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Yorodumi- PDB-5dw6: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dw6 | ||||||
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Title | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) bound to acetate and the CoA analogue 3'-phosphoadenosine 5'-(O-(N-propyl-R-pantothenamide))pyrophosphate (MX) | ||||||
Components | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile / coenzyme analogue | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetyl-CoA hydrolase activity / succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti 1023 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.548 Å | ||||||
Authors | Kappock, T.J. / Murphy, J.R. | ||||||
Citation | Journal: Front Chem / Year: 2016 Title: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase. Authors: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystal structures of Acetobacter aceti succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase reveal specificity determinants and illustrate the mechanism used by class I CoA-transferases. Authors: Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dw6.cif.gz | 418.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dw6.ent.gz | 342.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dw6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dw6_validation.pdf.gz | 919.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dw6_full_validation.pdf.gz | 925.3 KB | Display | |
Data in XML | 5dw6_validation.xml.gz | 46 KB | Display | |
Data in CIF | 5dw6_validation.cif.gz | 70 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dw6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ddkC 5dw4C 5dw5C 5e5hC 4eu9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56046.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti 1023 (bacteria) / Gene: AZ09_02565 / Plasmid: pET23a / Details (production host): pJK385 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) References: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 3 mM MX; drops adjusted to 50 mM sodium acetate (pH 8.2 stock) 3 d prior to cryoprotection |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2015 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.548→50 Å / Num. obs: 130308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.1 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 37.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.548→1.58 Å / Redundancy: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Rsym value: 0.601 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4eu9 Resolution: 1.548→44.823 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.548→44.823 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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