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- PDB-5dwb: Crystal structure of specific restriction endonuclease AgeI-DNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwb
タイトルCrystal structure of specific restriction endonuclease AgeI-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A*)-3')
  • Type-2 restriction enzyme AgeI
キーワードHYDROLASE / restriction endonuclease / PD-(D/E)XK nuclease / protein-DNA complex
機能・相同性BsaWI restriction endonuclease type 2 / BsaWI restriction endonuclease type 2 / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme AgeI
機能・相同性情報
生物種Thalassobius gelatinovorus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Lithuanian Research CouncilMIP-41/2013リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Restriction endonuclease AgeI is a monomer which dimerizes to cleave DNA.
著者: Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Songailiene, I. / Manakova, E. / Zaremba, M. / Grazulis, S. / Xu, S.Y. / Siksnys, V.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref_seq
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme AgeI
B: Type-2 restriction enzyme AgeI
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A*)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A*)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0904
ポリマ－69,0904
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.587, 87.093, 66.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme AgeI / R.AgeI / Endonuclease AgeI / Type II restriction enzyme AgeI


分子量: 30577.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalassobius gelatinovorus (バクテリア)
遺伝子: ageIR / プラスミド: pRRS-AgeIRM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9KHV6, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*A*)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization buffer was 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 19% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.744 Å / Num. all: 21165 / Num. obs: 21165 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 4.798 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 79694
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.533.60.1981.3994127760.1430.198786.3
2.53-2.683.60.1265.5981227140.0910.1268.489.1
2.68-2.873.60.1075.8972326960.0760.10710.294.2
2.87-3.13.60.0982.7945926170.0780.09812.997.8
3.1-3.393.80.0742.1946124750.050.07416.899.4
3.39-3.7940.0459.8892522350.030.0452299.5
3.79-4.3840.03716.9785519620.0240.03726.599.4
4.38-5.3740.03120.8668616700.020.0313299.6
5.37-7.5940.03121.6517413040.0210.03132.999.5
7.59-30.7443.70.03215.226587160.0220.03234.797.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å30.74 Å
Translation3.5 Å30.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM6.2.6データ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
MOLREP6位相決定
Coot0.6.1モデル構築
PHENIX1.8.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DWA

5dwa


解像度: 2.4→25.462 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 2073 10.24 %Random selection
Rwork0.1788 36316 --
obs0.1828 21116 92.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.26 Å2 / Biso mean: 32.1226 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→25.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4253 526 0 175 4954
Biso mean---26.08 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9166796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6711846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.42730.28791430.29211062120583
2.4273-2.45580.33891500.24081044119482
2.4558-2.48580.261100.22621091120184
2.4858-2.51720.28951510.22011111126284
2.5172-2.55030.3041040.23321076118083
2.5503-2.58520.3371250.24161118124385
2.5852-2.62210.26241080.22161153126185
2.6221-2.66120.24841270.20961122124985
2.6612-2.70270.29051160.22981109122587
2.7027-2.7470.24811060.22321176128288
2.747-2.79430.29221430.23611200134390
2.7943-2.84510.27991090.22581169127890
2.8451-2.89970.24011270.21711248137593
2.8997-2.95880.30341570.22681193135093
2.9588-3.0230.25451370.21491233137094
3.023-3.09320.25641370.2131191132895
3.0932-3.17050.24621410.21371318145997
3.1705-3.2560.23361290.18711255138498
3.256-3.35160.24681740.18491290146498
3.3516-3.45960.21421160.19371302141898
3.4596-3.58290.20241380.15841300143899
3.5829-3.72590.22531320.16221294142698
3.7259-3.89490.19271520.15651310146299
3.8949-4.09950.16451430.14441270141399
4.0995-4.35510.15761830.1381255143899
4.3551-4.68950.16541150.1271346146199
4.6895-5.15780.18781640.13341269143399
5.1578-5.89610.16471630.149112961459100
5.8961-7.39810.19341840.14681270145499
7.3981-25.46360.14321610.13291245140696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2789-0.03740.13310.86750.31130.3897-0.0655-0.096-0.08910.04380.0413-0.0915-0.0368-0.0387-0.0020.1137-0.01250.00890.1320.01750.09843.8750.505130.3085
20.6702-0.1311-0.10870.99790.54670.58190.1840.2234-0.3316-0.1917-0.2167-0.0084-0.0671-0.0035-0.23940.19230.0458-0.02210.1644-0.06460.16587.0335-18.19284.0302
31.23180.01840.00660.1354-0.03910.43240.1632-0.019-0.3333-0.0868-0.1029-0.0132-0.09350.06810.21230.18430.01450.00370.14290.01560.12740.6181-9.110717.3901
40.16-0.02160.00750.05740.04710.118-0.01240.0568-0.0107-0.0922-0.10340.0177-0.02340.0385-0.02930.15790.01140.03690.17590.03080.17561.1484-7.824215.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 278
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 13
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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