98.847, 208.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFGHI

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 39623.121 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain (UNP residues 134-479) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86X55, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: タンパク質・ペプチド
H3 peptide


分子量: 1909.306 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-31 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243

-
非ポリマー , 4種, 468分子

#3: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 88915 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.035 / Net I/av σ(I): 15.485 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 309548
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.123.60.64487780.830.3740.7470.97489.9
2.12-2.213.50.49186820.8960.2850.570.98889
2.21-2.313.50.36486320.9450.2120.4231.01588.2
2.31-2.433.50.28686200.9620.1670.3321.02688
2.43-2.583.50.21485760.9810.1250.2481.02287.5
2.58-2.783.50.1585280.9890.0880.1741.07486.7
2.78-3.063.40.09885970.9950.0580.1141.09587.2
3.06-3.513.30.0688540.9970.0360.071.12289.5
3.51-4.423.30.05494440.9970.0320.0641.03394.3
4.42-503.60.032102040.9990.0190.0381.01498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.625 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 4324 4.9 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2137 84566 89.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.24 Å2 / Biso mean: 34.821 Å2 / Biso min: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11274 0 140 458 11872
Biso mean--35.02 36.52 -
残基数----1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.95815879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.764325313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31251406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08624.004547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.845151958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6351556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8293.3215644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8283.3215643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7344.9697034
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 301 -
Rwork0.314 5995 -
all-6296 -
obs--86.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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